Locus 3361

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>2R_DroMel_CAF1 11393168 113 + 20766785
GCGUUGGUUGUGGGGCGGCAUGUGGUGGUGGG---UGUCAUGUGGUGCAC---AGCACUUAAUGAAUUUCAUUGAUGCUAUUUAUUAGCUACUUAAAUGAAUUUUACAAUAAUUU-GCGA
(((...(((((((((...(((..((((((..(---..((....))..)..---((((.((((((.....))))))))))........))))))...)))..)))))))))....)-)).. ( -29.70)
>DroVir_CAF1 12231 90 + 1
-----------------GCA------UGUGGG---CGUCGUGUGGUGCAC---AGCACUUAAUGACUUUCAUUGAUGCUAUUUAUUAGCUAGUUAAAUGAAUUUUACAAUAAUUU-UAGA
-----------------...------((((((---.(((((..(((((..---.)))))..))))).((((((...((((.....))))......)))))).)))))).......-.... ( -20.00)
>DroPse_CAF1 9936 99 + 1
-CUGUGGUG--------------GGUGGUGAG---UGUCAUGUGGUGCAC---AGCACCUAAUGAAUUUCAUUGAAGCUAUUUAUUAGCUAGUUAAAUGAAUUUUAUAAUAAUUUUGCAC
-.((..(((--------------((((.((.(---..((....))..).)---).))))))(((((.((((((..(((((.....))))).....)))))).))))).......)..)). ( -28.30)
>DroGri_CAF1 11442 90 + 1
-----------------GUA------UGUGGG---UGUCGUGUGGUGCAC---AGCACUUAAUGACUUUCAUUGAUGCUAUUUAUUAGCUAGUUAAAUGAAUUUUACAAUAAUUU-UAGA
-----------------...------((((((---.(((((..(((((..---.)))))..))))).((((((...((((.....))))......)))))).)))))).......-.... ( -19.80)
>DroWil_CAF1 12150 101 + 1
----------UAUGGCG-----UUUUUGGGGG---UGUCAUGUGGUGUGCCUGGGCACUUAAUGAAUUUCAUUGAAGCUAUUUAUUAGCUACUUAAAUGAAUUUUACAAUAAUUU-UAGA
----------(((((((-----..(....)..---)))))))....((((....))))....((((.((((((..(((((.....))))).....)))))).)))).........-.... ( -22.10)
>DroPer_CAF1 10938 102 + 1
-CUGUGGUG--------------GGUGGUGGGUCAUGUCAUGUGGUGCAC---AGCACCUAAUGAAUUUCAUUGAAGCUAUUUAUUAGCUAGUUAAAUGAAUUUUAUAAUAAUUUUGCAC
-.((..(((--------------(((((((.(((((.....))))).)))---..))))))(((((.((((((..(((((.....))))).....)))))).))))).......)..)). ( -25.70)
>consensus
_______________________GGUGGUGGG___UGUCAUGUGGUGCAC___AGCACUUAAUGAAUUUCAUUGAAGCUAUUUAUUAGCUAGUUAAAUGAAUUUUACAAUAAUUU_GAGA
...........................((((......((((..(((((......)))))..))))..((((((...((((.....))))......))))))..))))............. (-17.27 = -16.50 +  -0.77) 

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Window 5

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>2R_DroMel_CAF1 11393168 113 - 20766785
UCGC-AAAUUAUUGUAAAAUUCAUUUAAGUAGCUAAUAAAUAGCAUCAAUGAAAUUCAUUAAGUGCU---GUGCACCACAUGACA---CCCACCACCACAUGCCGCCCCACAACCAACGC
..((-(.............((((((...((.((((.....)))))).))))))..((((...((((.---..))))...))))..---............)))................. ( -12.80)
>DroVir_CAF1 12231 90 - 1
UCUA-AAAUUAUUGUAAAAUUCAUUUAACUAGCUAAUAAAUAGCAUCAAUGAAAGUCAUUAAGUGCU---GUGCACCACACGACG---CCCACA------UGC-----------------
....-.......(((....((((((......((((.....))))...)))))).(((.....((((.---..)))).....))).---...)))------...----------------- ( -11.40)
>DroPse_CAF1 9936 99 - 1
GUGCAAAAUUAUUAUAAAAUUCAUUUAACUAGCUAAUAAAUAGCUUCAAUGAAAUUCAUUAGGUGCU---GUGCACCACAUGACA---CUCACCACC--------------CACCACAG-
(((................((((((.....(((((.....)))))..))))))..((((..(((((.---..)))))..))))..---.........--------------...)))..- ( -17.80)
>DroGri_CAF1 11442 90 - 1
UCUA-AAAUUAUUGUAAAAUUCAUUUAACUAGCUAAUAAAUAGCAUCAAUGAAAGUCAUUAAGUGCU---GUGCACCACACGACA---CCCACA------UAC-----------------
....-.......(((....((((((......((((.....))))...)))))).(((.....((((.---..)))).....))).---...)))------...----------------- ( -11.40)
>DroWil_CAF1 12150 101 - 1
UCUA-AAAUUAUUGUAAAAUUCAUUUAAGUAGCUAAUAAAUAGCUUCAAUGAAAUUCAUUAAGUGCCCAGGCACACCACAUGACA---CCCCCAAAAA-----CGCCAUA----------
....-.......(((....((((((.....(((((.....)))))..)))))).........((((....))))...))).....---..........-----.......---------- ( -14.60)
>DroPer_CAF1 10938 102 - 1
GUGCAAAAUUAUUAUAAAAUUCAUUUAACUAGCUAAUAAAUAGCUUCAAUGAAAUUCAUUAGGUGCU---GUGCACCACAUGACAUGACCCACCACC--------------CACCACAG-
(((................((((((.....(((((.....)))))..))))))..((((..(((((.---..)))))..))))..............--------------...)))..- ( -17.80)
>consensus
UCGA_AAAUUAUUGUAAAAUUCAUUUAACUAGCUAAUAAAUAGCAUCAAUGAAAUUCAUUAAGUGCU___GUGCACCACAUGACA___CCCACAACC_______________________
...................((((((......((((.....))))...))))))..((((...((((......))))...))))..................................... ( -9.83 = -10.33 +   0.50) 

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