Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,581,397 – 11,581,511 |
Length | 114 |
Max. P | 0.999291 |
Location | 11,581,397 – 11,581,511 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 97.25 |
Mean single sequence MFE | -38.26 |
Consensus MFE | -36.34 |
Energy contribution | -36.54 |
Covariance contribution | 0.20 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -2.25 |
Structure conservation index | 0.95 |
SVM decision value | 3.49 |
SVM RNA-class probability | 0.999291 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 11581397 114 - 20766785 GCCGCUGUCAAUGUUGGCACAAAUUGUUUGUCACGCAGUGCAAAUAAUUCGUGCUGUUGCUCUGGUAUGCGGUAUUAUGCGCGAUUUAUUUCUCUGUCUGUGUGGCAGCAACA------A (((((.......).)))).....(((((.(((((((((.((((((((.((((((((..((........))..))....)))))).)))))....)))))))))))))))))..------. ( -36.80) >DroSec_CAF1 15141 120 - 1 GCCGCUGUCAAUGUUGGCACAAAUUGUUUGUCACGCAGUGCAAAUACUUCGUGCUGUUGCUCUGGUAUGCGGUAUUAUGCGCGAUUUAUUUCUCUGUCUGUGUGGCAGCAACAGCAGCAA ...(((((...((((((((.....)))(((((((((((((((((((((.((((((........)))))).)))))).)))))((......))......)))))))))))))))))))).. ( -42.30) >DroSim_CAF1 15942 114 - 1 GCCGCUGUCAAUGUUGGCACAAAUUGUUUGUCACGCAGUGCAAAUACUUCGUGCUGUUGCUCUGGUAUGCGGUAUUAUGCGCGAUUUAUUUCUCUGUCUGUGUGGCAGCAACA------A (((((.......).)))).....(((((.(((((((((((((((((((.((((((........)))))).)))))).)))))((......))......)))))))))))))..------. ( -37.40) >DroEre_CAF1 15343 114 - 1 GCCGCUGUCAAUGUUGGCACAAAUUGUUUGUCACGCAGUGCAAAUACUUCGUGCUGUUGCUCUGGUAUGCGGUAUUAUGCGCGAUUUAUUUCUCUGUCUGUGUGGCAGCAACA------G (((((.......).)))).....(((((.(((((((((((((((((((.((((((........)))))).)))))).)))))((......))......)))))))))))))..------. ( -37.40) >DroYak_CAF1 15684 114 - 1 GCCGCUGUCAAUGUUGGCACAAAUUGUUUGUCACGCAGUGCAAAUACUUCGUGCUGUUGCUCUGGUAUGCGGUAUUAUGCGCGAUUUAUUUCUCUGUCUGUGUGGCAGCAACA------A (((((.......).)))).....(((((.(((((((((((((((((((.((((((........)))))).)))))).)))))((......))......)))))))))))))..------. ( -37.40) >consensus GCCGCUGUCAAUGUUGGCACAAAUUGUUUGUCACGCAGUGCAAAUACUUCGUGCUGUUGCUCUGGUAUGCGGUAUUAUGCGCGAUUUAUUUCUCUGUCUGUGUGGCAGCAACA______A (((((.......).)))).....(((((.(((((((((((((((((((.((((((........)))))).)))))).)))))((......))......)))))))))))))......... (-36.34 = -36.54 + 0.20)
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