Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,547,914 – 10,548,029 |
Length | 115 |
Max. P | 0.999550 |
Location | 10,547,914 – 10,548,029 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 96.44 |
Mean single sequence MFE | -34.48 |
Consensus MFE | -32.60 |
Energy contribution | -32.60 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.26 |
Structure conservation index | 0.95 |
SVM decision value | 0.65 |
SVM RNA-class probability | 0.810336 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 10547914 115 + 20766785 -----UCACCAUCUCACCCUCUGCGACAGUUGCCGGCUUUGUAUGAGUUAAUGACUUGUAGAUAGUUUAACUUACAAAGCAGCCAGCAGGCCAUCUAGGCCCGAUGCUCAAGUCGAUGGC -----...(((((..((.....(((.(.((((.(.((((((((..(((((..((((.......))))))))))))))))).).)))).((((.....)))).).)))....)).))))). ( -33.70) >DroSec_CAF1 45751 115 + 1 -----UCAGCAUCUCACCCUCUGCGACAGUUGCCGGCUUUGUAUGAGUUAAUGACUUGUAGAUAGUUUAACUUACAAAGCAGCCAGCAGGCCAUCUAGGCCCGAUGCUCAAGUCGAUGGC -----..((((((...............((((.(.((((((((..(((((..((((.......))))))))))))))))).).)))).((((.....)))).))))))............ ( -33.40) >DroSim_CAF1 37549 115 + 1 -----UCACCAUCUCACCCUCUGCGACAGUUGCCGGCUUUGUAUGAGUUAAUGACUUGUAGAUAGUUUAACUUACAAAGCAGCCAGCAGGCCAUCUAGGCCCGAUGCUCAAGUCGAUGGC -----...(((((..((.....(((.(.((((.(.((((((((..(((((..((((.......))))))))))))))))).).)))).((((.....)))).).)))....)).))))). ( -33.70) >DroEre_CAF1 42243 120 + 1 CCAGCUCACCAGCUCACCCUCUGCGACAGUUGCCGGCUUUGUAUGAGUUAAUGACUUGUAGAUAGUUUAACUUACAAAGCAGCCAGCAGGCCAUCUAGGCCCGCUGCUCAAGUCGAUGGC ..((((....))))...((....((((........((((((((..(((((..((((.......)))))))))))))))))(((.(((.((((.....)))).))))))...))))..)). ( -37.80) >DroYak_CAF1 42310 118 + 1 CCA--UCACCAUCUCACCCUCUGCGACAGUUGCCGGCUUUGUAUGAGUUAAUGACUUGUAGAUAGUUUAACUUACAAAGCAGCCAGCAGGCCAUCUAGGCCCGAUGCCCAAGUCGAUGGC (((--((((((((...............((((.(.((((((((..(((((..((((.......))))))))))))))))).).)))).((((.....)))).)))).....)).))))). ( -33.80) >consensus _____UCACCAUCUCACCCUCUGCGACAGUUGCCGGCUUUGUAUGAGUUAAUGACUUGUAGAUAGUUUAACUUACAAAGCAGCCAGCAGGCCAUCUAGGCCCGAUGCUCAAGUCGAUGGC .................((....((((.((((.(.((((((((..(((((..((((.......))))))))))))))))).).)))).((((.....))))..........))))..)). (-32.60 = -32.60 + 0.00)
Location | 10,547,914 – 10,548,029 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.44 |
Mean single sequence MFE | -41.74 |
Consensus MFE | -39.06 |
Energy contribution | -39.46 |
Covariance contribution | 0.40 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -2.33 |
Structure conservation index | 0.94 |
SVM decision value | 3.71 |
SVM RNA-class probability | 0.999550 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 10547914 115 - 20766785 GCCAUCGACUUGAGCAUCGGGCCUAGAUGGCCUGCUGGCUGCUUUGUAAGUUAAACUAUCUACAAGUCAUUAACUCAUACAAAGCCGGCAACUGUCGCAGAGGGUGAGAUGGUGA----- ((((((.((((..((...(((((.....)))))(((((((...((((((((((((((.......)))..))))))..)))))))))))).......))...))))..))))))..----- ( -41.10) >DroSec_CAF1 45751 115 - 1 GCCAUCGACUUGAGCAUCGGGCCUAGAUGGCCUGCUGGCUGCUUUGUAAGUUAAACUAUCUACAAGUCAUUAACUCAUACAAAGCCGGCAACUGUCGCAGAGGGUGAGAUGCUGA----- ............(((((((((((.....)))))(((((((...((((((((((((((.......)))..))))))..)))))))))))).....((((.....))))))))))..----- ( -38.60) >DroSim_CAF1 37549 115 - 1 GCCAUCGACUUGAGCAUCGGGCCUAGAUGGCCUGCUGGCUGCUUUGUAAGUUAAACUAUCUACAAGUCAUUAACUCAUACAAAGCCGGCAACUGUCGCAGAGGGUGAGAUGGUGA----- ((((((.((((..((...(((((.....)))))(((((((...((((((((((((((.......)))..))))))..)))))))))))).......))...))))..))))))..----- ( -41.10) >DroEre_CAF1 42243 120 - 1 GCCAUCGACUUGAGCAGCGGGCCUAGAUGGCCUGCUGGCUGCUUUGUAAGUUAAACUAUCUACAAGUCAUUAACUCAUACAAAGCCGGCAACUGUCGCAGAGGGUGAGCUGGUGAGCUGG (((.(((((.....(((((((((.....)))))))))((((((((((((((((((((.......)))..))))))..))))))).))))....)))).)...))).((((....)))).. ( -45.70) >DroYak_CAF1 42310 118 - 1 GCCAUCGACUUGGGCAUCGGGCCUAGAUGGCCUGCUGGCUGCUUUGUAAGUUAAACUAUCUACAAGUCAUUAACUCAUACAAAGCCGGCAACUGUCGCAGAGGGUGAGAUGGUGA--UGG ((((((.((((..((...(((((.....)))))(((((((...((((((((((((((.......)))..))))))..)))))))))))).......))...))))..))))))..--... ( -42.20) >consensus GCCAUCGACUUGAGCAUCGGGCCUAGAUGGCCUGCUGGCUGCUUUGUAAGUUAAACUAUCUACAAGUCAUUAACUCAUACAAAGCCGGCAACUGUCGCAGAGGGUGAGAUGGUGA_____ ((((((.((((..((...(((((.....)))))(((((((...((((((((((((((.......)))..))))))..)))))))))))).......))...))))..))))))....... (-39.06 = -39.46 + 0.40)
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