Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,053,724 – 11,053,844 |
Length | 120 |
Max. P | 0.723127 |
Location | 11,053,724 – 11,053,844 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.11 |
Mean single sequence MFE | -42.12 |
Consensus MFE | -28.36 |
Energy contribution | -27.45 |
Covariance contribution | -0.91 |
Combinations/Pair | 1.39 |
Mean z-score | -1.57 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 0.40 |
SVM RNA-class probability | 0.723127 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 11053724 120 + 20766785 CGCCAUGUUGAUACAGCUGAUGCGACUCUUUCAGUACAUCAUGGCCCAUGUGCUUAGCGGCAAGGAGAAGUUCGCUGUGAACUGGUACAUCUGCUUUGCUGCCUUUGAGAACUCCGCGCA .((((((.((.(((.((....))((.....)).))))).))))))...(((((...(((((((((((((((((.....)))))......))).)))))))))....((....)).))))) ( -36.80) >DroVir_CAF1 632 120 + 1 AUGCAUGCUGCUACAGCUGAUGCGUGUCUAUCAGUAUGUCAUGGCGCAUGUGGUCAGCGGCAAGGAGCAGCUAGCCAUCGAUUGGUACAUCUGCUUUGCCGCCUUCGAUAGCUCAGCAAA .(((..((((..((((((((((......))))))).)))..))))((.(((.(...((((((..((((((...((((.....))))....))))))))))))...).)))))...))).. ( -42.30) >DroPse_CAF1 578 120 + 1 CUGCAUGCUGAUCCAACUCAUGCGUGUCUAUCAGUAUAUAAUGGUACAUGUGACGAGCGGCAAGGAGCAGUUUGCUAUAGAUUGGUACGUCUGCUUCGCCGCCUUCGAUGGCUCGGCCAG (((...(((((.(((......((((((..((((........))))))))))..((((((((..(((((((..(((((.....)))))...))))))))))))..))).))).)))))))) ( -42.40) >DroGri_CAF1 601 120 + 1 CUGCAUGCUGCUCCAGCUGAUGCGCAUCUAUCAGUAUGUUAUGGCACAUGUGGUCAGUGGCAAGGAGCAGCUGGCCAUCGAUUGGUACAUCUGCUUUGCCGCUUGCGAGAGCUCCGCUAA (..((((.((((.(((((((((......))))))).))....))))))))..)..(((((((..((((((.((((((.....)))).)).))))))))))))).((....))........ ( -44.40) >DroMoj_CAF1 868 120 + 1 GAGCAUGCUGAUCCAGUUGAUGCGUGUAUAUCAAUAUGUGAUGGCACAUGUGGUCAGUGGCAAGGAGCAACUGGCCAUUGAGUGGUACAUUUGCUUUGCCGCCUUCGAGGGCUCAGCAAA .....(((((((((...((((((((((.(((((.....)))))..)))))).))))((((((..((((((.(((((((...))))).)).))))))))))))......))).)))))).. ( -44.40) >DroPer_CAF1 582 120 + 1 CUGCAUGCUGAUCCAACUCAUGCGUGUCUAUCAGUACAUAAUGGUACAUGUGACGAGCGGCAAGGAGCAGUUUGCUAUAGAUUGGUACGUCUGCUUCGCCGCCUUCGAUGGCUCGGCCAG (((...(((((.(((......((((((..((((........))))))))))..((((((((..(((((((..(((((.....)))))...))))))))))))..))).))).)))))))) ( -42.40) >consensus CUGCAUGCUGAUCCAGCUGAUGCGUGUCUAUCAGUAUAUAAUGGCACAUGUGGUCAGCGGCAAGGAGCAGCUGGCCAUAGAUUGGUACAUCUGCUUUGCCGCCUUCGAGAGCUCAGCAAA ......((((.....(((((((......))))))).......(((.....(((...(((((..(((((((...((((.....))))....))))))))))))..)))...)))))))... (-28.36 = -27.45 + -0.91)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:50:42 2006