Locus 3280

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 11,203,298 – 11,203,418
Length 120
Max. P 0.616646
window5376

overview

Window 6

Location 11,203,298 – 11,203,418
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.44
Mean single sequence MFE -43.84
Consensus MFE -20.49
Energy contribution -20.58
Covariance contribution 0.09
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.81
Structure conservation index 0.47
SVM decision value 0.17
SVM RNA-class probability 0.616646
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 11203298 120 + 20766785
CUCUCAAUUUGCACGUUCAGCCUGAAGACGAGCGUCUUCAGCAUGUCCACGUCGCCGGCUAAUGUUCUAUUCUGUGCAAGAACGGUGUCCAGUCGUUGGCCGAGCUGUUGACAGCGGCUG
.................((((((((((((....)))))))((.((((.(((..(((((((((((.......((((......))))........))))))))).))))).))))))))))) ( -44.76)
>DroVir_CAF1 175257 120 + 1
CUUUCGAUUUGAACAUUCAGCCGAAAGACCAGAGUCUUGAGCAUAUCCACAUCGUUGGCCAGCUCCUGAUUCUGCUGCAGCAACUCGGUCUGCUGCUGAUCCAGCUGCUGGCAGCGCUCG
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>DroPse_CAF1 116676 120 + 1
UUCUCGAUCUGCACAUUUAAACGGAAGACGAGAGUCUUUAACAUGUCCACGUCGUUCACCAGCGUUCUGUUCUGCCCAAGAACGACGCCCAGCUUCUGGUUGAGCUCCUGGCAGCGGUCG
....(((.((((...........((((((....))))))....((.(((.(..(((((...(((((..(((((.....))))))))))((((...)))).)))))..))))))))))))) ( -37.70)
>DroYak_CAF1 117402 120 + 1
CUCUCGAUUUGCACGUUCAGCCUGAAGACGAGCGUCUUCAGCAUGUCAACAUCGCCGGCCAGCGUUCGAUUCUGGCCAAGAACGGUGUCCAGACGCUGGCCGAGCUGCUGGCAGCGUGUG
..........(((((((((((((((((((....))))))))............(((((((((((((.(((.(((........))).)))..))))))))))).)).)))))..)))))). ( -55.20)
>DroAna_CAF1 121435 120 + 1
UUCUCUAUUUGGACAUUUAGCCGGAAGACCAGAGUUUUUAACAUGUCCACAUCGGCGGCUAGGGUUCGGUUCUGACCGAGAACCGUCUCCAGGCGCUGGCCUAGCUGCUGGCAACGGGAG
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>DroPer_CAF1 116452 120 + 1
UUCUCGAUCUGCACAUUUAAACGGAAGACGAGAGUCUUUAACAUGUCCACGUCGUUCACCAGCGUUCUGUUCUGCCCAAGAACGACGCCCAGCUUCUGGUUGAGCUCCUGGCAGCGGUCG
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>consensus
CUCUCGAUUUGCACAUUCAGCCGGAAGACGAGAGUCUUUAACAUGUCCACAUCGUCGGCCAGCGUUCGAUUCUGCCCAAGAACGGCGUCCAGCCGCUGGCCGAGCUGCUGGCAGCGGUCG
....((((.((.((((.......((((((....))))))...)))).)).)))).((((((((((((............)))))...........))))))).((((....))))..... (-20.49 = -20.58 +   0.09)

alignment

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secondary structure

Postscript

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