Locus 3119

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 10,662,051 – 10,662,247
Length 196
Max. P 0.829539
window5147 window5148

overview

Window 7

Location 10,662,051 – 10,662,171
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.89
Mean single sequence MFE -37.98
Consensus MFE -26.05
Energy contribution -26.75
Covariance contribution 0.70
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.70
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.06
SVM RNA-class probability 0.561724
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10662051 120 - 20766785
GAAGCACAUGGAGCUCUGCGUCCCAAAAUUGCAGCUUUAUUCCUACCAGGACUGCGCUGCGAUUGCUACAAAUGUGAGAAUCUACCGUGGAAAAAGCUGCAGGACGUGGAGGAUCAUCAA
.......((((..(((..(((((......(((((((((..(((.....)))(..((.((.((((..(((....)))..)))))).))..)..))))))))))))))..)))..))))... ( -40.40)
>DroSec_CAF1 95549 120 - 1
GAAGCACAUGGAGCUCUACGUCCCAAAAUUGCAGCUUUAUUCCUACCAGGACUACGCUGUUAUUGCUAUAAAUGUGAGAAUCUACCGUGGAAAAAGCUUCAGGACGUGGAGGAUCACCAA
..........((.((((((((((......((.((((((..(((.....)))(((((..(((.(..(.......)..).)))....)))))..)))))).))))))))))))..))..... ( -32.20)
>DroSim_CAF1 96755 120 - 1
GAAGCACAAGGAGCUCUACGUCCCAAAAUUGCAGCUUUAUUCCUACCAGGACUACGCUGCGAUUGUUACAAAUGUGAGAAUCUACCGUGGAAAAAGCUGCAGGACUUGGAGGAUCACCAA
..........((.(((((.((((......(((((((((..(((.....)))(((((.((.((((.((((....)))).)))))).)))))..))))))))))))).)))))..))..... ( -39.90)
>DroEre_CAF1 96676 120 - 1
GAAGCACAUGGAGCUCUACGUCCCAAAAUCGCAGCUACAUUCCUGCCAGGACUACGCUGCGAUUGUAAUAAAUGUGAGAAUCUACCGUGGAAAAAACUGCAGGACGUGGAGGAUCACCAA
..........((.((((((((((...(((((((((.....(((.....)))....)))))))))......................(..(......)..).))))))))))..))..... ( -37.60)
>DroYak_CAF1 103881 120 - 1
GAAGCCCAUGGAGCUCUGCGUCCCAAAAUUGCUGCUUUAUUCCUACCAGGACUACGCUGCGAUUGCAAUAAAUGUGAGAAGCUGCCGUGGAAAAAGCUGCAGGACGUGGAGGAUCACCAA
..........((.(((..(((((......(((.(((((..(((.....)))((((((.((..(..((.....))..)...)).).)))))..))))).))))))))..)))..))..... ( -38.90)
>DroAna_CAF1 129612 120 - 1
GAAGCUCAUGGAGCUCUUCGUCCCACCAUAGCAGCGCCGUUUGUGGCGGGAGUACGUUGUGGCUGUCAGGAUUGCACCGUCCUUCCUUGGCGGAAACUGAGGCAACUGGAGCAGCACCAA
........(((.(((((((...((.(((.......((((....))))(((((.(((.((..(((....)).)..)).))).))))).))).))......((....)))))).))).))). ( -38.90)
>consensus
GAAGCACAUGGAGCUCUACGUCCCAAAAUUGCAGCUUUAUUCCUACCAGGACUACGCUGCGAUUGCUAUAAAUGUGAGAAUCUACCGUGGAAAAAGCUGCAGGACGUGGAGGAUCACCAA
........(((.(((((((((((...(((((((((.....(((.....)))....)))))))))......................(..(......)..).))))))))))...).))). (-26.05 = -26.75 +   0.70)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 10,662,131 – 10,662,247
Length 116
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.84
Mean single sequence MFE -40.92
Consensus MFE -30.66
Energy contribution -31.25
Covariance contribution 0.59
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -2.35
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 0.71
SVM RNA-class probability 0.829539
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10662131 116 + 20766785
AUAAAGCUGCAAUUUUGGGACGCAGAGCUCCAUGUGCUUCCUGGCCUGCCAGUUGGCUAACUGAACGUCUGUAGCCGCUGCUCACUGUAUCCAGAAUGGCAGCUAACUUUUCC----AAU
....((((((.(((((((((((..((((..(.........((((....))))..(((((...(.....)..))))))..))))..))).)))))))).)))))).........----... ( -39.40)
>DroSec_CAF1 95629 116 + 1
AUAAAGCUGCAAUUUUGGGACGUAGAGCUCCAUGUGCUUCCUGGCCUGUCAGUUGGCUAACUGAACGUCUGUAGCCGGUGCUCACUGUAUCCAGAAUGGCAGCUAACUUUUCC----AAU
....((((((.(((((((((((..((((.((.........((((....))))..(((((...(.....)..))))))).))))..))).)))))))).)))))).........----... ( -40.60)
>DroSim_CAF1 96835 116 + 1
AUAAAGCUGCAAUUUUGGGACGUAGAGCUCCUUGUGCUUCCUGGCCUGUCAGUUGGCUAACAGAACGUCUGUAGCCGGUGCUCACUGUAUCCAGAAUGGCGGCUAUCUUUUCC----AAU
....((((((.(((((((((((..((((.((.........((((....))))..(((((.(((.....)))))))))).))))..))).)))))))).)))))).........----... ( -43.20)
>DroEre_CAF1 96756 116 + 1
AUGUAGCUGCGAUUUUGGGACGUAGAGCUCCAUGUGCUUCUUGGCCUGUCAGUUGGCUGACUGCUCGCCUGUAGCCGGUGCUCACUGUGUCCAGAAUCGCAGCUAGCUUCUCC----AAU
...(((((((((((((((((((..((((.((..(.(((....(((..(((((....))))).....)))...)))))).))))..))).))))))))))))))))........----... ( -50.10)
>DroYak_CAF1 103961 116 + 1
AUAAAGCAGCAAUUUUGGGACGCAGAGCUCCAUGGGCUUCUUGUCCAGUCAGUUGGCUAACUGCUCGUCUGUAGCCGGUGCUCACUGUAUCCAGAAUGGCAGCUAGCUUUUCC----AAU
..((((((((.(((((((((((..((((.((.(((((.....))))).......(((((.(.........)))))))).))))..))).))))))))....))).)))))...----... ( -38.70)
>DroAna_CAF1 129692 120 + 1
ACGGCGCUGCUAUGGUGGGACGAAGAGCUCCAUGAGCUUCAUUAGUCGAAAGUUGACUUAUAGCACUUCUGUAGCCGGUGGUCACCGUGUCCAUUAUCUCCACCAGCUUCUCCUGGCUAA
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>consensus
AUAAAGCUGCAAUUUUGGGACGUAGAGCUCCAUGUGCUUCCUGGCCUGUCAGUUGGCUAACUGAACGUCUGUAGCCGGUGCUCACUGUAUCCAGAAUGGCAGCUAGCUUUUCC____AAU
....((((((.(((((((((((..((((.((.........((((....))))..(((((...(.....)..))))))).))))..))).)))))))).))))))................ (-30.66 = -31.25 +   0.59)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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