Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,149,238 – 2,149,358 |
Length | 120 |
Max. P | 0.934292 |
Location | 2,149,238 – 2,149,358 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.28 |
Mean single sequence MFE | -36.82 |
Consensus MFE | -26.33 |
Energy contribution | -25.62 |
Covariance contribution | -0.72 |
Combinations/Pair | 1.33 |
Mean z-score | -2.10 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 0.79 |
SVM RNA-class probability | 0.852347 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 2149238 120 + 20766785 AGUACAAGAUGUCCACGCAGUUGCACCGACACAGCAGCUACGAGAAGCUGCUGUUGUCUCUGCUUUCUCCGCUGCCCAAUGAGCAGGACUUCGCCAUAAACGUGUGCACACUUAUGGCCA .......((.((((..(.((..(((..((((((((((((......)))))))).))))..)))...)).)(((........))).)))).))(((((((..(((....)))))))))).. ( -44.80) >DroVir_CAF1 470 120 + 1 AGUAUAAAAUGUCCACACAGCUGCACAAGCACAGCAGCUAUGAGAAGCUGCUGUUGUCGCUUAUCUCACCGCUGCCCAACGAGCAGGACUUUGCCAUCAAUGUGUGCACGCUGAUGGCCA ..........((((.....(((.....)))...(((((..((((((((.((....)).)))..)))))..)))))..........))))...(((((((.(((....))).))))))).. ( -41.00) >DroGri_CAF1 670 120 + 1 AGUAUAAGAUGUCCACACAGCUGCACAAGCACAGCAGCUAUGAGAAGUUGCUGCUAUCGCUAAUCUCUCCACUGCCCAAUGAGCAGGAUUUCGCGAUCAAUGUGUGCACGCUGAUGGCAA .........((.(((..((((((((((....((((((((......))))))))..(((((.((((......((((.......))))))))..))))).....)))))).)))).))))). ( -38.70) >DroWil_CAF1 773 120 + 1 AAUAUAAAUUGUCCACACAAUUGCAUCGACAUAGCAACCAUGAGAAGCUUUUACUCUCGUUGCUUUCGCCUUUGCCCAAUGAACAGGAUUUCGCCAUCAAUGUGUGCACCCUGAUGGCCA ......((((((....))))))(((.(((...((((((...((((.........)))))))))).)))....)))((........)).....(((((((..((....))..))))))).. ( -27.10) >DroMoj_CAF1 832 120 + 1 AGUACAAAAUGUCCACACAGCUGCAUAAGCACAGCAGCUACGAGAAGCUGCUGUUGUCGCUCAUAUCGCCGCUGCCCAACGAACAGGACUUUGCCAUCAACGUGUGCACUCUGAUGGCCA ..........((((...((((.(((((((((((((((((......)))))))))....)))..))).)).)))).(....)....))))...(((((((..((....))..))))))).. ( -38.60) >DroAna_CAF1 746 120 + 1 AGUACAAGCUAUCUACCCAGCUCCACCGGCACAGCAGCUACGAGAAGCUUUUGCUAUCUUUGCUUUCGCCUUUACCGAACGAGCAGGACUUUGCCAUCAACGUGUGCACUCUGAUGGCCA ................((.((((...(((....(((((...(((((((....))).)))).)))...)).....)))...)))).)).....(((((((..((....))..))))))).. ( -30.70) >consensus AGUACAAAAUGUCCACACAGCUGCACAAGCACAGCAGCUACGAGAAGCUGCUGCUGUCGCUGAUUUCGCCGCUGCCCAACGAGCAGGACUUCGCCAUCAACGUGUGCACGCUGAUGGCCA ..........((((.....(((.....))).((((((((......))))))))................................))))...(((((((..((....))..))))))).. (-26.33 = -25.62 + -0.72)
Location | 2,149,238 – 2,149,358 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.28 |
Mean single sequence MFE | -46.37 |
Consensus MFE | -29.93 |
Energy contribution | -29.99 |
Covariance contribution | 0.06 |
Combinations/Pair | 1.41 |
Mean z-score | -3.04 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 1.24 |
SVM RNA-class probability | 0.934292 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 2149238 120 - 20766785 UGGCCAUAAGUGUGCACACGUUUAUGGCGAAGUCCUGCUCAUUGGGCAGCGGAGAAAGCAGAGACAACAGCAGCUUCUCGUAGCUGCUGUGUCGGUGCAACUGCGUGGACAUCUUGUACU ..(((((((((((....)))))))))))((.((((((((.....))))(((.((...(((..((((.((((((((......))))))))))))..)))..)).))))))).))....... ( -52.90) >DroVir_CAF1 470 120 - 1 UGGCCAUCAGCGUGCACACAUUGAUGGCAAAGUCCUGCUCGUUGGGCAGCGGUGAGAUAAGCGACAACAGCAGCUUCUCAUAGCUGCUGUGCUUGUGCAGCUGUGUGGACAUUUUAUACU ..((((((((.((....)).))))))))...((((((((.....))))(((((...((((((....(((((((((......)))))))))))))))...)))))..)))).......... ( -50.20) >DroGri_CAF1 670 120 - 1 UUGCCAUCAGCGUGCACACAUUGAUCGCGAAAUCCUGCUCAUUGGGCAGUGGAGAGAUUAGCGAUAGCAGCAACUUCUCAUAGCUGCUGUGCUUGUGCAGCUGUGUGGACAUCUUAUACU .((((((((((.((((((...(((((.(....(((((((.....))))).)).).)))))((.((((((((...........)))))))))).)))))))))).)))).))......... ( -43.70) >DroWil_CAF1 773 120 - 1 UGGCCAUCAGGGUGCACACAUUGAUGGCGAAAUCCUGUUCAUUGGGCAAAGGCGAAAGCAACGAGAGUAAAAGCUUCUCAUGGUUGCUAUGUCGAUGCAAUUGUGUGGACAAUUUAUAUU ..((((((((.((....)).)))))))).......(((((((...(((..((((..((((((((((((....)).))))...)))))).))))..)))......)))))))......... ( -37.70) >DroMoj_CAF1 832 120 - 1 UGGCCAUCAGAGUGCACACGUUGAUGGCAAAGUCCUGUUCGUUGGGCAGCGGCGAUAUGAGCGACAACAGCAGCUUCUCGUAGCUGCUGUGCUUAUGCAGCUGUGUGGACAUUUUGUACU ..((((((((.((....)).))))))))...((((((((.....))))(((((..(((((((....(((((((((......))))))))))))))))..)))))..)))).......... ( -51.20) >DroAna_CAF1 746 120 - 1 UGGCCAUCAGAGUGCACACGUUGAUGGCAAAGUCCUGCUCGUUCGGUAAAGGCGAAAGCAAAGAUAGCAAAAGCUUCUCGUAGCUGCUGUGCCGGUGGAGCUGGGUAGAUAGCUUGUACU ..((((((((.((....)).)))))))).....((.((((..(((((....((....))....((((((...(((......))))))))))))))..)))).))(((.(.....).))). ( -42.50) >consensus UGGCCAUCAGAGUGCACACAUUGAUGGCAAAGUCCUGCUCAUUGGGCAGCGGCGAAAGCAGCGACAACAGCAGCUUCUCAUAGCUGCUGUGCCGGUGCAGCUGUGUGGACAUCUUAUACU ..((((((((.((....)).))))))))...((((.....((((.((...(((.............(((((((((......)))))))))))).)).)))).....)))).......... (-29.93 = -29.99 + 0.06)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:35:45 2006