Locus 3020

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 10,419,182 – 10,419,290
Length 108
Max. P 0.844687
window4981 window4982

overview

Window 1

Location 10,419,182 – 10,419,290
Length 108
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.00
Mean single sequence MFE -46.87
Consensus MFE -30.61
Energy contribution -31.17
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -1.61
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.37
SVM RNA-class probability 0.710201
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10419182 108 + 20766785
UGGCUGCACAGGCAAUGGAGAUGUGUGGCUUGACGAUGUCGCCACAGCCCACAUCCCUCUUGCGAACCUCCUCCGUGUUGCAGGCGGAGUGGCUUGUG---CG---AACCUUAG
.((.(((((((((...((.((((((.((((((.((....)).)).)))))))))))).........(((((.((........)).)))).))))))))---))---..)).... ( -44.70)
>DroVir_CAF1 31412 112 + 1
UGGCCGCACAGGCAAUCGAGAUGUGCGGCUUGACAAUGUCGCCGCAGCCAACGUCCCGUUUGUGCACAUGAUCCGUGUUGCAAGCUGAGUGUGUAGUGCUCCGCUCUGGCUU--
.(((((((((..(....)...))))))))).(((...)))((((.(((.........(((((((.(((((...)))))))))))).((((.......)))).))).))))..-- ( -37.70)
>DroPse_CAF1 21241 111 + 1
UGGCCGCACAGGCAAUCGAGAUGUGGGGCUUCACAAUUUCGCCGCAGCCCACAUCCCGUUUGCGAAUUUCAUCCGUGUUGCAGGCGGAGUGGGUGGUGGCGGG---UACCUUGA
.((((.((((..(....)...)))).))))...(((.((((((((.((((((...((((((((((....(....)..)))))))))).)))))).))))))))---....))). ( -48.50)
>DroMoj_CAF1 30487 112 + 1
UGGCCGCACAGGCGAUCGAGAUGUGCGGCUUGACGAUGUCGCCACAGCCGACGUCUCGCUUGCGCACCUGCUCCGUGUUGCAGGCGGAGUGAACCGUGAGGCGCUCCGGCUU--
.((((((.(((((....(((((((.(((((((.((....)).)).))))))))))))))))).)).(((((........))))).((((((..((....)))))))))))).-- ( -57.40)
>DroAna_CAF1 27284 111 + 1
UGGCCGCACAGGCUAUCGAAAUGUGCGGCUUGACGAUGUCGCCACAACCCACAUCCCGUUUCCGGACCUCCUCCGUGUUGCAAGCAGAGUGGGUGGUGGUCGG---UGGCUUUA
.(((((((((..(....)...))))))))).(((...)))(((((...((((...(((....)))(((..(((.((.......)).)))..))).))))...)---)))).... ( -44.40)
>DroPer_CAF1 27327 111 + 1
UGGCCGCACAGGCAAUCGAGAUGUGGGGCUUCACAAUUUCGCCGCAGCCCACAUCCCGUUUGCGAAUUUCAUCCGUGUUGCAGGCGGAGUGGGUGGUGGCGGG---UACCUUGA
.((((.((((..(....)...)))).))))...(((.((((((((.((((((...((((((((((....(....)..)))))))))).)))))).))))))))---....))). ( -48.50)
>consensus
UGGCCGCACAGGCAAUCGAGAUGUGCGGCUUGACAAUGUCGCCACAGCCCACAUCCCGUUUGCGAACCUCAUCCGUGUUGCAGGCGGAGUGGGUGGUGGCGCG___UACCUU_A
.(((((((((..(....)...)))))))))............(((.((((((...((((((((((((.......)).)))))))))).)))))).)))................ (-30.61 = -31.17 +   0.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 10,419,182 – 10,419,290
Length 108
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.00
Mean single sequence MFE -43.87
Consensus MFE -27.38
Energy contribution -28.22
Covariance contribution 0.84
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.07
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.76
SVM RNA-class probability 0.844687
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10419182 108 - 20766785
CUAAGGUU---CG---CACAAGCCACUCCGCCUGCAACACGGAGGAGGUUCGCAAGAGGGAUGUGGGCUGUGGCGACAUCGUCAAGCCACACAUCUCCAUUGCCUGUGCAGCCA
....((((---.(---((((((((.(((((.........)))))..)))).((((..((((((((((((.(((((....))))))))).))))))))..)))).))))))))). ( -53.30)
>DroVir_CAF1 31412 112 - 1
--AAGCCAGAGCGGAGCACUACACACUCAGCUUGCAACACGGAUCAUGUGCACAAACGGGACGUUGGCUGCGGCGACAUUGUCAAGCCGCACAUCUCGAUUGCCUGUGCGGCCA
--..(((.((((.(((.........))).))))(((.((((.....))))..(((.(((((.(((((((..((((....)))).))))).)).))))).)))....)))))).. ( -34.90)
>DroPse_CAF1 21241 111 - 1
UCAAGGUA---CCCGCCACCACCCACUCCGCCUGCAACACGGAUGAAAUUCGCAAACGGGAUGUGGGCUGCGGCGAAAUUGUGAAGCCCCACAUCUCGAUUGCCUGUGCGGCCA
....((..---.((((((.....((.((((.........))))))......((((.(((((((((((((...(((....)))..)).))))))))))).)))).)).)))))). ( -38.40)
>DroMoj_CAF1 30487 112 - 1
--AAGCCGGAGCGCCUCACGGUUCACUCCGCCUGCAACACGGAGCAGGUGCGCAAGCGAGACGUCGGCUGUGGCGACAUCGUCAAGCCGCACAUCUCGAUCGCCUGUGCGGCCA
--..(((((((.(((....)))...))))((((((........))))))(((((.((((((.(((((((.(((((....)))))))))).)).))))....)).)))))))).. ( -52.20)
>DroAna_CAF1 27284 111 - 1
UAAAGCCA---CCGACCACCACCCACUCUGCUUGCAACACGGAGGAGGUCCGGAAACGGGAUGUGGGUUGUGGCGACAUCGUCAAGCCGCACAUUUCGAUAGCCUGUGCGGCCA
....((((---(...((((.(((..(((((.........)))))..)))(((....)))...))))...)))))(((...)))..((((((((...........)))))))).. ( -46.00)
>DroPer_CAF1 27327 111 - 1
UCAAGGUA---CCCGCCACCACCCACUCCGCCUGCAACACGGAUGAAAUUCGCAAACGGGAUGUGGGCUGCGGCGAAAUUGUGAAGCCCCACAUCUCGAUUGCCUGUGCGGCCA
....((..---.((((((.....((.((((.........))))))......((((.(((((((((((((...(((....)))..)).))))))))))).)))).)).)))))). ( -38.40)
>consensus
U_AAGCCA___CCCACCACCACCCACUCCGCCUGCAACACGGAGGAGGUUCGCAAACGGGAUGUGGGCUGCGGCGACAUCGUCAAGCCGCACAUCUCGAUUGCCUGUGCGGCCA
.................................((..(((((.........((((.(((((((((((((...(((....)))..)))).))))))))).)))))))))..)).. (-27.38 = -28.22 +   0.84)

alignment

Postscript

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