Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,640,257 – 11,640,371 |
Length | 114 |
Max. P | 0.939295 |
Location | 11,640,257 – 11,640,371 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.09 |
Mean single sequence MFE | -48.50 |
Consensus MFE | -25.36 |
Energy contribution | -27.99 |
Covariance contribution | 2.63 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -2.49 |
Structure conservation index | 0.52 |
SVM decision value | 1.30 |
SVM RNA-class probability | 0.939295 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 11640257 114 - 20766785 AUCCUCACGACUCCCGCCCUCCUCAGAGGAGCUGCUCCCACUGCUACCGCUGCUCUGGAUCAUCGCCGGAUUGUCCAUGGCGGCCGC---CGUUGGGAGCGGUUGGUAGGAUUGCUU (((((..(((((...((((((....)))).)).((((((((.((....((((((.(((((.(((....))).))))).)))))).))---.).))))))))))))..)))))..... ( -51.70) >DroPse_CAF1 15672 96 - 1 AUUUUCAUUACUGCCGCC---------------------ACUACUGCUACUGCUCUGGGUCAUCGCCGGAUUGUCCAUGGCGGCCGCGGCGGUGGGGAGCGGUUGGUAGGACUGCUU .............((.((---------------------((..((((..(((((.((((..(((....)))..)))).)))))..))))..))))))(((((((.....))))))). ( -38.60) >DroEre_CAF1 12552 114 - 1 AUCCUCUCGACUGCCGCCCUCCUCGGAGGAGCUGCUCCCACUGCUUCCGCUGCUCUGGAUCAUCGCCGGAUUGUCCAUGGCGGCCGC---CGUUGGGAGCGGUUGGUAGGAUUGCUU (((((..(((((...((((((....)))).)).((((((((.((....((((((.(((((.(((....))).))))).)))))).))---.).))))))))))))..)))))..... ( -54.90) >DroYak_CAF1 12796 114 - 1 AUCCUCACGACUGCCGCCCUCCUCGGAGGAGCUGCUCCCACUGCUCCCGCUGCUCUGGAUCAUCGCCGGAUUGUCCAUGGCGGCCGC---CGUUGGGAGCGGUUGGUAAGAUUGCUU ...........((((..((((....))))((((((((((((.((....((((((.(((((.(((....))).))))).)))))).))---.).)))))))))))))))......... ( -50.40) >DroAna_CAF1 12615 105 - 1 AUCCUCGCGGCUGCCGCCCCU---------ACUGCUGCCGCCGCUACUACUGCUCUGGCUCAUCGCCGGAUUAUCCAUGGCGGCCGC---GGUGGGUAGCGGCUGGUAGGAUUGCUU ((((((.(((((((..(((..---------(((((.((((((((.......))((((((.....))))))........)))))).))---))))))..)))))))).)))))..... ( -56.80) >DroPer_CAF1 16247 96 - 1 AUUUUCAUUACUGCCGCC---------------------ACUACUGCUACUGCUCUGGGUCAUCGCCGGAUUGUCCAUGGCGGCCGCGGCGGUGGGGAGCGGUUGGUAGGACUGCUU .............((.((---------------------((..((((..(((((.((((..(((....)))..)))).)))))..))))..))))))(((((((.....))))))). ( -38.60) >consensus AUCCUCACGACUGCCGCCCUC_________GCUGCUCCCACUGCUACCACUGCUCUGGAUCAUCGCCGGAUUGUCCAUGGCGGCCGC___CGUGGGGAGCGGUUGGUAGGAUUGCUU ..........((((((((((((.....))))..((((((((........(((((.(((((.(((....))).))))).)))))........)).))))))))).)))))........ (-25.36 = -27.99 + 2.63)
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