Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,177,309 – 11,177,415 |
Length | 106 |
Max. P | 0.741812 |
Location | 11,177,309 – 11,177,415 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 106 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.36 |
Mean single sequence MFE | -49.47 |
Consensus MFE | -27.74 |
Energy contribution | -29.38 |
Covariance contribution | 1.64 |
Combinations/Pair | 1.28 |
Mean z-score | -1.88 |
Structure conservation index | 0.56 |
SVM decision value | 0.45 |
SVM RNA-class probability | 0.741812 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 11177309 106 + 20766785 GCUGCUGUUCAGCGGCCAAGGCAGCAGCUGCAGCCUGCUGUCGCACCAACAAACUUUGCUGGGCUAUGAACUGAGCCUGUUGUUGGGCCAGCAGGGCGGGUGUGGA ((((((....))))))...(((((((((....).))))))))(((((......(((((((((.(((..(((.......)))..))).)))))))))..)))))... ( -48.20) >DroVir_CAF1 144927 100 + 1 GCUGCUGCUCCGCGGCCACAG------CGGCCGCCUGUUGGCGCGCGAGCAGACUCUGCUGCGCUAUAAACUGUGCCUGCUGCUGGGCAAGCAGCGCCGGAUUGGA ((((((((((.((((((((((------.....(((....)))((((.(((((...)))))))))......)))))...))))).)))).)))))).((.....)). ( -49.80) >DroPse_CAF1 92176 103 + 1 GCUGCUGCUCGGCGGCCAGGGCUGC---GGCGGCCUGCUGGCGCACCAGAAGGCUCUGCUGGGCUAUAAACUGCGCCUGCUGCUGUGCGAGUAGGGCGGGACUGGC (((.((((((((((((....)))))---.(((((..((.((((((......(((((....)))))......)))))).)).))))).))))))))))......... ( -51.30) >DroGri_CAF1 144944 103 + 1 GCUGCUGCUCAACGGCCACAGCAG---CAGCCGCCUGCUGGCGAGCCAACAAAUUCUGCUGGGCAAUAAACUGGGCCUGCUGCUGGGCGAGCAGCGCCGGAUUGGA ((.(((((((....(((.((((((---((((((((....)))..(((..((.....))...))).........)).)))))))))))))))))))))......... ( -49.80) >DroWil_CAF1 137691 103 + 1 GCUGCUGCUC---GGCAACGGCAACAGCUGCCGCCUGUUGGCGAGCCAACAGACUCUGCUGGGCAAUAAAUUGAGCCUGCUGUUGGGCUAGCAGUACGGGAUUGGU ((((((((((---((((.(((((.....))))).(((((((....)))))))....)))))))).........(((((......)))))))))))........... ( -46.40) >DroPer_CAF1 91969 103 + 1 GCUGCUGCUCGGCGGCCAGGGCUGC---GGCGGCCUGCUGGCGCACCAGAAGGCUCUGCUGGGCUAUAAACUGCGCCUGCUGCUGUGCGAGUAGGGCGGGACUGGC (((.((((((((((((....)))))---.(((((..((.((((((......(((((....)))))......)))))).)).))))).))))))))))......... ( -51.30) >consensus GCUGCUGCUCAGCGGCCACGGCAGC__CGGCCGCCUGCUGGCGCACCAACAGACUCUGCUGGGCUAUAAACUGAGCCUGCUGCUGGGCGAGCAGGGCGGGAUUGGA .(((((((((((((((.............((.(.(((((((....))))))).)...)).((((..........)))))))))))))).)))))............ (-27.74 = -29.38 + 1.64)
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