Locus 3116

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	10,656,956 – 10,657,064
Length	108
Max. P	0.864569

overview

Window 2

Location	10,656,956 – 10,657,064
Length	108
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.76
Mean single sequence MFE	-38.65
Consensus MFE	-20.59
Energy contribution	-22.48
Covariance contribution	1.89
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-2.00
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	0.58
SVM RNA-class probability	0.788592
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10656956 108 + 20766785
GUGAGGAUGACGAGAAUACACCAUCGUCUGCAUCUUCGUCGAGCUUCUCUGGCGAUGAGUUCAAUAUG---AGCGCCACAUCGCCAUUGAAGCUGU---CGCGUCAUGCCAUCA
.(((((((((((.((........(((.(.........).)))(((((..((((((((.((((.....)---)))....))))))))..)))))..)---).)))))).)).))) ( -39.70)
>DroVir_CAF1 137743 111 + 1
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..(((((((((((......(((......))).)))))))))))(((((((.....)))))))..((((.((((((......))))...((.....)---).)).))))...... ( -40.60)
>DroPse_CAF1 115185 105 + 1
GGGAGGAUGACGAGAAUACACCAUCGUCGGCAUCCUCGUCGAGCUUCUCCAGCGAUGAGUAUAACAUG---CUGUCCACAUCGCCGCUGAAGCUGU---UGCGUCAUG---UGA
..(((((((.(((((........)).))).)))))))(.((((((((..(.(((((((((((...)))---)).....)))))).)..))))))..---..)).)...---... ( -33.50)
>DroMoj_CAF1 159629 111 + 1
GCGAGGAUGAUGAGAAUACACCGUCAUCGGCAUCCUCCUCCUCGUACUCGGGCGACGAGUACAACAUGUCGGGCGCUAGUUCACCCAUGAAAAUGU---CGCGUCAUGCCAACA
..(((((.((((........(((....))))))).)))))...(((((((.....)))))))..((((.((((((....((((....))))..)))---).)).))))...... ( -34.90)
>DroAna_CAF1 124715 111 + 1
GCGAGGAUGACGAGAAUACACCAUCGUCCGCCUCGUCAUCGAGCUUCUCUGGUGAUGAGUUCAACAUG---AGCUCCACAUCACCACUGAAGCUGUCGUCGCGUCAUGCCGUCA
((((.(((((((((...((......))....))))))))).((((((..(((((((((((((.....)---)))))...)))))))..))))))....))))............ ( -45.80)
>DroPer_CAF1 116478 105 + 1
GGGAGGAUGACGAGAAUACACCAUCGUCGGCAUCCUCGUCGAGCUUCUCCAGCGAUGAGUAUAACAUG---CUGUCCACAUCGCCGGUGAAGCUGU---UGCGUCAUG---UGA
..(((((((.(((((........)).))).)))))))(.((((((((.((.(((((((((((...)))---)).....)))))).)).))))))..---..)).)...---... ( -37.40)
>consensus
GCGAGGAUGACGAGAAUACACCAUCGUCGGCAUCCUCGUCGAGCUUCUCCGGCGAUGAGUACAACAUG___AGCGCCACAUCGCCAAUGAAGCUGU___CGCGUCAUGCCAUCA
..(((((((((((..........)))))...))))))....((((((..((((((((.....................))))))))..)))))).................... (-20.59 = -22.48 +   1.89)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	10,656,956 – 10,657,064
Length	108
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.76
Mean single sequence MFE	-40.57
Consensus MFE	-21.62
Energy contribution	-21.93
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-2.14
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	0.84
SVM RNA-class probability	0.864569
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10656956 108 - 20766785
UGAUGGCAUGACGCG---ACAGCUUCAAUGGCGAUGUGGCGCU---CAUAUUGAACUCAUCGCCAGAGAAGCUCGACGAAGAUGCAGACGAUGGUGUAUUCUCGUCAUCCUCAC
(((.((.((((((((---(..(((((..((((((((.(...(.---......)..).))))))))..)))))))).)((..(((((........)))))..)))))))))))). ( -40.00)
>DroVir_CAF1 137743 111 - 1
UAUUGGCAUGACGCG---ACAAUUUCAUUGGCGAGGUUGCGCCCGACAUGUUGUACUCAUCGCCCGAGUACGAGGAUGACGAUGCCGACGAGGGCGUAUUCUCAUCAUCCUCUC
....((((((..(((---.(((((((......))))))))))....))))))((((((.......))))))((((((((.((((((......)))).....)).)))))))).. ( -40.50)
>DroPse_CAF1 115185 105 - 1
UCA---CAUGACGCA---ACAGCUUCAGCGGCGAUGUGGACAG---CAUGUUAUACUCAUCGCUGGAGAAGCUCGACGAGGAUGCCGACGAUGGUGUAUUCUCGUCAUCCUCCC
...---.........---..((((((..((((((((..(((..---...))).....))))))))..)))))).((((((((((((.......).)))))))))))........ ( -37.90)
>DroMoj_CAF1 159629 111 - 1
UGUUGGCAUGACGCG---ACAUUUUCAUGGGUGAACUAGCGCCCGACAUGUUGUACUCGUCGCCCGAGUACGAGGAGGAGGAUGCCGAUGACGGUGUAUUCUCAUCAUCCUCGC
....((((((....(---(.....)).((((((......)))))).))))))(((((((.....)))))))(((((.((((((((((....))))..))))))....))))).. ( -41.50)
>DroAna_CAF1 124715 111 - 1
UGACGGCAUGACGCGACGACAGCUUCAGUGGUGAUGUGGAGCU---CAUGUUGAACUCAUCACCAGAGAAGCUCGAUGACGAGGCGGACGAUGGUGUAUUCUCGUCAUCCUCGC
............((((....((((((..((((((((.(.(((.---...)))...).))))))))..)))))).((((((((((...(((....)))..)))))))))).)))) ( -41.70)
>DroPer_CAF1 116478 105 - 1
UCA---CAUGACGCA---ACAGCUUCACCGGCGAUGUGGACAG---CAUGUUAUACUCAUCGCUGGAGAAGCUCGACGAGGAUGCCGACGAUGGUGUAUUCUCGUCAUCCUCCC
...---.........---..((((((.(((((((((..(((..---...))).....))))))))).)))))).((((((((((((.......).)))))))))))........ ( -41.80)
>consensus
UGAUGGCAUGACGCG___ACAGCUUCAGUGGCGAUGUGGAGCC___CAUGUUGUACUCAUCGCCAGAGAAGCUCGACGAGGAUGCCGACGAUGGUGUAUUCUCGUCAUCCUCCC
.....................(((((..((((((((.....................))))))))..)))))..(((((.(((((..........))))).)))))........ (-21.62 = -21.93 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

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