Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,557,673 – 11,557,776 |
Length | 103 |
Max. P | 0.647001 |
Location | 11,557,673 – 11,557,776 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 6 |
Columns | 105 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 85.79 |
Mean single sequence MFE | -33.17 |
Consensus MFE | -27.16 |
Energy contribution | -26.67 |
Covariance contribution | -0.50 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -1.84 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 0.24 |
SVM RNA-class probability | 0.647001 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 11557673 103 + 20766785 UUGCCCUCAGAUCAGGGCGCCAUAUGCCUAUGUCCUAUAGGAUUUGUUGGUGAUCUGUGUGAGAUUCGAAUGGAUCUACAGGUAGGUGUUCUCUGAAAGU--UCU ..((..(((((...(((((((....(((...((((....)))).....))).((((((...((((((....)))))))))))).))))))))))))..))--... ( -31.20) >DroGri_CAF1 4005 105 + 1 UUGCCCUCUGAUCAGGGCGCAGUUUGCCUGUGCCCCAUUGGCUUUGUGGGUGAUCUCUGCGAGAUUCGCAUGGAUCUGCAGGUAAACGUAACUUGAUAGACAGCU ..((..((((.(((((..((.((((((((((((((((.......)).))))(((((.((((.....)))).))))).))))))))))))..)))))))))..)). ( -45.80) >DroSec_CAF1 2651 103 + 1 CUGCCUUCAGACCAAGGCGCCAUAUGCCUAUGUCCAAUAGGCUUUGUUGGAGAUCUGUGUGAGAUUCGAAUGGAUCUACAGGUGGGUGUUCUCUGAAAGA--UCU ..(((((......))))).(((...((((((.....)))))).....)))((((((....((((((((..((......))..))))...))))....)))--))) ( -30.90) >DroSim_CAF1 2673 103 + 1 CUACCUUCAGAUCAGGGCGCUAUAUGCCUAUGUCCAAUAGGAUUUGUUGGAGAUCUGUGUGAGAUUCGAAUGGAUCUACAGGUGGGUGUUCUCUGAAAGA--UCU (((((..((((((.(((((.....)))))...((((((((...))))))))))))))(((.((((((....))))))))))))))...............--... ( -32.20) >DroEre_CAF1 2708 103 + 1 CUACCUUCAGAUCAGGGCGCUAUAUGCCUAUGUCCAAUAGGAUUUGUUGGAGAUUUGUGUGAGAUUCGAAUGGAUCUACAGGUAGGUGUUCUUUGAAAUA--UCU (((((..((((((.(((((.....)))))...((((((((...))))))))))))))(((.((((((....))))))))))))))...............--... ( -29.90) >DroYak_CAF1 2727 103 + 1 CUACCUUCAGAUCAGGGCGCCAUAUGCCUAUGUCCUAUAGGAUUCGUUGGAGAUUUGUGUGAGAUUCGAAUGGAUCUACAGGUGGGUGUUCCCUGAAAGA--UCU ...........((((((.((.....(((((...(((...(((((((((.(((.(((....))).))).)))))))))..)))))))))).))))))....--... ( -29.00) >consensus CUACCUUCAGAUCAGGGCGCCAUAUGCCUAUGUCCAAUAGGAUUUGUUGGAGAUCUGUGUGAGAUUCGAAUGGAUCUACAGGUAGGUGUUCUCUGAAAGA__UCU (((((..((((((.(((((.....)))))...((((((.......))))))))))))(((.((((((....)))))))))))))).................... (-27.16 = -26.67 + -0.50)
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