Locus 3218

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 10,990,976 – 10,991,093
Length 117
Max. P 0.511932
window5291

overview

Window 1

Location 10,990,976 – 10,991,093
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.90
Mean single sequence MFE -48.22
Consensus MFE -26.91
Energy contribution -28.42
Covariance contribution 1.50
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -1.67
Structure conservation index 0.56
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.511932
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10990976 117 + 20766785
GACUUCUGGUGGUGGCCGCAUCCAACGGCUGACCGUGCGGCAGCUUUGGCAGGAUGAGGCGCACUAUGAAUCCAUAGUUGGGCGGGGCACUCAGGAUGCGGGAACAGGAGGCGUGCU
(.(((((....((..((((((((....(((..((((.((((.((....)).((((.((.....))....))))...)))).))))))).....))))))))..)).))))))..... ( -44.10)
>DroPse_CAF1 126634 105 + 1
GA---------GCGCCGCCGUC---CGGCUGAGUGUGCCGCAGCUUGGGCAGAAUGAGGCGCACUAUGAAGCCGUAGUUGGGCGGGGCACUCAGUAUGCGGGAGCAGGAGGGGUGCU
.(---------(((((.((.((---(.(((((((((.((((.((((.(......).))))..((((((....))))))...)))).))))))))).(((....)))))))))))))) ( -54.80)
>DroGri_CAF1 130378 114 + 1
GAC---CGUUGCUGGGACUGUCCGUGUGCUGGGCGUGUCGCAGCUUGGGCAAAAUGAGGCGCACUAUGAAACCGUAGCUGGGCGGUGCGCUCAAUAUGCGGGAACAGGAGGCGUGCU
...---.((((((....(((((((((((.((((((..((((.((((.(......).)))).(((((((....))))).)).))))..)))))).)))))))..))))..)))).)). ( -45.20)
>DroMoj_CAF1 152658 114 + 1
GAU---UGUUGCUGGCAUUGUCGGUGCGCUGGGUGUGGCGCAGCUUAGGCAGAAUGAGGCGCACAAUGAAUCCAUAGCUGGGCGGGGCGCUCAGUAUGCGGGAGCAGGACUUGUGCU
...---....(((..((((((((.((((((......)))))).)...))))..))).)))((((((....(((...((((((((...)))))))).(((....)))))).)))))). ( -43.60)
>DroAna_CAF1 106492 114 + 1
GAC---UGGUGGUGGCAGCUUCCGGGGGCUGGUUGUGCCGCAGCUUGGGCAGGAUCAGACGCACUAUGAACCCGUAGUUGGGCGGAGCGCUCAGGAUGCGGGAGCAGGAGGCGUGCU
...---.......(((((((((((((.(((((((.((((........)))).)))))).).).)).((..((((((.(((((((...)))))))..))))))..)))))))).)))) ( -50.90)
>DroPer_CAF1 103691 105 + 1
GA---------GCGGCGCCGUC---CGGCUGAGUGUGCCGCAGCUUGGGCAGAAUGAGGCGUACUAUGAAGCCGUAGUUGGGCGGGGCACUCAGUAUGCGGGAGCAGGAGGGGUGCU
..---------..((((((.((---(.(((((((((.((((.((((.(......).))))..((((((....))))))...)))).))))))))).(((....)))))).).))))) ( -50.70)
>consensus
GAC___UG_UGGUGGCACCGUCCG_CGGCUGAGUGUGCCGCAGCUUGGGCAGAAUGAGGCGCACUAUGAAGCCGUAGUUGGGCGGGGCACUCAGUAUGCGGGAGCAGGAGGCGUGCU
.............((((((.((.....(((((((((.((((.((((.(......).)))).(((((((....))))).)).)))).))))))))).(((....))).)).)).)))) (-26.91 = -28.42 +   1.50)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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