Locus 3348

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 11,368,068 – 11,368,170
Length 102
Max. P 0.613508
window5473

overview

Window 3

Location 11,368,068 – 11,368,170
Length 102
Sequences 5
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.28
Mean single sequence MFE -37.02
Consensus MFE -30.18
Energy contribution -30.02
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -1.47
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.16
SVM RNA-class probability 0.613508
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11368068 102 - 20766785
GGAUUUGUAUUUGCAUUUGGAUGUGGUUGAGUUGCUGGAUGCGUUCUGCAUCUGUGGGCUGUUGGAUGCUUCGGAUGCACGAUUCGGCAUUCUAGAUCCC--------------CU
(((((((...(..(((....)))..)..((((.(((((((.(((...(((((((.((((........)))))))))))))))))))))))))))))))).--------------.. ( -35.20)
>DroSec_CAF1 822 116 - 1
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>DroSim_CAF1 822 116 - 1
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((((((((....))).(((((((.((((((((.(((((((((((.(((((((((........))))))))..).)))))...))))))))))..))))...))))))))))))... ( -36.90)
>DroEre_CAF1 857 116 - 1
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>DroYak_CAF1 899 116 - 1
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((((((....(((.(((((((.(((((.((.((((.((((((.....))))))..((((((.((....)).))).))))))))).))))))))))))...)))....))))))... ( -34.10)
>consensus
GGAUUUGUAUUUGCAUUUGGAUGUGGUUGAGUUGCUGGAUGCGUUCUGCAUCUGUGGGCUGUUGGAUGCAUCGGAUGCACGAUCCGGCAUUCUAGAUCCCCUAUCCAGGAUCCUCU
(((((((...((((((....))))))..((((.(((((((((((((((((((((........))))))))..)))))))...)))))))))))))))))................. (-30.18 = -30.02 +  -0.16)

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