| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 10,255,307 – 10,255,426 |
| Length | 119 |
| Max. P | 0.685037 |
| Location | 10,255,307 – 10,255,426 |
|---|---|
| Length | 119 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 90.95 |
| Mean single sequence MFE | -33.88 |
| Consensus MFE | -28.42 |
| Energy contribution | -28.23 |
| Covariance contribution | -0.19 |
| Combinations/Pair | 1.13 |
| Mean z-score | -1.85 |
| Structure conservation index | 0.84 |
| SVM decision value | 0.31 |
| SVM RNA-class probability | 0.685037 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 10255307 119 - 20766785 -GAUAUGUGAAUACGAGGCGUUUCAAGGCUACAGGACAUCGGGAAGCAGUGGGAGCUGCUUCGUUUAGCCGCAGUUGAUUAUGACUUUGAUGUUCACUAUACUAUUUCAUAGUAUUAAUU -.....(((((((((((((((.(((((((((...(....)..((((((((....))))))))...)))))....))))..))).))))).))))))).(((((((...)))))))..... ( -35.00) >DroSec_CAF1 83888 119 - 1 -GACAUGUGAAUACGAGGCGUUUCAAGGCUACAGGACAUCGGGAAGCAGUGGGAGCUGCUUCGUUUAGCCGCAGUUGAUUAUGACUUUGAUGUUCACUAUACUAUUUCAUAGUAUUAAUU -.....(((((((((((((((.(((((((((...(....)..((((((((....))))))))...)))))....))))..))).))))).))))))).(((((((...)))))))..... ( -35.00) >DroSim_CAF1 85776 119 - 1 -GACAUGUGAAUACGAGGCGUUUCAAGGCUACAGGACAUCGGGAAGCAGUGGGUGCUGCUUCGUUUAGCCGCAGUUGAUUAUGACUUUGAUGUUCACUAUACUAUUUCAUAGUAUUAAUU -.....(((((((((((((((.(((((((((...(....)..((((((((....))))))))...)))))....))))..))).))))).))))))).(((((((...)))))))..... ( -34.90) >DroEre_CAF1 89009 119 - 1 -GAUAUGUGAAUACGAGGCGUUUCAAGGCUACAGGACAUCGGGAAGCAGUGGUAGCUGCUUCGUUUAGCCGCAGUUGAUUAUGACUUUGAUGUUCACUAUACUAUUUUAUAGUAUUAAUU -.....(((((((((((((((.(((((((((...(....)..((((((((....))))))))...)))))....))))..))).))))).))))))).(((((((...)))))))..... ( -35.00) >DroYak_CAF1 85972 119 - 1 -GAGAUUUGAAUACGAGGCGUUUCAAGGCUACAGGACAUCGGGAAGCAGUGGGAGCUGCUUCGUUUAGCCGCAGUUGAUUAUGACUUUGAUGUUCACUAUACUAUUUUAUAGUAUUAAUU -.......(((((((((((((.(((((((((...(....)..((((((((....))))))))...)))))....))))..))).))))).)))))((((((......))))))....... ( -31.80) >DroAna_CAF1 85036 120 - 1 AGAGUUCUUAAUACAGUGCGUUACAAGGCUAUAGGACAUGGGGAAGCAGCAAACGCUGUUUCGUUUAGCCGCAGCUGAUUAUGAAUAUAAUGUUCAAACCACAAUGUCAUAGUAUUAAUU .......(((((((...((........)).....(((((.((((((((((....))))))))..(((((....)))))...(((((.....)))))..))...)))))...))))))).. ( -31.60) >consensus _GACAUGUGAAUACGAGGCGUUUCAAGGCUACAGGACAUCGGGAAGCAGUGGGAGCUGCUUCGUUUAGCCGCAGUUGAUUAUGACUUUGAUGUUCACUAUACUAUUUCAUAGUAUUAAUU .........((((((.(((........))).).(((((((((((((((((....))))))))..(((((....)))))........)))))))))................))))).... (-28.42 = -28.23 + -0.19)
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