Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,340,546 – 11,340,665 |
Length | 119 |
Max. P | 0.671006 |
Location | 11,340,546 – 11,340,665 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 95.68 |
Mean single sequence MFE | -43.62 |
Consensus MFE | -37.30 |
Energy contribution | -37.93 |
Covariance contribution | 0.63 |
Combinations/Pair | 1.02 |
Mean z-score | -1.85 |
Structure conservation index | 0.86 |
SVM decision value | 0.29 |
SVM RNA-class probability | 0.671006 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 11340546 119 + 20766785 CCUCAGAGGCUGUCAGUCAUAGUCAUGCCAGGGCAUUCCAAUCUGGCCAUGAUCAGGAGUCUUCUUGUA-CCGAUACCCCGGUAUAUGCCCUGCUGGCUGUGCAUUCCUCGCCGUCAGUU .....(((((....(((((((((((.((.((((((((((.(((.......)))..))))).....((((-(((......))))))).))))))))))))))).)))....))).)).... ( -41.10) >DroSec_CAF1 128382 119 + 1 CCUGAGAUGCUGUCAGUCAUAGUCAUGCCAGGGCAUUCCAAUCUGGCCAUGAUCAGGAGGCUUCUUGUG-CCGAUACCCCGGCAUAUGCCCUGCUGGCUGUGCAUUCCUUGCCGUCAGUU ((((((((.......)))....((((((((((.........))))).)))))))))).(((....((((-(((......))))))).)))..((((((.(.(((.....)))))))))). ( -43.10) >DroSim_CAF1 134123 118 + 1 CCUGAGAGGCUGUCAGUCAUAGUCAUGCCAGGGCAUUCCAAUCUGGCCAUGAUCAGGAGGCUUCUUGUG-CCGAU-CCCCGGCAUAUGCCCUGCUGGCUGUGCAUUCCUUGCCGUCAGUU .((((..(((....(((((((((((.((.((((((((((.(((.......)))..))))......((((-(((..-...))))))))))))))))))))))).)))....))).)))).. ( -47.00) >DroYak_CAF1 131444 120 + 1 CCAGAGAGGCUGUCAGUCAUAGUCAUGCCAGGGCAUUCCAAUCUGGCCAUGAUCAGGAGGCUUCUUGUGGCCGAUACCCCGGCAAAUGCCCUGCUGGCUGUGCAUUCCUCGCCGUCAGUU ...((..(((....(((((((((((.((.((((((((((.(((.(((((..(..((....))..)..)))))))).....))..)))))))))))))))))).)))....))).)).... ( -43.30) >consensus CCUGAGAGGCUGUCAGUCAUAGUCAUGCCAGGGCAUUCCAAUCUGGCCAUGAUCAGGAGGCUUCUUGUG_CCGAUACCCCGGCAUAUGCCCUGCUGGCUGUGCAUUCCUCGCCGUCAGUU .((((..(((....(((((((((((.((.((((((((((.(((.......)))..))))......((((.(((......))))))))))))))))))))))).)))....))).)))).. (-37.30 = -37.93 + 0.63)
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