Locus 3169

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 10,828,097 – 10,828,196
Length 99
Max. P 0.993600
window5216

overview

Window 6

Location 10,828,097 – 10,828,196
Length 99
Sequences 5
Columns 99
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 99.60
Mean single sequence MFE -23.30
Consensus MFE -23.30
Energy contribution -23.30
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.00
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 2.41
SVM RNA-class probability 0.993600
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10828097 99 - 20766785
AUAUGUUACAGUAAAUAGGUAUAUUGUAGAUUCAUGGCCAUUAUUUUGACGCGGCUGUUCCAAAUGUACAUUCUAGCAUACAGUUGCGGUAAAAAUAAA
.((((((((((((........))))))))...))))....(((((((..(((((((((.....((((........)))))))))))))...))))))). ( -23.30)
>DroSec_CAF1 35457 99 - 1
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.((((((((((((........))))))))...))))....(((((((..(((((((((.....((((........)))))))))))))...))))))). ( -23.30)
>DroSim_CAF1 35679 99 - 1
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.((((((((((((........))))))))...))))....(((((((..(((((((((.....((((........)))))))))))))...))))))). ( -23.30)
>DroEre_CAF1 40997 99 - 1
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.((((((((((((........))))))))...))))....(((((((..(((((((((.....((((........)))))))))))))...))))))). ( -23.30)
>DroYak_CAF1 41320 99 - 1
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.((((((((((((........))))))))...))))....(((((((..(((((((((.....((((........)))))))))))))...))))))). ( -23.30)
>consensus
AUAUGUUACAGUAAAUAGGUAUAUUGUAGAUUCAUGGCCAUUAUUUUGACGCGGCUGUUCCAAAUGUACAUUCUAGCAUACAGUUGCGGUAAAAAUAAA
.((((((((((((........))))))))...))))....(((((((..(((((((((.....((((........)))))))))))))...))))))). (-23.30 = -23.30 +   0.00)

alignment

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secondary structure

Postscript

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