Locus 2979

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	10,278,924 – 10,279,084
Length	160
Max. P	0.999510

overview

Window 2

Location	10,278,924 – 10,279,044
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.28
Mean single sequence MFE	-46.75
Consensus MFE	-45.01
Energy contribution	-42.82
Covariance contribution	-2.19
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-2.44
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	3.67
SVM RNA-class probability	0.999510
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10278924 120 - 20766785
GCUGGCUUCCGCUGGCCGGGGGUGGCCUGGCCAAUGUUUCGAUCCGGAAGCGGGCUAGGCUAUCCCCAUUGGCAUCGGGUCAUGACUACAUCAUCUACGGGCAGAGAAUAUCCGAUCAGA
(((((((......))))(((((((((((((((...(((((......))))).)))))))))))))))...)))(((((((.((((.....))))(....).........))))))).... ( -53.70)
>DroVir_CAF1 27602 120 - 1
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((((((((....)))))((((((((((((((..(((....))).((....)).))))))))))))))...)))(((.(...((((.....))))...).))).................. ( -40.10)
>DroPse_CAF1 22178 120 - 1
GCUGGCUACCGCUGGCCGGGGGUGGUCUGGCCAAUGUGUCCAUACGGAAACGGGCUAGACUAUCCCCACUGGCAUCGGGUCAUGACUACAUCAUCUAUGGGCAGAGGAUCUCCGAUCAAA
((..((....))..)).(((((((((((((((...((.(((....))).)).))))))))))))))).(((.(...((((.(((....))).))))...).)))..((((...))))... ( -52.70)
>DroGri_CAF1 22576 120 - 1
GCUGGUUACCGCUGGCCGGGGGUGGUCUAGCAAAUGUUUCGAUACGCAAACGUGCUAGAUUAUCCCCAUUGGCAUCGGGUCAUGACUACAUCAUCUAUGGGCAAAGAAUCUCCGAUCAAA
((((((((....)))))(((((((((((((((...((((((...)).)))).)))))))))))))))...)))((((((...(((.....)))(((........)))...)))))).... ( -40.30)
>DroWil_CAF1 22042 120 - 1
GCUGGCUCCCGCUGGCCGGGGGUGGCCUGGCAAAUGUUUCCAUACGUAAACGUGCCAGGCUAUCCCCAUUGGCAUCGGGUCAUGACUACAUCAUCUAUGGGCAGAGAAUCUCCGAUCAGA
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>DroMoj_CAF1 24229 120 - 1
GCUGGCUACCGCUGGCUGGGGGUGGUCUGGCAAAUGUUUCGAUACGUAAACGUGCCAGAUUAUCCCCAUUAGCAUCGGGUCAUGACUACAUCAUCUAUGGGCAAAGAAUCUCCGAUCAAA
((..((....))..))((((((((((((((((...((((((...)).)))).))))))))))))))))...(.((((((...(((.....)))(((........)))...)))))))... ( -44.60)
>consensus
GCUGGCUACCGCUGGCCGGGGGUGGUCUGGCAAAUGUUUCCAUACGCAAACGUGCUAGACUAUCCCCAUUGGCAUCGGGUCAUGACUACAUCAUCUAUGGGCAAAGAAUCUCCGAUCAAA
(((((((......))))(((((((((((((((..(((((........))))))))))))))))))))...)))((((((...(((.....)))(((........)))...)))))).... (-45.01 = -42.82 +  -2.19)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	10,278,964 – 10,279,084
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.22
Mean single sequence MFE	-52.80
Consensus MFE	-49.54
Energy contribution	-47.80
Covariance contribution	-1.74
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-2.58
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	3.37
SVM RNA-class probability	0.999097
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10278964 120 - 20766785
GUACGCGCACAGGUAAUGACCAGAGACGAGAGCACCGAGGGCUGGCUUCCGCUGGCCGGGGGUGGCCUGGCCAAUGUUUCGAUCCGGAAGCGGGCUAGGCUAUCCCCAUUGGCAUCGGGU
((.(.(((.(.(((....))).).).)).).)).((((.(((..((....))..)))(((((((((((((((...(((((......))))).))))))))))))))).......)))).. ( -59.40)
>DroVir_CAF1 27642 120 - 1
GUACGCGCACAGGUAAUGACCAGAGACGAAAGCACAGAAGGCUGGCUACCGUUGGCCGGGGGUGGUCUAGCAAAUGUUUCCAUACGCAAGCGAGCUAGAUUAUCCCCAUUGGCGUCGGGU
...(((((...(((....)))...(.(....)).(((..(((..((....))..)))((((((((((((((..(((....))).((....)).)))))))))))))).)))))).))... ( -46.90)
>DroGri_CAF1 22616 120 - 1
GUACGCGCGCAGGUAAUGACCAGAGACGAGAGCACCGAGGGCUGGUUACCGCUGGCCGGGGGUGGUCUAGCAAAUGUUUCGAUACGCAAACGUGCUAGAUUAUCCCCAUUGGCAUCGGGU
((.(.(((...(((....)))...).)).).)).((((.(((..((....))..)))(((((((((((((((...((((((...)).)))).))))))))))))))).......)))).. ( -48.40)
>DroWil_CAF1 22082 120 - 1
GUACGCGCACAGGUAAUGACUAGAGACGAGAGUACCGAGGGCUGGCUCCCGCUGGCCGGGGGUGGCCUGGCAAAUGUUUCCAUACGUAAACGUGCCAGGCUAUCCCCAUUGGCAUCGGGU
.(((.(((.(.(((....))).).).))...)))((((.(((..((....))..)))(((((((((((((((...((((.(....).)))).))))))))))))))).......)))).. ( -54.80)
>DroMoj_CAF1 24269 120 - 1
GUACGCGCACAGGUAAUGACCAGGGACGAGAGCACCGAGGGCUGGCUACCGCUGGCUGGGGGUGGUCUGGCAAAUGUUUCGAUACGUAAACGUGCCAGAUUAUCCCCAUUAGCAUCGGGU
((.(.((..(.(((....)))..)..)).).)).((((.(((..((....))..)))(((((((((((((((...((((((...)).)))).))))))))))))))).......)))).. ( -50.50)
>DroPer_CAF1 22185 120 - 1
GUACGCGCACAGGUAAUGACCAGAGACGAGAGUACCGAGGGCUGGCUACCGCUGGCCGGGGGUGGUCUGGCCAAUGUGUCCAUACGGAAACGGGCUAGACUAUCCCCACUGGCAUCGGGU
.(((.(((.(.(((....))).).).))...)))((((.(((..((....))..)))(((((((((((((((...((.(((....))).)).))))))))))))))).......)))).. ( -56.80)
>consensus
GUACGCGCACAGGUAAUGACCAGAGACGAGAGCACCGAGGGCUGGCUACCGCUGGCCGGGGGUGGUCUGGCAAAUGUUUCCAUACGCAAACGUGCUAGACUAUCCCCAUUGGCAUCGGGU
.....(((.(.(((....))).).).))......((((.(((..((....))..)))(((((((((((((((..(((((........)))))))))))))))))))).......)))).. (-49.54 = -47.80 +  -1.74)

alignment

secondary structure

dotplot

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