Locus 3031

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>2R_DroMel_CAF1 10455235 95 + 20766785
-GGCCUUUUGAUUAAUGUCCC-C-GCCU-------------G-CUG--CUGUCGUUAUCGACAGGCAAUUAUCUAUGAAAAUUAAUUGACGGCGACAUU-UGUAGUGUGCCAUUU
-(((...(((...((((((.(-(-(...-------------.-...--((((((....)))))).((((((...........)))))).))).))))))-..)))...))).... ( -27.00)
>DroPse_CAF1 54795 93 + 1
--GCCUAAUGAUUAAUGUCCC-CGGGCU-------------G-CCG--CUGUCGUUAUCGACAGGCAAUUAUCUAUGGAAAUUAAUUGUUGGCGACAUU-UGUUG--UGCCAGCC
--.......(((((((.(((.-.(((.(-------------(-((.--.(((((....)))))))))....)))..))).)))))))((((((.(((..-...))--))))))). ( -29.10)
>DroSim_CAF1 59601 96 + 1
CGGCCUUUUGAUUAAUGUCCC-C-GCCU-------------G-CUG--CUGUCGUUAUCGACAGGCAAUUAUCUAUGGAAAUUAAUUGACGGCGACAUU-UGUAGUGUGCCAUUU
.(((...(((...((((((.(-(-(...-------------.-...--((((((....)))))).((((((...........)))))).))).))))))-..)))...))).... ( -27.30)
>DroWil_CAF1 88817 104 + 1
---ACAUUUGAUUAAUGUUCC-G--GCUAGGCAUUUCUUUUGCCCGCUUUGUUGUUAUCGACAGGCAAUUAUCUAUGGAAAUUAAUUGUUGGCGACAUUCUCUAGUUUCC-----
---......(((((((.((((-(--....((((.......)))).((((.((((....)))))))).........))))))))))))...((.(((........))).))----- ( -21.90)
>DroAna_CAF1 62840 98 + 1
--GACAUUUGAUUAAUGUCCCCC-GGCU----------GUUG-CCG--UUGUCGUUAUCGACAGGCAAUUAUCUAUGGAAAUUAAUUGUUGGCGACAUU-UGUAGUGUGCCAGCC
--.......(((((((.(((...-((..----------((((-((.--.(((((....)))))))))))..))...))).)))))))((((((.((((.-....)))))))))). ( -33.30)
>DroPer_CAF1 61011 95 + 1
--GCCUAAUGAUUAAUGUCCC-CGGGCU-------------G-CCG--CUGUCGUUAUCGACAGGCAAUUAUCUAUGGAAAUUAAUUGUUGGCGACAUU-UGUUGUGUGCCAGCC
--.......(((((((.(((.-.(((.(-------------(-((.--.(((((....)))))))))....)))..))).)))))))((((((.((((.-....)))))))))). ( -30.20)
>consensus
__GCCUUUUGAUUAAUGUCCC_C_GGCU_____________G_CCG__CUGUCGUUAUCGACAGGCAAUUAUCUAUGGAAAUUAAUUGUUGGCGACAUU_UGUAGUGUGCCAGCC
.............((((((((...........................((((((....))))))(((((((...........))))))).)).))))))................ (-16.08 = -15.92 +  -0.17) 

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Window 5

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>2R_DroMel_CAF1 10455235 95 - 20766785
AAAUGGCACACUACA-AAUGUCGCCGUCAAUUAAUUUUCAUAGAUAAUUGCCUGUCGAUAACGACAG--CAG-C-------------AGGC-G-GGGACAUUAAUCAAAAGGCC-
....(((........-((((((.(((((.....((((....))))...(((((((((....))))))--..)-)-------------))))-)-).)))))).........)))- ( -29.53)
>DroPse_CAF1 54795 93 - 1
GGCUGGCA--CAACA-AAUGUCGCCAACAAUUAAUUUCCAUAGAUAAUUGCCUGUCGAUAACGACAG--CGG-C-------------AGCCCG-GGGACAUUAAUCAUUAGGC--
((((((((--.....-..))))(((..((((((.((.....)).)))))).((((((....))))))--.))-)-------------)))).(-....)..............-- ( -24.10)
>DroSim_CAF1 59601 96 - 1
AAAUGGCACACUACA-AAUGUCGCCGUCAAUUAAUUUCCAUAGAUAAUUGCCUGUCGAUAACGACAG--CAG-C-------------AGGC-G-GGGACAUUAAUCAAAAGGCCG
....(((........-((((((.(((((........((....))....(((((((((....))))))--..)-)-------------))))-)-).)))))).........))). ( -30.63)
>DroWil_CAF1 88817 104 - 1
-----GGAAACUAGAGAAUGUCGCCAACAAUUAAUUUCCAUAGAUAAUUGCCUGUCGAUAACAACAAAGCGGGCAAAAGAAAUGCCUAGC--C-GGAACAUUAAUCAAAUGU---
-----((..((........))..))....((((((((((...((((......))))............(((((((.......))))).))--.-)))).)))))).......--- ( -18.70)
>DroAna_CAF1 62840 98 - 1
GGCUGGCACACUACA-AAUGUCGCCAACAAUUAAUUUCCAUAGAUAAUUGCCUGUCGAUAACGACAA--CGG-CAAC----------AGCC-GGGGGACAUUAAUCAAAUGUC--
((((((((((.....-..))).)))......................((((((((((....))))).--.))-))).----------))))-....((((((.....))))))-- ( -26.50)
>DroPer_CAF1 61011 95 - 1
GGCUGGCACACAACA-AAUGUCGCCAACAAUUAAUUUCCAUAGAUAAUUGCCUGUCGAUAACGACAG--CGG-C-------------AGCCCG-GGGACAUUAAUCAUUAGGC--
((((((((.......-..))))(((..((((((.((.....)).)))))).((((((....))))))--.))-)-------------)))).(-....)..............-- ( -23.60)
>consensus
GGCUGGCACACUACA_AAUGUCGCCAACAAUUAAUUUCCAUAGAUAAUUGCCUGUCGAUAACGACAG__CGG_C_____________AGCC_G_GGGACAUUAAUCAAAAGGC__
................((((((.((..((((((.((.....)).)))))).((((((....))))))...........................))))))))............. (-13.65 = -14.32 +   0.67) 

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