Locus 3354

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 11,379,756 – 11,379,996
Length 240
Max. P 0.999896
window5480 window5481 window5482 window5483

overview

Window 0

Location 11,379,756 – 11,379,876
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.42
Mean single sequence MFE -46.74
Consensus MFE -41.06
Energy contribution -40.86
Covariance contribution -0.20
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -3.27
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 4.43
SVM RNA-class probability 0.999896
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11379756 120 + 20766785
GAAAUCCUUGGAGUGGUUCUCCGACAGAGUCUCUAGCACGUUGGUCUUAAGUUUUUCGUUUGCCGUCAUUUGGGCGGACAGAAACUUAGCCAACAUGCCGGCGCUCUUCAGCGGACUCUU
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>DroSec_CAF1 7014 120 + 1
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>DroSim_CAF1 8447 120 + 1
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>DroEre_CAF1 7171 120 + 1
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..(((((..((((.....))))((.(((((.((...(((((((((..(((((((((.((((((((......))))))))))))))))))))))))))..)).)))))))...)))))... ( -51.40)
>DroYak_CAF1 7314 120 + 1
GAAGUCCUUGGAGUGGUUCUCCGACAGAGUCUCCAGCACGUUUGUCUUGAGUUUAUCGUUUGCUCCCAUUUGGGCGGACAGAAACUUGGACAAUGUGCCGGCGCUCUUCAGCGGAUUCUU
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>consensus
GAAGUCCUUGGAGUGGUUCUCCGACAGAGUUUCCAGCACGUUGGUCUUAAGUUUCUCGUUUGCCGCCAUUUGGGCGGACAGAAACUUAGCCAAUAUGCCGGCGCUCUUCAGCGGACUCUU
.......((((((.....)))))).((((((.((.(((.((((((..(((((((((.(((((((........)))))))))))))))))))))).))).))((((....)))))))))). (-41.06 = -40.86 +  -0.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 1

Location 11,379,756 – 11,379,876
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.42
Mean single sequence MFE -43.90
Consensus MFE -34.72
Energy contribution -36.24
Covariance contribution 1.52
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -3.34
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 2.77
SVM RNA-class probability 0.996937
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11379756 120 - 20766785
AAGAGUCCGCUGAAGAGCGCCGGCAUGUUGGCUAAGUUUCUGUCCGCCCAAAUGACGGCAAACGAAAAACUUAAGACCAACGUGCUAGAGACUCUGUCGGAGAACCACUCCAAGGAUUUC
..((((((...(((((((.(..(((((((((((((((((.(((..(((........)))..)))..)))))).)).)))))))))..).).)))).))((((.....))))..)))))). ( -43.40)
>DroSec_CAF1 7014 120 - 1
AAGAGUUCGCUGAAGAGCGCCGGCAUAUUGGCUAAGUUUCUGUCCGCCCAAAUGGCGGCAAACGAGAAGCUUAAGACCAACGUGCUGGAAACUCUGUCGGAGAACCACUCCAAGGACUUU
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>DroSim_CAF1 8447 120 - 1
AAGAGUUCGCUGAAGAGCGCCGGCAUAUUGGCUAAGUUUCUGUCCGCCCAAAUGGCGUCAAACGAGAAACUAAAGACCAACGUGCUGGAAACUCUGUCGGAGAACCACUCCAAGGACUUU
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>DroEre_CAF1 7171 120 - 1
AAGAGUCCGCUGAAGAGCGUCGGCACAUUGGCUAAGUUUCUGUCCGCCCAAAUGGGAGCAAACGAGAAACUCAAGACCAACGUGUUGGAAACUCUGUCGGAGAACCACCCCAAGGACUUC
..((((((...((((((..(((((((.((((((.(((((((((..((((.....)).))..)).)))))))..)).)))).)))))))...)))).))((.(......)))..)))))). ( -40.00)
>DroYak_CAF1 7314 120 - 1
AAGAAUCCGCUGAAGAGCGCCGGCACAUUGUCCAAGUUUCUGUCCGCCCAAAUGGGAGCAAACGAUAAACUCAAGACAAACGUGCUGGAGACUCUGUCGGAGAACCACUCCAAGGACUUC
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>consensus
AAGAGUCCGCUGAAGAGCGCCGGCAUAUUGGCUAAGUUUCUGUCCGCCCAAAUGGCGGCAAACGAGAAACUCAAGACCAACGUGCUGGAAACUCUGUCGGAGAACCACUCCAAGGACUUC
..((((((...((((((..(((((((.(((((..((((((((((((((.....)))))...)).)))))))...).)))).)))))))...)))).))((((.....))))..)))))). (-34.72 = -36.24 +   1.52)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 11,379,796 – 11,379,916
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.42
Mean single sequence MFE -40.70
Consensus MFE -36.28
Energy contribution -36.96
Covariance contribution 0.68
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.91
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 2.38
SVM RNA-class probability 0.993187
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11379796 120 + 20766785
UUGGUCUUAAGUUUUUCGUUUGCCGUCAUUUGGGCGGACAGAAACUUAGCCAACAUGCCGGCGCUCUUCAGCGGACUCUUGUCAAAGUAGCGCUGCAAAACCGACUCCAGCGGUAAUUGC
(((((..(((((((((.(((((((........)))))))))))))))))))))..(((.(((((((((..((((....))))..))).)))))))))..((((.(....)))))...... ( -41.80)
>DroSec_CAF1 7054 120 + 1
UUGGUCUUAAGCUUCUCGUUUGCCGCCAUUUGGGCGGACAGAAACUUAGCCAAUAUGCCGGCGCUCUUCAGCGAACUCUUGUCAAAGUAGCGCUGCAAAACCGACUCCAGCGGUAAUUGC
(((((..((((.((((.(((((((........))))))))))).)))))))))..(((.(((((((((..((((....))))..))).)))))))))..((((.(....)))))...... ( -41.10)
>DroSim_CAF1 8487 120 + 1
UUGGUCUUUAGUUUCUCGUUUGACGCCAUUUGGGCGGACAGAAACUUAGCCAAUAUGCCGGCGCUCUUCAGCGAACUCUUGUCAAAGUAGCGCUGCAAAACCGACUCCAGCGGUAAUUGC
((((.((..(((((((.(((...((((.....)))))))))))))).))))))..(((.(((((((((..((((....))))..))).)))))))))..((((.(....)))))...... ( -40.00)
>DroEre_CAF1 7211 120 + 1
UUGGUCUUGAGUUUCUCGUUUGCUCCCAUUUGGGCGGACAGAAACUUAGCCAAUGUGCCGACGCUCUUCAGCGGACUCUUGUCAAAGUAGCGCUGCAAAACCGACUCCAGCGGUAAUUGC
(((((..(((((((((.((((((((......)))))))))))))))))))))).((((...((((....))))(((....)))......)))).((((.((((.(....)))))..)))) ( -42.00)
>DroYak_CAF1 7354 120 + 1
UUUGUCUUGAGUUUAUCGUUUGCUCCCAUUUGGGCGGACAGAAACUUGGACAAUGUGCCGGCGCUCUUCAGCGGAUUCUUGUCAAAGUAGCGCUGCAAAACCGACUCCAGCGGCAAUUGC
.((((((.((((((...((((((((......))))))))..))))))))))))..(((((((((((((..((((....))))..))).))))))((.............))))))..... ( -38.62)
>consensus
UUGGUCUUAAGUUUCUCGUUUGCCGCCAUUUGGGCGGACAGAAACUUAGCCAAUAUGCCGGCGCUCUUCAGCGGACUCUUGUCAAAGUAGCGCUGCAAAACCGACUCCAGCGGUAAUUGC
(((((..(((((((((.(((((((........)))))))))))))))))))))..(((.(((((((((..((((....))))..))).)))))))))..((((.(....)))))...... (-36.28 = -36.96 +   0.68)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 11,379,876 – 11,379,996
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.50
Mean single sequence MFE -46.06
Consensus MFE -39.28
Energy contribution -39.48
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.54
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.88
SVM RNA-class probability 0.873733
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11379876 120 - 20766785
GAAGUGGAGUCUGAACUCGAGACAGCCGGCCAGGAUCUAGCCAUCAUGGAUCCAGAAGCCGCUCUUGAUCUGGCGGUGGCGCAAUUACCGCUGGAGUCGGUUUUGCAGCGCUACUUUGAC
(((((((.(.(((....(((((((((.(((..(((((((.......)))))))....))))))..(((((..(((((((.....)))))))..)).))))))))))))).)))))))... ( -44.70)
>DroSec_CAF1 7134 120 - 1
GAAGUGGAGUCUGAACUCGAGCCAGCAAGCCAAGAUCUAGCCAUCAUGGAUCCACAAGCCGCUCUUGAUCUGGCGGUGGCGCAAUUACCGCUGGAGUCGGUUUUGCAGCGCUACUUUGAC
(((((((.((..((((.(((.(((((..((((.((((.(((...(.((......)).)..)))...))))))))(((((.....))))))))))..)))))))....)).)))))))... ( -41.00)
>DroSim_CAF1 8567 120 - 1
GAAGUGGAGUCUGAACACGAGCCAGCAGGCCAGGAUCUAGCCAUCAUGGAUCCAGAAGCCGCUCUUGAUCUGGCGGUGGCGCAAUUACCGCUGGAGUCGGUUUUGCAGCGCUACUUUGAC
(((((((.(.(((.....((((((((.(((..(((((((.......)))))))....))))))...((((..(((((((.....)))))))..)).)))))))..)))).)))))))... ( -46.00)
>DroEre_CAF1 7291 120 - 1
GAAGUGGAGUCUGAUCCCGACCCAGCUGGUCAGGAUCUAGCCAUCAUGGAUCCAGAGGCCGCACUCGAUCUGGUGGUGGAGCAAUUACCGCUGGAGUCGGUUUUGCAGCGCUACUUUGAC
(((((((.(.(((...((((((((((.((((.(((((((.......))))))).(((......))))))).((((((......))))))))))).))))).....)))).)))))))... ( -51.90)
>DroYak_CAF1 7434 120 - 1
GAAGUGGAGUCUGAACCAGAGCCAGCUGGUCAGGAUCUAGCCAUCAUUGAUCCAGAGGCCGCACUUGACCUGGUGGUGGAGCAAUUGCCGCUGGAGUCGGUUUUGCAGCGCUACUUUGAC
(((((((.(.(((...(((((((.((.((((.(((((...........)))))...))))))....((((..((((..(.....)..))))..).)))))))))))))).)))))))... ( -46.70)
>consensus
GAAGUGGAGUCUGAACCCGAGCCAGCAGGCCAGGAUCUAGCCAUCAUGGAUCCAGAAGCCGCUCUUGAUCUGGCGGUGGCGCAAUUACCGCUGGAGUCGGUUUUGCAGCGCUACUUUGAC
(((((((.(.(((.....(((((.((.(((..(((((((.......)))))))....)))))....((((..(((((((.....)))))))..).))))))))..)))).)))))))... (-39.28 = -39.48 +   0.20)

alignment

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