Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,599,529 – 11,599,649 |
Length | 120 |
Max. P | 0.685607 |
Location | 11,599,529 – 11,599,649 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 74.83 |
Mean single sequence MFE | -46.95 |
Consensus MFE | -18.81 |
Energy contribution | -20.40 |
Covariance contribution | 1.59 |
Combinations/Pair | 1.33 |
Mean z-score | -2.08 |
Structure conservation index | 0.40 |
SVM decision value | 0.32 |
SVM RNA-class probability | 0.685607 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 11599529 120 + 20766785 UAACUGUCCUGUUAUAGAUUUGAUUCCCAGCUGUGGCUGAACCAAAUCACUCAGUCUAUUGGCAUCCAGUCGUGCAAUAAUAUCCUUUAGUUCCUUUUCGGGACACUCGCUGGUGGGCAG ...((((((((((((((((((((((..((((....)))).....)))))...)))))).))))).((((.((.(...(((......)))(((((.....))))).).)))))).)))))) ( -33.00) >DroVir_CAF1 39326 120 + 1 UAGCUGACCCAUCACAGACUUGAUGCUCAGCAACGGCUGCACGAGAUUAUUCAAGCGCUGCACAUCCAAACGCUGCACCAGUUCAUUCAGCUCCGUUUCGGGACAGUCACUGGUGGGCAG ..(((((..(((((......))))).)))))...((.((((((.((....))...)).))))...))....(((.(((((((..(((..(..(((...)))..)))).)))))))))).. ( -33.70) >DroPse_CAF1 23974 120 + 1 GAGUUGGCCAGUGAUCGACUUGAUGCCCAGCAGCGGCUGCACCAGAUCGCUCAGACGCUGGGCAUCCAGGCGGCUAACAAGGUCGCUCAGCUCCUUCUCCGGGCAGUCGCUGGUCGGCAG ..(((((((((((((.((((.((((((((((((((((((...))).))))).....)))))))))).))((((((.....)))))))).((.((......)))).))))))))))))).. ( -60.90) >DroMoj_CAF1 39173 120 + 1 GAGCUGACCCGUUAUGGACUUGAUGCUCAGCAAUGGCUGCAACAGAUCAUUCAAACGCUGCACGUCCAGGCGACGCACCAGCUCAUUCAACUCCGCCUCGGGGCAUUCACUGGUGGGCAG ((((((...((((.(((((.((..((.((((....)))).....((....))....))..)).)))))...))))...))))))..........(((((.((.......)).).)))).. ( -36.40) >DroAna_CAF1 20346 120 + 1 CAGCUGUCCAGUAAUGGACUUGAUGGCCAGCAGCGGCUGAACUAAGUCACUCAGCCGCUGGGCAUCCAGUCGUGCUACAAGGUCGUUGAGUUCCUUUUCCGGACACUCGUUUGUUGGCAA ..((((((((....)))))..(((((((..((((((((((..........))))))))))(((((......)))))....)))))))(((((((......))).)))).......))).. ( -50.40) >DroPer_CAF1 25281 120 + 1 GAGCUGGCCAGUGAUCGACUUGAUGCCCAGCAGCGGCUGCACCAGAUCGCUCAGACGCUGGGCAUCCAGGCGGCUAACAAGGUCGCUCAGCUCCUUCUCGGGGCAGUCGCUGGUCGGCAG ..(((((((((((((.((((.((((((((((((((((((...))).))))).....)))))))))).))((((((.....)))))))).(((((.....))))).))))))))))))).. ( -67.30) >consensus GAGCUGACCAGUGAUAGACUUGAUGCCCAGCAGCGGCUGCACCAGAUCACUCAGACGCUGGGCAUCCAGGCGGCCAACAAGGUCGUUCAGCUCCUUCUCGGGACAGUCGCUGGUGGGCAG ..(((.(((.((....(.((.((((.(((((((((((((...))).))))).....))))).)))).)).)..................(((((.....)))))....)).))).))).. (-18.81 = -20.40 + 1.59)
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