Locus 3441

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 11,590,826 – 11,590,936
Length 110
Max. P 0.979863
window5619

overview

Window 9

Location 11,590,826 – 11,590,936
Length 110
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.02
Mean single sequence MFE -36.90
Consensus MFE -33.34
Energy contribution -32.86
Covariance contribution -0.48
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.73
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 1.85
SVM RNA-class probability 0.979863
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11590826 110 - 20766785
------UC-CUGGCGAGUGUCAUU-UGGGGGUUGCUCCUGGCUGUUUUGUUUUCACUUGUCGCCGCAUU--AAAAAAUAGAGAGCAGCCAACAGCAACAUGCUCCAUAUGGAGACGUUGG
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>DroSec_CAF1 24378 110 - 1
------UC-CUGGCAAGUGUCAUU-UGGGGGUUGCUCCUGGCUGUUUUGUUUUCACUUGUCGCCGCAUU--AAAAAAUAGAGAGCAGCCAACAGCAACAUGCUCCAUAUGGAGGCUUUGG
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>DroSim_CAF1 27644 110 - 1
------UC-CUGGCAAGUGUCAUU-UGGGGGUUGCUCCUGGCUGUUUUGUUUUCACUUGUCGCCGCAUU--AAAAAAUAGAGAGCAGCCAACAGCAACAUGCUCCAUAUGGAGGCUUUGG
------.(-(.(((.....((((.-(((((((((((..(((((((((((((((....(((....)))..--..))))))..)))))))))..))))))...))))).))))..)))..)) ( -36.60)
>DroEre_CAF1 25039 117 - 1
AAGCUGGAGCUGGCAAGCGUCAUU-UGGGGGUUGCUCCUGGCUGUUUUGUUUUUACUUGUCGCCGCAUU--AAAAAAUAGAGAAAGGCCAACAGCAACAUGCUCCAUAUGGAGGCUUUGG
...(..(((((........((((.-(((((((((((..(((((.((((((((((...(((....)))..--.))))))))))...)))))..))))))...))))).)))).)))))..) ( -39.00)
>DroYak_CAF1 25193 119 - 1
GGGGUAUA-CUGGCAAGUGUCAUUUUGGGGGUUGCUCCUGGCUGUUUUGUUUUUACUUGUCGCCGCAUUAUAAAAAAUAGAGAAAAGCCAACAGCAACAUGCUCCAUAUGGAGGCUUUGG
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>consensus
______UC_CUGGCAAGUGUCAUU_UGGGGGUUGCUCCUGGCUGUUUUGUUUUCACUUGUCGCCGCAUU__AAAAAAUAGAGAGCAGCCAACAGCAACAUGCUCCAUAUGGAGGCUUUGG
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alignment

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