Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,900,826 – 10,900,943 |
Length | 117 |
Max. P | 0.766082 |
Location | 10,900,826 – 10,900,943 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.15 |
Mean single sequence MFE | -57.55 |
Consensus MFE | -36.45 |
Energy contribution | -36.82 |
Covariance contribution | 0.37 |
Combinations/Pair | 1.41 |
Mean z-score | -1.69 |
Structure conservation index | 0.63 |
SVM decision value | 0.52 |
SVM RNA-class probability | 0.766082 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 10900826 117 + 20766785 CUGUCGUCGU---CGCAACCUGGCCGAGCGGGUGAGGCGCAUCUGCGCCUGCUGUGCCUACGGCCAGAUCCUGCUGCGCGCAGCCCGCGUGGCCCUGCUCAGCUGCAUCCGCUGGCGAAC ......((((---(((.....(((((.((((...((((((....))))))(((((((...((((........)))).))))))))))).))))).(((......)))...)).))))).. ( -54.70) >DroVir_CAF1 14753 117 + 1 CUGCCGGCGG---CGCACGCUGGCCGAGCGUGUGCGCCGCAUAUGCGCCUGCUGUGCCUAUGGCCAGGUGUUGUUGCGCAACGCCCGCCUCGCUCUGCUCAGCUGCAUUCGUUGGCGCAC ..((((((((---.(((.((((((.(((((.(.((((((((((.((....)))))))....)))..(((((((.....))))))).))).))))).)).)))))))..)))))))).... ( -57.80) >DroGri_CAF1 16879 117 + 1 CUGCCGACGG---CGCACUCUCGCCGAGCGUGUGCGUCGCAUAUGCACCUGCUGUGCCUACGGCCAGGUGCUGCUGAGCGCCGCACGUGUCGCGCUGCUCAGCUGCAUCCGUUGGCGCAC ..((((((((---(((((...(((...))).)))))))(((...(((((((((((....)))).))))))).((((((((.(((.......))).)))))))))))....)))))).... ( -63.40) >DroWil_CAF1 34398 117 + 1 CUGCCGGAGA---CGCCAACUAGCCGAACGAGUGCGCCGGAUCUGCGCGUGCUGCACCUACGGCCAGGUGCUGAUUCGGGCGGCACGCGUUGCUCUGCUUAGUUGCAUCCGUUGGCGUAC .........(---(((((((.(((..((((.((((((((((((.((((.(((((......))).)).)))).))))).))).)))).))))))).(((......)))...)))))))).. ( -50.60) >DroMoj_CAF1 16108 120 + 1 CUGUCGGCGACAUCGCACGCUGGCCGAGCGUGUGCGCCGCAUAUGCGCCUGCUGUGCCUACGGCCAGGUGCUCAUACGCAAUGCACGUCUCGCGCUGCUCAGUUGCAUUCGUUGGCGCAC ..((((((((....((((.(((((((.((((((((...))))))))(((....).))...)))))))))))......((((((((((.....)).)))...)))))..)))))))).... ( -52.50) >DroAna_CAF1 12382 117 + 1 CUGUAGGCGC---CGCAGCCUGGCCGACCGGGUGCGACGGGUGUGUGCCUGUUGCGCCUACGGCCAGGUCCUGUUGCGUGCCGCUCGCGUGGCCCUGCUCAGCUGCAUCCGCUGGCGAAC ..(((((.((---(((.(((((((((...(((((((((((((....))))))))))))).)))))))))......(((.......)))))))))))))(((((.......)))))..... ( -66.30) >consensus CUGCCGGCGA___CGCACCCUGGCCGAGCGUGUGCGCCGCAUAUGCGCCUGCUGUGCCUACGGCCAGGUGCUGAUGCGCGCCGCACGCGUCGCCCUGCUCAGCUGCAUCCGUUGGCGCAC ..(((((((..........(((((((.(((.......)))....((((.....))))...)))))))((((.((((.(((..((.......))..))).)))).)))).))))))).... (-36.45 = -36.82 + 0.37)
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