Locus 3118

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	10,657,947 – 10,658,046
Length	99
Max. P	0.969914

overview

Window 5

Location	10,657,947 – 10,658,046
Length	99
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.44
Mean single sequence MFE	-47.03
Consensus MFE	-26.73
Energy contribution	-28.07
Covariance contribution	1.34
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-1.73
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	0.23
SVM RNA-class probability	0.645735
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10657947 99 + 20766785
CCUAUUGCCACUGCUUGCGGAUGCGGCCAGUCAGCAAGAGUAUCUCGCUGCACCGCUGGACUUUAGCAAGAAGUC------------------CAGCUCGCGCAAGCAGGCGCAGCC
....((((..((((((((((.((((((.((...((....))..)).))))))))((((((((((.....))))))------------------))))....))))))))..)))).. ( -48.60)
>DroVir_CAF1 138920 117 + 1
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(((((((((..(((((((.......)))))))...............((((...))))((((((.....))))))...))))..(((.(((.(.....).))).....)))))))). ( -36.70)
>DroPse_CAF1 116227 117 + 1
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...(((((.(((.(((((.......)))))...((.((((...(((((((.(((((((((((((.....))))))...))))).)).))).).))))))).))....))).))))). ( -45.70)
>DroGri_CAF1 127916 117 + 1
GCUGCUGCCGCUGCUUGCCGAUGCGGCCAGCAAGCAGGAGUAUUUAACGGCGCCGCUCGACUUUAGCAAGAAAUCGGAAGCGGAAACGGCGCGCAGUUCGCGCAAGCAAGCGCAGCC
((((((((.((((((.((((...)))).))).)))..............(((((((((((.(((.....))).)))..)))(....)))))))))(((.((....)).)))))))). ( -49.40)
>DroAna_CAF1 125775 111 + 1
CUUGCUGCCCCUGCUGGCGGAUGCGGCCAGCAAGCAGGAGUACCUGGCUGCUCCCCUGGACUUUAGCAAGAAAUCGGA------GGAGGCUCGCAGUUCCCGGAAGCAGGCGCAGCC
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>DroPer_CAF1 117520 117 + 1
CUUGCUGCCCCUGCUGGCCGAUGCAGCCAGCAAGCAGGAGUAUCUGGCCGCUCCGCUGGACUUUAGCAAGAAGUCGGAUGGCGAGAACGGACGCAGCUCCCGCAAGCAGGCGCAGCC
...(((((.(((((((((.......))).....((.((((...(((((((.(((((((((((((.....))))))...))))).)).))).).))))))).)).)))))).))))). ( -50.70)
>consensus
CCUGCUGCCCCUGCUGGCCGAUGCAGCCAGCAAGCAGGAGUAUCUGGCCGCUCCGCUGGACUUUAGCAAGAAGUCGGA_G__GAGAAGGCACGCAGCUCCCGCAAGCAGGCGCAGCC
...(((((.((((((.((((..((.(((((...((....))..))))).))..))...((((((.....))))))..........................)).)))))).))))). (-26.73 = -28.07 +   1.34)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	10,657,947 – 10,658,046
Length	99
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.44
Mean single sequence MFE	-52.50
Consensus MFE	-31.31
Energy contribution	-31.45
Covariance contribution	0.14
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-2.61
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	1.65
SVM RNA-class probability	0.969914
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10657947 99 - 20766785
GGCUGCGCCUGCUUGCGCGAGCUG------------------GACUUCUUGCUAAAGUCCAGCGGUGCAGCGAGAUACUCUUGCUGACUGGCCGCAUCCGCAAGCAGUGGCAAUAGG
...(((..(((((((((.((((((------------------(((((.......)))))))))(((.(((((((.....)))))))....)))...)))))))))))..)))..... ( -50.30)
>DroVir_CAF1 138920 117 - 1
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>DroPse_CAF1 116227 117 - 1
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>DroGri_CAF1 127916 117 - 1
GGCUGCGCUUGCUUGCGCGAACUGCGCGCCGUUUCCGCUUCCGAUUUCUUGCUAAAGUCGAGCGGCGCCGUUAAAUACUCCUGCUUGCUGGCCGCAUCGGCAAGCAGCGGCAGCAGC
.(((((........((((.....))))((((...(((((..((((((.......)))))))))))...............(((((((((((.....))))))))))))))).))))) ( -48.70)
>DroAna_CAF1 125775 111 - 1
GGCUGCGCCUGCUUCCGGGAACUGCGAGCCUCC------UCCGAUUUCUUGCUAAAGUCCAGGGGAGCAGCCAGGUACUCCUGCUUGCUGGCCGCAUCCGCCAGCAGGGGCAGCAAG
.(((((.((((((..((((...((((.(((..(------(((.....(((....)))....))))(((((.((((....)))).))))))))))))))))..)))))).)))))... ( -56.30)
>DroPer_CAF1 117520 117 - 1
GGCUGCGCCUGCUUGCGGGAGCUGCGUCCGUUCUCGCCAUCCGACUUCUUGCUAAAGUCCAGCGGAGCGGCCAGAUACUCCUGCUUGCUGGCUGCAUCGGCCAGCAGGGGCAGCAAG
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>consensus
GGCUGCGCCUGCUUGCGGGAGCUGCGCGCCUUCUC__C_UCCGACUUCUUGCUAAAGUCCAGCGGAGCAGCCAGAUACUCCUGCUUGCUGGCCGCAUCGGCCAGCAGGGGCAGCAAG
.(((((.((((((.((..........................(((((.......)))))...(((.((.(((((.............))))).)).))))).)))))).)))))... (-31.31 = -31.45 +   0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

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