Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,543,714 – 11,543,814 |
Length | 100 |
Max. P | 0.920766 |
Location | 11,543,714 – 11,543,814 |
---|---|
Length | 100 |
Sequences | 6 |
Columns | 109 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.09 |
Mean single sequence MFE | -36.28 |
Consensus MFE | -23.16 |
Energy contribution | -24.05 |
Covariance contribution | 0.89 |
Combinations/Pair | 1.35 |
Mean z-score | -2.16 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 1.14 |
SVM RNA-class probability | 0.920766 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 11543714 100 - 20766785 GUUCCAUCCUGUGCAGCAGAUGGUAGUAGAGCUGACGUUCGUAACGCGUAGGCGCCACGUAACGCAGUUUCUCUGCAAUGCACGGGGCAUAAAUAAAUAC--------- ......(((((((((.......((((..((((((.(((((((..(((....)))..))).))))))))))..))))..))))))))).............--------- ( -36.70) >DroVir_CAF1 4504 109 - 1 GUUCCAUGCGGUGCAGCAGAUGAUAGUAAAGUUGUCUCUCGUAGCGUGUGGGCGUGGCAUAGCGCAAUUUCUCUGUGCAUGAUGUGGCAUAAAUCGAGAUUAAUUAUUA ((.(((((((.(((((.(((..((......))..))))).))).)))))))))((.((((.(((((.......)))))...)))).))..................... ( -32.60) >DroSec_CAF1 3842 100 - 1 GCUCCAUCCUGUGCAGCAGAUGGUAGUAGAGCUGGCGCUCGUAACGUGUGGGCGCCACGUAGCGCAGUUUCUCUGCAAUGGACGGGGCAUAAAUAAAUAC--------- (((((.(((..(((((.(((..((.((...(.(((((((((.......))))))))))...))))....))))))))..))).)))))............--------- ( -39.20) >DroEre_CAF1 3857 100 - 1 GCUCCAUUCUGUGCAGCAGAUGGUAGUAGAGCUGCCGCUCGUAACGCGUGGGUGCCACGUAGCGCAGUUUCUCUGCAAUGGACGGGGCAUAAAUAAAUAC--------- (((((.(((..(((((.(((.(((((.....)))))((((((...((((((...)))))).))).))).))))))))..))).)))))............--------- ( -38.30) >DroYak_CAF1 3851 100 - 1 GCUCCAUCCUGUGCAGCAGAUGGUAGUAGAGCUGCCGCUCGUAACGCGUGGGUGCCACGUAGCGCAGUUUCUCUGCAAAGGACGGGGCAUAAAUAAAUAC--------- (((((.((((.(((((.(((.(((((.....)))))((((((...((((((...)))))).))).))).)))))))).)))).)))))............--------- ( -43.40) >DroPer_CAF1 3894 105 - 1 GCUCCAUCCUGUGCAGCAAAUGAUAGUAUAGUUGCCUCUCGAAGCGAGUGGGCGGCACGUAGCGCAGUUUCUCUGCCAACGAUAA-AUAUUCAUAAAUUC---CCAUUG (((.(((...))).)))..((((..((((.(((((((((((...)))).))))))).(((.(.((((.....))))).)))....-))))))))......---...... ( -27.50) >consensus GCUCCAUCCUGUGCAGCAGAUGGUAGUAGAGCUGCCGCUCGUAACGCGUGGGCGCCACGUAGCGCAGUUUCUCUGCAAAGGACGGGGCAUAAAUAAAUAC_________ (((((.(((..(((((.(((.........(((((.(((((((..(((....)))..))).)))))))))))))))))..))).)))))..................... (-23.16 = -24.05 + 0.89)
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