Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,715,426 – 11,715,541 |
Length | 115 |
Max. P | 0.744858 |
Location | 11,715,426 – 11,715,541 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 6 |
Columns | 116 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.29 |
Mean single sequence MFE | -42.88 |
Consensus MFE | -32.92 |
Energy contribution | -33.18 |
Covariance contribution | 0.26 |
Combinations/Pair | 1.32 |
Mean z-score | -2.01 |
Structure conservation index | 0.77 |
SVM decision value | 0.46 |
SVM RNA-class probability | 0.744858 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 11715426 115 - 20766785 -ACCAAGCGCCACUGAGGUGGAGGCCGCCAAGCUGAGAUUCUUUAUUGAGCCAGAAAAACUAGUGCUGGAUAGAGAGAUCGGGCACGGGGAAUUCGGUUCGGUGCACAGUGGAUGG -.(((....((((((.(((((...)))))..............(((((((((.(((...((.(((((.(((......))).))))).))...))))))))))))..)))))).))) ( -42.60) >DroVir_CAF1 861 116 - 1 AACUCAACAGCGCCGAGCUGGAGGCGGCCAAGCAGCGAUUCUUAAUACAUCACGAACACCUGGAACUGGAUAGCGAGAUUGGGGCUGGCGAGUUUGGUUCCGUAUACAGGGGCUGG .......((((.((...(((...((((((((((.((.(..((((((...((.(.....((.......))...).)).))))))..).))..))))))..))))...))))))))). ( -34.50) >DroSec_CAF1 842 115 - 1 -ACCAAGCGCCACUGAGGUGGAGGCCGCCAAGCUGAGGUUCUUUAUUGAACCAGAUAAUCUAGUGCUGGAUAGAGAGAUCGGGCACGGGGAAUUCGGUUCAGUGCACAGUGGAUGG -.(((....((((((.(((((...)))))..((((((((((......))))).((...(((.(((((.(((......))).)))))..)))..))...)))))...)))))).))) ( -45.40) >DroSim_CAF1 842 115 - 1 -ACCAAGCGCCACUGAGGUGGAGGCCGCCAAGCUGAGGUUCUUUAUUGAGCCAGAGAAUCUAGUGCUGGAUAGAGAGAUCGGGCACGGGGAAUUCGGUUCGGUGCACAGUGGUUGG -.(((...(((((((.(((((...)))))..((((((((((......)))))...((((((.(((((.(((......))).)))))..)).))))...)))))...)))))))))) ( -47.10) >DroEre_CAF1 841 115 - 1 -GCCAAGCUCCACUGAUGUGGAGGCCGCCAAGCUAAGGUUCUUUAUUGAGCCAGAAUACCUAGUGCUUGAUCGGCAGAUCGGACACGGGGAAUUCGGAUCGGUACACAGUGGAUGG -.(((...(((((((.((((..((((..........(((((......))))).((((.(((.(((..(((((....)))))..))).))).)))))).))..)))))))))))))) ( -44.50) >DroYak_CAF1 845 115 - 1 -GCCAAGCGCCACUGAGGUGGAGGCCGCCAAACUAAGGUUCUUUAUUGAGCCAGAAAAUCUAGUGCUGGAUCGGGAGAUCGGACACGGGGAAUUCGGUUCGGUGCACAGUGGAUGG -.(((....((((((.(((((...))))).......(((((......)))))..........(..((((((((((...(((....)))....))))))))))..).)))))).))) ( -43.20) >consensus _ACCAAGCGCCACUGAGGUGGAGGCCGCCAAGCUGAGGUUCUUUAUUGAGCCAGAAAAUCUAGUGCUGGAUAGAGAGAUCGGGCACGGGGAAUUCGGUUCGGUGCACAGUGGAUGG ..(((.....(((((((.((((..((.((.......(((((......)))))..........(((((.(((......))).)))))))))..)))).))))))).....))).... (-32.92 = -33.18 + 0.26)
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