Locus 305

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 2,038,668 – 2,038,764
Length 96
Max. P 0.884217
window626

overview

Window 6

Location 2,038,668 – 2,038,764
Length 96
Sequences 6
Columns 96
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.65
Mean single sequence MFE -35.07
Consensus MFE -28.17
Energy contribution -28.78
Covariance contribution 0.62
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.66
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.93
SVM RNA-class probability 0.884217
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2038668 96 - 20766785
UCAGUUGGCAGGCAGAAAAGAGUGGCACGUGGUUGUGUUAGGUGAUGCAAUCAUUUCCGCUCUUGCGUGCAUAUCGAUGCUGAUUGCCAAUGCUCU
...(((((((((((....(((((((...(((((((((((....)))))))))))..))))))))))..((((....))))...))))))))..... ( -35.70)
>DroSec_CAF1 23529 96 - 1
ACAGUUGGCAGGCAGAAAUGAGUGGCACGUGGUUGUGUUAGGUGAUGCAAUCAUUUCCGCUCUUGCGUGCAUAUCGAUGCUGAUUGCCAAUGCUCU
...((((((((.(((...(((...(((((((((((((((....)))))))))))....((....))))))...)))...))).))))))))..... ( -35.10)
>DroSim_CAF1 24284 96 - 1
ACAGUUGGCAGGCAAAAAUGAGUGGCACGUGGUUGUGUUAGGUGAUGCAAUCAUUUCCGCUCUUGCGUGCAUAUCGAUGCUGAUUGCCAAUGCUCU
...((((((((((((....((((((...(((((((((((....)))))))))))..))))))))))..((((....))))...))))))))..... ( -35.00)
>DroEre_CAF1 23126 93 - 1
GC---AGGCAGGCAGAAAUGAGUGGCACGUGGUUGUGUUAGGUGAUGCAAUCAUUUCCGCUCUUGCGUGCAUAUCGAUGCUGAUUGCCAAUGCUCU
((---((((((.(((...(((...(((((((((((((((....)))))))))))....((....))))))...)))...))).)))))..)))... ( -33.60)
>DroYak_CAF1 26575 93 - 1
AC---GGGCAGGCAGAAAUGAGUGGCACGUGGUUGUGCUAGGUGAUGCAACCAUUUCCGCUCUUGCGUGCAUAUCGACGCUGAUUGCCAAUGCUCU
..---((((((((((....((((((...((((((((((.....).)))))))))..))))))..((((........))))...)))))..))))). ( -36.20)
>DroAna_CAF1 23884 76 - 1
----UUGGA----------GGGCGGCACGUGGUUGUGUAAGGUGAUGCAAUCAUUUCCGCUCUCGCCGG------GCUGCAGAUUGCCGAAGCCCG
----...((----------((((((...((((((((((......))))))))))..))))))))..(((------(((((.....))...)))))) ( -34.80)
>consensus
AC__UUGGCAGGCAGAAAUGAGUGGCACGUGGUUGUGUUAGGUGAUGCAAUCAUUUCCGCUCUUGCGUGCAUAUCGAUGCUGAUUGCCAAUGCUCU
......(((((((((....((((((...(((((((((((....)))))))))))..))))))..((((........))))...)))))..)))).. (-28.17 = -28.78 +   0.62)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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