Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,040,240 – 11,040,354 |
Length | 114 |
Max. P | 0.900720 |
Location | 11,040,240 – 11,040,354 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.48 |
Mean single sequence MFE | -44.17 |
Consensus MFE | -25.58 |
Energy contribution | -26.45 |
Covariance contribution | 0.87 |
Combinations/Pair | 1.28 |
Mean z-score | -2.16 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | 1.02 |
SVM RNA-class probability | 0.900720 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 11040240 114 + 20766785 ----A--UCACAGCUUACCUGUGCCCACUUUUCCACUCGCAUUUGCGAAGUAGGAGUAUUUGGGGUAAUCUUACCCAUGCGCAGUGGAUCAUAAGGAGCAUAAGGUGCAUAUGGUGUACU ----.--.(((....(((((((((((.....(((((((((((...((((.........))))(((((....)))))))))).))))))......)).)))).)))))......))).... ( -35.60) >DroVir_CAF1 185502 120 + 1 AUGAAUUUAUUUCCUUACCUGUGCCCACUUCUCUACGCGCAUCUGCGAGGUGGGCGUAUUGGGCGUUACUUUGCCCAUGCGCAGCGGGUCGUAGGGCGCAUACGGUGCAUAGGGUGUACU .................((((((((((......)..((((.(((((((..((.((((((.(((((......)))))))))))..))..)))))))))))....)).)))))))....... ( -47.00) >DroGri_CAF1 180419 118 + 1 CUGUA--UCGUUCCAUACCUGUGCCCACUUUUCCACCCGCAUCUGCGAGGUGGGCGUGUUAGGCGUUACCUUGCCCAUGCGGAGCGGAUCGUAGGGCGCAUAUGGAGCAUAGGGUGUGCU ((.((--(.((((((((..(((((((((...(((.(((((((..(((((((((.(((.....))))))))))))..)))))).).)))..)).)))))))))))))))))).))...... ( -56.80) >DroWil_CAF1 201575 114 + 1 ----A--UUUCUCCUUACCUGUGCCCAUUUCUCUACACGCAUUUGCGACGUUGGCGUAUUCGGCGUAAUCUUGCCCAUGCGCAAAGGAUCAUAGGGAGCAUAUGGCGCAUAUGGAGUACU ----.--...((((.....((((((((((((((((..(((....))).(.((.((((((..((((......)))).)))))).)).)....)))))))...)))).))))).)))).... ( -37.40) >DroMoj_CAF1 213135 120 + 1 UUUACUUUCAACUCUUACCUGUGCCCAUUUCUCCACUCUCAUUUGCGAGGUGGGCGUAUUGGGCGUUACCUUGCCCAUGCGUAGCGGAUCGUAGGGCGCAUACGGUGCGUAAGGUGUGCU ...............(((((((((((......((((.(((......)))))))((((((.(((((......)))))))))))...........)))))).((((...))))))))).... ( -43.10) >DroAna_CAF1 157064 118 + 1 UUGAA--UUCCCCCUUACCUGCGCCCAUUUUUCCACUCGCAUCUGCGAGGUGGGAGUAUUUGGUGUGAUCUUGCCCAUCCGCAGCGGAUCAUAGGGGGCGUACGGAGCGUACGGUGUGCU .....--..((((((.....(((((....(((((((((((....)))).))))))).....)))))((((((((......)))..)))))..))))))((((((...))))))....... ( -45.10) >consensus _UGAA__UCACUCCUUACCUGUGCCCACUUCUCCACUCGCAUCUGCGAGGUGGGCGUAUUGGGCGUUACCUUGCCCAUGCGCAGCGGAUCAUAGGGCGCAUACGGUGCAUAGGGUGUACU ...............(((((((((((......((((((((....))).)))))((((((..((((......)))).)))))).....................)).))))).)))).... (-25.58 = -26.45 + 0.87)
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