Locus 3129

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	10,683,566 – 10,683,687
Length	121
Max. P	0.942124

overview

Window 0

Location	10,683,566 – 10,683,657
Length	91
Sequences	6
Columns	103
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.54
Mean single sequence MFE	-24.03
Consensus MFE	-17.04
Energy contribution	-17.65
Covariance contribution	0.61
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-1.85
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	1.32
SVM RNA-class probability	0.942124
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10683566 91 + 20766785
GC-----CAGCUG----GAGCAGCAGAGUUGGCCAUUUGUCUAACGCUGCGACA---CCGUAUUCAAUUAAAUAUUGAAAGACGUGGCUAAUAAAUUACCCAA
((-----((..((----..(((((...(((((.(....).))))))))))..))---.(((.((((((.....))))))..)))))))............... ( -24.60)
>DroPse_CAF1 23246 94 + 1
GG-----CACUGG-CAGUGGCACUGGCACUGGCCAUUUGUCUGGCCCUGCGACA---CCGUAUUCAAUUAAAUAUUGAAAGACAUGGCCAAUAAAUUACCCAA
((-----((.(((-(((((.(...).)))).))))..))))(((((.((((...---.))))((((((.....))))))......)))))............. ( -27.40)
>DroEre_CAF1 20808 96 + 1
GCUGGAGCAGCUG----GAGCAGCAGAGUUGGCCAUUUGUCUAACGCUGCGACA---CCGUAUUCAAUUAAAUAUUGAAAGACGUGGCUAAUAAAUUACCCAA
..(((....((((----...))))...(((((((((..((((.....((((...---.))))((((((.....))))))))))))))))))).......))). ( -27.00)
>DroYak_CAF1 21329 93 + 1
GC-----CAGCUGCC--AACCGGCAGAGUUGGCCAUUUGUCUAACGCUGCGACA---CCGUAUUCAAUUAAAUAUUGAAAGACGUGGCUAAUAAAUUACCCAA
..-----...(((((--....))))).(((((((((..((((.....((((...---.))))((((((.....)))))))))))))))))))........... ( -28.70)
>DroMoj_CAF1 35329 77 + 1
-------------------GUGGCGACGAUGGCCAUUUAUCUA-UGCUGCGACA---GCGUAUUCAAUUAAAUAUUGAAACACGAGGCUAAUAAAUUACU---
-------------------.((....)).(((((.......((-(((((...))---)))))((((((.....))))))......)))))..........--- ( -17.30)
>DroAna_CAF1 20078 87 + 1
GU-----CGUGU----------GCUGUCUUGGCCAUUUGUCUAACGCUGCGACACCACCGUAUUCAAUUAAAUAUUGAAAGACGUGGCUAAUAAAUUACCCA-
..-----.(.((----------(.....((((((((..((((.....((((.......))))((((((.....)))))))))))))))))).....))).).- ( -19.20)
>consensus
GC_____CAGCUG_____AGCAGCAGAGUUGGCCAUUUGUCUAACGCUGCGACA___CCGUAUUCAAUUAAAUAUUGAAAGACGUGGCUAAUAAAUUACCCAA
...........................(((((((((..((((.....((((.......))))((((((.....)))))))))))))))))))........... (-17.04 = -17.65 +   0.61)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	10,683,583 – 10,683,687
Length	104
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.78
Mean single sequence MFE	-22.02
Consensus MFE	-15.24
Energy contribution	-16.18
Covariance contribution	0.95
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-1.34
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.38
SVM RNA-class probability	0.714701
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10683583 104 + 20766785
AGUUGGCCAUUUGUCUAACGCUGCGACA---CCGUAUUCAAUUAAAUAUUGAAAGACGUGGCUAAUAAAUUACCCAA-----ACGCA--AACGCCAAGCCGGACACAAUAGUCG
.(((((((((..((((.....((((...---.))))((((((.....)))))))))))))))))))...........-----..((.--...)).......(((......))). ( -23.40)
>DroPse_CAF1 23266 109 + 1
CACUGGCCAUUUGUCUGGCCCUGCGACA---CCGUAUUCAAUUAAAUAUUGAAAGACAUGGCCAAUAAAUUACCCAACACGAACACG--AACGCCAAAUGGAAUACCAAACCAG
..(((((((((((.((((((.((((...---.))))((((((.....))))))......)))))...............((....))--...).))))))).........)))) ( -23.50)
>DroGri_CAF1 25762 98 + 1
CGAUGUCCAUUUAUCUA-AGCUGCGACA---GCGUAUUCAAUUAAAUAUUGAAACACGAGACUAAUAAAUUACACGA-----AAGCUCUGAGGCC---AUGAAUGCCGAU----
.............((..-((((((....---))((.((((((.....))))))))......................-----.))))..))(((.---......)))...---- ( -14.90)
>DroEre_CAF1 20830 101 + 1
AGUUGGCCAUUUGUCUAACGCUGCGACA---CCGUAUUCAAUUAAAUAUUGAAAGACGUGGCUAAUAAAUUACCCAA-----AGGCA--AACGCCAAGCCGAACACAAUGG---
.(((((((((..((((.....((((...---.))))((((((.....)))))))))))))))))))...........-----.(((.--...)))................--- ( -25.10)
>DroYak_CAF1 21348 104 + 1
AGUUGGCCAUUUGUCUAACGCUGCGACA---CCGUAUUCAAUUAAAUAUUGAAAGACGUGGCUAAUAAAUUACCCAA-----ACGCA--AACGCCAAGCCGAACACAAUGGUCG
....((((((((((.....((((((...---.(((.((((((.....))))))..)))(((.(((....))).))).-----.....--..)))..)))...))).))))))). ( -22.20)
>DroAna_CAF1 20089 106 + 1
UCUUGGCCAUUUGUCUAACGCUGCGACACCACCGUAUUCAAUUAAAUAUUGAAAGACGUGGCUAAUAAAUUACCCA------ACGGA--AACGCAAGCCCAAACACAAAUGUCG
....(((.((((((.....((((((...((((.((.((((((.....))))))..))))))...........((..------..)).--..))).)))......))))))))). ( -23.00)
>consensus
AGUUGGCCAUUUGUCUAACGCUGCGACA___CCGUAUUCAAUUAAAUAUUGAAAGACGUGGCUAAUAAAUUACCCAA_____ACGCA__AACGCCAAGCCGAACACAAAAGUCG
.(((((((((..((((.....((((.......))))((((((.....)))))))))))))))))))................................................ (-15.24 = -16.18 +   0.95)

alignment

secondary structure

dotplot

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