Locus 3196

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	10,934,209 – 10,934,357
Length	148
Max. P	0.758446

overview

Window 4

Location	10,934,209 – 10,934,317
Length	108
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.84
Mean single sequence MFE	-40.46
Consensus MFE	-27.48
Energy contribution	-27.06
Covariance contribution	-0.42
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-2.42
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	0.49
SVM RNA-class probability	0.758446
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10934209 108 + 20766785
---------GCAGGUUCUUCGGUAAAAUCUUCAAGUGGUCGAAGAAGUCGUAGGAGGAGGAUCUUUGGGUGGAGGGGACCACGAGGUGGUUCCCUUAGCCCCCAGG---GCGGCAGCAUG
---------((...((((((((................))))))))(((((..((((.....))))((((.(((((((((((...))))))))))).)))).....---))))).))... ( -41.89)
>DroVir_CAF1 64437 99 + 1
---------GCAGAUUCUUUGGCAAAAUCUUCAAGUGGUCCAAAAAAUCGUAA------GUUCUUCGGGUGGAGGGGGCCACGCGGUGGUUCCCUUAGCCCCCAGG------GCAGCAUG
---------((.((((.(((((....(((.......)))))))).))))....------(((((..((((.(((((((((((...))))))))))).))))..)))------)).))... ( -39.20)
>DroGri_CAF1 62298 99 + 1
---------ACAGAUUCUUUGGCAAAAUCUUCAAGUGGUCCAAAAAAUCGUAG------UUUCUUCGGGUGGAGGGGGCCACGGGGUGGUUCCCUUAGCCCACAGG------GCAGCAUG
---------...((((.(((((....(((.......)))))))).))))((.(------((.((..((((.(((((((((((...))))))))))).))))..)))------)).))... ( -34.30)
>DroWil_CAF1 84355 108 + 1
ACCAUUGAUUUAGAUUCUUCGGCAAAAUCUUCAAGUGGUCGAAAAAAUCGUAA------AUUCUUUGGGUGGAGGGGACCACGAGGUGGUUCCCUUAGCCCCCAGG------GCAGCAUG
.(((..((((((((((.((((((...((......)).))))))..)))).)))------).))..)))((((((((((((((...))))))))))).((((...))------))..))). ( -38.20)
>DroMoj_CAF1 71168 99 + 1
---------ACAGAUUCUUUGGGAAAAUCUUCAAGUGGUCGAAGAAAUCGUAG------UUUCUUCGGGUGGAGGGGACCACACGGUGGUUCCCUUAGCCCACAGG------GCAGCAUG
---------...(((..((((((......))))))..)))((((((((....)------)))))))((((.(((((((((((...))))))))))).)))).....------........ ( -39.60)
>DroPer_CAF1 45188 114 + 1
AACGUGCUCGCAGAUUCUUCGGUAAAAUCUUCAAGUGGUCGAAGAAAUCGUAA------GUUCUUCGGGUGGAGGGGGCCACGAGGUGGUUCCCUUAGCCCCCGGGCCGGCGGCAGCAUG
..(((((((((((((((....)...))))).....(((((((((((..(....------)))))))((((.(((((((((((...))))))))))).))))...))))))))..)))))) ( -49.60)
>consensus
_________GCAGAUUCUUCGGCAAAAUCUUCAAGUGGUCGAAAAAAUCGUAA______GUUCUUCGGGUGGAGGGGACCACGAGGUGGUUCCCUUAGCCCCCAGG______GCAGCAUG
............(((..((((((...((......)).))))))...)))((..........(((..((((.(((((((((((...))))))))))).))))..))).........))... (-27.48 = -27.06 +  -0.42)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	10,934,240 – 10,934,357
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.22
Mean single sequence MFE	-42.87
Consensus MFE	-34.42
Energy contribution	-33.95
Covariance contribution	-0.47
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-1.90
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.24
SVM RNA-class probability	0.650358
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10934240 117 + 20766785
GAAGAAGUCGUAGGAGGAGGAUCUUUGGGUGGAGGGGACCACGAGGUGGUUCCCUUAGCCCCCAGG---GCGGCAGCAUGGCGUCCUACAACGGCGUGCUCAAGGAUUACAGUCACAGCA
......((.((.((.....(((((((((((.(((((((((((...))))))))))).(((...(((---(((.(.....).)))))).....)))..)))))))))))....)))).)). ( -47.80)
>DroVir_CAF1 64468 108 + 1
CAAAAAAUCGUAA------GUUCUUCGGGUGGAGGGGGCCACGCGGUGGUUCCCUUAGCCCCCAGG------GCAGCAUGGCGUCCUAUCAGGGUGUGCUCAAGGAUUACAGUCACAGCA
.............------(((((..((((.(((((((((((...))))))))))).))))..)))------)).((.(((((((((....(((....))).)))))....))))..)). ( -39.90)
>DroPse_CAF1 44559 114 + 1
GAAGAAAUCGUAA------GUUCUUCGGGUGGAGGGGGCCACGAGGUGGUUCCCUUAGCCCCCGGGCCGGCGGCAGCAUGGCGUCUUACGGCGGCGUGCUCAAGGACUACAGCCACAGCA
((((((..(....------)))))))((((.(((((((((((...))))))))))).))))....((.(..(((((((((.((((....)))).))))))...(.....).))).).)). ( -52.00)
>DroGri_CAF1 62329 108 + 1
CAAAAAAUCGUAG------UUUCUUCGGGUGGAGGGGGCCACGGGGUGGUUCCCUUAGCCCACAGG------GCAGCAUGGCGUCCUAUAAUGGUGUACUCAAGGAUUACAGUCACAGCA
.........((((------((.(((.((((.(((((((((((...))))))))))).))))..(((------((.((...)))))))..............))))))))).......... ( -36.80)
>DroWil_CAF1 84395 108 + 1
GAAAAAAUCGUAA------AUUCUUUGGGUGGAGGGGACCACGAGGUGGUUCCCUUAGCCCCCAGG------GCAGCAUGGCAUCCUAUAACGGUGUGCUAAAGGAUUACAGUCACAACA
.........((((------.((((((((((((((((((((((...))))))))))).((((...))------))..))).(((((.......))))).)))))))))))).......... ( -38.20)
>DroMoj_CAF1 71199 108 + 1
GAAGAAAUCGUAG------UUUCUUCGGGUGGAGGGGACCACACGGUGGUUCCCUUAGCCCACAGG------GCAGCAUGGCGUCCUAUAAUGGCAUACUCAAGGACUACAGUCACAGCA
((((((((....)------)))))))((((.(((((((((((...))))))))))).))))..(((------((.((...)))))))......((...(....)(((....)))...)). ( -42.50)
>consensus
GAAAAAAUCGUAA______GUUCUUCGGGUGGAGGGGACCACGAGGUGGUUCCCUUAGCCCCCAGG______GCAGCAUGGCGUCCUAUAACGGCGUGCUCAAGGAUUACAGUCACAGCA
.........((((.........((..((((.(((((((((((...))))))))))).))))..)).........((((((.(((......))).))))))......)))).......... (-34.42 = -33.95 +  -0.47)

alignment

secondary structure

dotplot

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