Locus 2953

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 10,189,616 – 10,189,818
Length 202
Max. P 0.826075
window4874 window4875 window4876 window4877 window4878 window4879

overview

Window 4

Location 10,189,616 – 10,189,716
Length 100
Sequences 6
Columns 100
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.06
Mean single sequence MFE -46.38
Consensus MFE -38.41
Energy contribution -38.88
Covariance contribution 0.48
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -2.15
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.68
SVM RNA-class probability 0.821983
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10189616 100 - 20766785
CACCAACUGUGAUCGUCGGAGCACCACCACCACCGCCCAUGGUCGUGAUGCCGCCGCCACGGCCCACCGUUGUGGUGGGUGGCCAGGCUCCGGUGGCCAG
......(((.(.((..((((((.((((((((((.((....(((((((..((....)))))))))....)).))))).)))))....))))))..)))))) ( -46.20)
>DroSec_CAF1 17642 100 - 1
CACCAACUGUGAUCGUCGGAGCACCACCCCCACCGCCCAUGGUCGUGAUGCCACCGCCACGGCCCACCGUUGUGGUGGGUGGCCAGGCUCCGGUGGCCAC
........(((..(..((((((.((((((((((.((....(((((((..((....)))))))))....)).)))).))))))....))))))..)..))) ( -50.00)
>DroSim_CAF1 17877 100 - 1
CACCAACUGUGAUCGUCGGAGCACCACCCCCACCGCCCAUGGUCGUGAUGCCACCGCCACGGCCCACCGUUGUGGUGGGUGGCCAGGCUCCGGUGGCCAC
........(((..(..((((((.((((((((((.((....(((((((..((....)))))))))....)).)))).))))))....))))))..)..))) ( -50.00)
>DroEre_CAF1 22497 94 - 1
------CUGUGAUCGUCGGAGCACCGCCUCCACCACCCAUGGUCGUGAUGCCGCCGCCACGUCCCACCGUUGUGGUGGGUGGCCAGGCUCCGGUGGCCAC
------..(((..(..((((((...(((((((((((..(((((((((..((....))))))....))))).)))))))).)))...))))))..)..))) ( -46.50)
>DroWil_CAF1 21768 94 - 1
CGCCA---GUGAUCAUUGGAGCUCCACC---GCCGCCUGUUAUAGUUGCACCACCGCCCCGGCCAGCUGUUGUGGUGGGUGGUCAGCCAGCAGUUGCCAC
.....---(..((..((((....(((((---((.((........)).))..((((((..(((....)))..)))))))))))....))))..))..)... ( -31.60)
>DroYak_CAF1 18303 100 - 1
CACCUACUGUGAUCGUCGGAGCACCACCUCCACCGCCCAUGGUCGUGGUGCCACCGCCACGACCCACCGUUGUGGUGGGUGGCCAGGCUCCGGUGGCCAC
........(((..(..((((((.((((((((((.((....((((((((((....))))))))))....)).)))).))))))....))))))..)..))) ( -54.00)
>consensus
CACCAACUGUGAUCGUCGGAGCACCACCCCCACCGCCCAUGGUCGUGAUGCCACCGCCACGGCCCACCGUUGUGGUGGGUGGCCAGGCUCCGGUGGCCAC
........(((..(((((((((.(((((..(((.((.....)).)))....((((((.((((....)))).)))))))))))....)))))))))..))) (-38.41 = -38.88 +   0.48)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 5

Location 10,189,647 – 10,189,750
Length 103
Sequences 6
Columns 109
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.48
Mean single sequence MFE -47.55
Consensus MFE -23.37
Energy contribution -25.93
Covariance contribution 2.56
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -2.04
Structure conservation index 0.49
SVM decision value 0.18
SVM RNA-class probability 0.621523
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10189647 103 + 20766785
CGGUGGGCCGUGGCGGC-----GGC-AUCACGACCAUGGGCGGUGGUGGUGGUGCUCCGACGAUCACAGUUGGUGGCGGUGGUGCAACCACCACGGGUGGCGGAGCAAA
(.((.(.((((((.((.-----.((-(((((..((((.(((.(((((.((((....)).)).))))).))).))))..)))))))..)).)))))).).)).)...... ( -53.60)
>DroVir_CAF1 22995 106 + 1
CUGCGGGUCGUGGCAGUCCGUAGGUUUCGACAACAACUGGCGGUGGUGGUGGUGCAGCACCGAUUACAAUUGGU---GGCGCACCAAUAACGACUGGCGGCGGUGCGAA
(((((((.(......))))))))..((((...((..(((.((((.((..((((((..(((((((....))))))---)..))))))...)).)))).)))..)).)))) ( -47.50)
>DroSec_CAF1 17673 103 + 1
CGGUGGGCCGUGGCGGU-----GGC-AUCACGACCAUGGGCGGUGGGGGUGGUGCUCCGACGAUCACAGUUGGUGGCGGUGGUGCAACCACCACGGGUGGCGGAGCAAA
(.((.(.((((((.(((-----.((-(((((..((((.(((.((((..((((....)).))..)))).))).))))..))))))).))).)))))).).)).)...... ( -51.10)
>DroSim_CAF1 17908 103 + 1
CGGUGGGCCGUGGCGGU-----GGC-AUCACGACCAUGGGCGGUGGGGGUGGUGCUCCGACGAUCACAGUUGGUGGCGGUGGUGCAACCACCACGGGUGGCGGAGCAAA
(.((.(.((((((.(((-----.((-(((((..((((.(((.((((..((((....)).))..)))).))).))))..))))))).))).)))))).).)).)...... ( -51.10)
>DroWil_CAF1 21799 97 + 1
CAGCUGGCCGGGGCGGU-----GGU-GCAACUAUAACAGGCGGC---GGUGGAGCUCCAAUGAUCAC---UGGCGGUGGUGCUCCAAUCACAACUGGUGGAGGAGCAAA
..(((..(((((((..(-----(.(-((..((......))..))---).))..))))).....((((---..(..(((((......)))))..)..)))).)))))... ( -34.00)
>DroYak_CAF1 18334 103 + 1
CGGUGGGUCGUGGCGGU-----GGC-ACCACGACCAUGGGCGGUGGAGGUGGUGCUCCGACGAUCACAGUAGGUGGCGGUGGUGCAACCACCACGGGUGGCGGAGCAAA
(.((.(.((((((.(((-----.((-(((((..((((..((.((((..((((....)).))..)))).))..))))..))))))).))).)))))).).)).)...... ( -48.00)
>consensus
CGGUGGGCCGUGGCGGU_____GGC_ACCACGACCAUGGGCGGUGGGGGUGGUGCUCCGACGAUCACAGUUGGUGGCGGUGGUGCAACCACCACGGGUGGCGGAGCAAA
(.((.(.((((((.(((......((.(((((..((((.(((.((((...(((....)))....)))).))).))))..))))))).))).)))))).).)).)...... (-23.37 = -25.93 +   2.56)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 6

Location 10,189,647 – 10,189,750
Length 103
Sequences 6
Columns 109
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.48
Mean single sequence MFE -34.95
Consensus MFE -21.34
Energy contribution -23.24
Covariance contribution 1.90
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.39
Structure conservation index 0.61
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.509139
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10189647 103 - 20766785
UUUGCUCCGCCACCCGUGGUGGUUGCACCACCGCCACCAACUGUGAUCGUCGGAGCACCACCACCACCGCCCAUGGUCGUGAU-GCC-----GCCGCCACGGCCCACCG
..(((((((.(....(((((((.....)))))))(((.....)))...).))))))).(((.((((.......)))).)))..-(((-----(......))))...... ( -38.00)
>DroVir_CAF1 22995 106 - 1
UUCGCACCGCCGCCAGUCGUUAUUGGUGCGCC---ACCAAUUGUAAUCGGUGCUGCACCACCACCACCGCCAGUUGUUGUCGAAACCUACGGACUGCCACGACCCGCAG
...........((..(((((...(((((((.(---(((..........)))).)))))))......(((...(((........)))...)))......)))))..)).. ( -28.90)
>DroSec_CAF1 17673 103 - 1
UUUGCUCCGCCACCCGUGGUGGUUGCACCACCGCCACCAACUGUGAUCGUCGGAGCACCACCCCCACCGCCCAUGGUCGUGAU-GCC-----ACCGCCACGGCCCACCG
..(((((((.(....(((((((.....)))))))(((.....)))...).)))))))...........(((..((((.(((..-..)-----)).)))).)))...... ( -37.80)
>DroSim_CAF1 17908 103 - 1
UUUGCUCCGCCACCCGUGGUGGUUGCACCACCGCCACCAACUGUGAUCGUCGGAGCACCACCCCCACCGCCCAUGGUCGUGAU-GCC-----ACCGCCACGGCCCACCG
..(((((((.(....(((((((.....)))))))(((.....)))...).)))))))...........(((..((((.(((..-..)-----)).)))).)))...... ( -37.80)
>DroWil_CAF1 21799 97 - 1
UUUGCUCCUCCACCAGUUGUGAUUGGAGCACCACCGCCA---GUGAUCAUUGGAGCUCCACC---GCCGCCUGUUAUAGUUGC-ACC-----ACCGCCCCGGCCAGCUG
..((((((..(((.....)))...))))))......(((---((....)))))((((...((---(..((.(((.......))-)..-----...))..)))..)))). ( -23.50)
>DroYak_CAF1 18334 103 - 1
UUUGCUCCGCCACCCGUGGUGGUUGCACCACCGCCACCUACUGUGAUCGUCGGAGCACCACCUCCACCGCCCAUGGUCGUGGU-GCC-----ACCGCCACGACCCACCG
..(((((((.(....(((((((.....)))))))(((.....)))...).))))))).................(((((((((-(..-----..))))))))))..... ( -43.70)
>consensus
UUUGCUCCGCCACCCGUGGUGGUUGCACCACCGCCACCAACUGUGAUCGUCGGAGCACCACCACCACCGCCCAUGGUCGUGAU_GCC_____ACCGCCACGGCCCACCG
...((((((.(....(((((((.....)))))))(((.....)))...).))))))..................(((((((................)))))))..... (-21.34 = -23.24 +   1.90)

alignment

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secondary structure

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Window 7

Location 10,189,676 – 10,189,790
Length 114
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.46
Mean single sequence MFE -55.10
Consensus MFE -36.70
Energy contribution -39.73
Covariance contribution 3.03
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.22
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.70
SVM RNA-class probability 0.826075
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10189676 114 + 20766785
AUGGGCGGUGGUGGUGGUGCUCCGACGAUCACAGUUGGUGGCGGUGGUGCAACCACCACGGGUGGCGGAGCAAAGCCGAUGCCCACGCCUAUGGGCGGCGGACGCGGUGGUCCG
.((((((....((((..(((((((.(.(((...((.(((((..(.....)..))))))).))).))))))))..)))).))))))((((....)))).(((((......))))) ( -59.20)
>DroVir_CAF1 23030 105 + 1
ACUGGCGGUGGUGGUGGUGCAGCACCGAUUACAAUUGGU---GGCGCACCAAUAACGACUGGCGGCGGUGCGAAGCCAAUGCCCACGCCAAUGGGCGGCGGUCGU------GCC
.(((.((((.((..((((((..(((((((....))))))---)..))))))...)).)))).))).((..(((.(((...(((((......))))))))..))).------.)) ( -54.10)
>DroSec_CAF1 17702 114 + 1
AUGGGCGGUGGGGGUGGUGCUCCGACGAUCACAGUUGGUGGCGGUGGUGCAACCACCACGGGUGGCGGAGCAAAGCCGAUGCCCACGCCGAUGGGCGGCGGACGCGGUGGUCCG
.((((((.....(((..(((((((.(.(((...((.(((((..(.....)..))))))).))).))))))))..)))..))))))((((....)))).(((((......))))) ( -56.80)
>DroSim_CAF1 17937 114 + 1
AUGGGCGGUGGGGGUGGUGCUCCGACGAUCACAGUUGGUGGCGGUGGUGCAACCACCACGGGUGGCGGAGCAAAGCCGAUGCCCACGCCGAUGGGCGGCGGACGCGGUGGUCCG
.((((((.....(((..(((((((.(.(((...((.(((((..(.....)..))))))).))).))))))))..)))..))))))((((....)))).(((((......))))) ( -56.80)
>DroWil_CAF1 21828 105 + 1
ACAGGCGGC---GGUGGAGCUCCAAUGAUCAC---UGGCGGUGGUGCUCCAAUCACAACUGGUGGAGGAGCAAAUCCAAUGCCAACGCCAAUGGGCGGCG---GCGGAGGGCCG
....(((((---(.(((((((((.....((((---..(..(((((......)))))..)..)))).)))))...)))).))))..((((....))))))(---((.....))). ( -46.50)
>DroYak_CAF1 18363 114 + 1
AUGGGCGGUGGAGGUGGUGCUCCGACGAUCACAGUAGGUGGCGGUGGUGCAACCACCACGGGUGGCGGAGCAAAGCCGAUGCCCACGCCGAUGGGCGGAGGACGCGGUGGUCCA
.((((((.....(((..(((((((.(.(((...((.(((((..(.....)..))))))).))).))))))))..)))..))))))((((....))))..((((......)))). ( -57.20)
>consensus
AUGGGCGGUGGGGGUGGUGCUCCGACGAUCACAGUUGGUGGCGGUGGUGCAACCACCACGGGUGGCGGAGCAAAGCCGAUGCCCACGCCGAUGGGCGGCGGACGCGGUGGUCCG
.((((((.....(((..(((((((....((((...((((((..(.....)..))))))...)))))))))))..)))..))))))((((....))))..((((......)))). (-36.70 = -39.73 +   3.03)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 8

Location 10,189,676 – 10,189,790
Length 114
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.46
Mean single sequence MFE -44.83
Consensus MFE -30.06
Energy contribution -32.57
Covariance contribution 2.51
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -1.96
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.51
SVM RNA-class probability 0.764369
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10189676 114 - 20766785
CGGACCACCGCGUCCGCCGCCCAUAGGCGUGGGCAUCGGCUUUGCUCCGCCACCCGUGGUGGUUGCACCACCGCCACCAACUGUGAUCGUCGGAGCACCACCACCACCGCCCAU
(((((......))))).((((....))))(((((...(((........)))....((((((((.((.((..((.(((.....)))..))..)).))))))))))....))))). ( -48.20)
>DroVir_CAF1 23030 105 - 1
GGC------ACGACCGCCGCCCAUUGGCGUGGGCAUUGGCUUCGCACCGCCGCCAGUCGUUAUUGGUGCGCC---ACCAAUUGUAAUCGGUGCUGCACCACCACCACCGCCAGU
(((------(((((.((.((((((....))))))...(((........)))))..)))))...(((((((.(---(((..........)))).)))))))........)))... ( -43.00)
>DroSec_CAF1 17702 114 - 1
CGGACCACCGCGUCCGCCGCCCAUCGGCGUGGGCAUCGGCUUUGCUCCGCCACCCGUGGUGGUUGCACCACCGCCACCAACUGUGAUCGUCGGAGCACCACCCCCACCGCCCAU
.((((......))))((((.....))))((((((...((...(((((((.(....(((((((.....)))))))(((.....)))...).)))))))......))...)))))) ( -47.20)
>DroSim_CAF1 17937 114 - 1
CGGACCACCGCGUCCGCCGCCCAUCGGCGUGGGCAUCGGCUUUGCUCCGCCACCCGUGGUGGUUGCACCACCGCCACCAACUGUGAUCGUCGGAGCACCACCCCCACCGCCCAU
.((((......))))((((.....))))((((((...((...(((((((.(....(((((((.....)))))))(((.....)))...).)))))))......))...)))))) ( -47.20)
>DroWil_CAF1 21828 105 - 1
CGGCCCUCCGC---CGCCGCCCAUUGGCGUUGGCAUUGGAUUUGCUCCUCCACCAGUUGUGAUUGGAGCACCACCGCCA---GUGAUCAUUGGAGCUCCACC---GCCGCCUGU
((((.....((---((.((((....)))).))))..((((..((((((..(((.....)))...))))))......(((---((....)))))...))))..---))))..... ( -38.60)
>DroYak_CAF1 18363 114 - 1
UGGACCACCGCGUCCUCCGCCCAUCGGCGUGGGCAUCGGCUUUGCUCCGCCACCCGUGGUGGUUGCACCACCGCCACCUACUGUGAUCGUCGGAGCACCACCUCCACCGCCCAU
.((((......))))..((((....))))(((((...((...(((((((.(....(((((((.....)))))))(((.....)))...).)))))))......))...))))). ( -44.80)
>consensus
CGGACCACCGCGUCCGCCGCCCAUCGGCGUGGGCAUCGGCUUUGCUCCGCCACCCGUGGUGGUUGCACCACCGCCACCAACUGUGAUCGUCGGAGCACCACCACCACCGCCCAU
.((((......))))..((((....))))(((((...((...(((((((.(....(((((((.....)))))))(((.....)))...).)))))))...))......))))). (-30.06 = -32.57 +   2.51)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 10,189,716 – 10,189,818
Length 102
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.47
Mean single sequence MFE -46.63
Consensus MFE -30.44
Energy contribution -31.88
Covariance contribution 1.45
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.07
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.53
SVM RNA-class probability 0.772640
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10189716 102 - 20766785
CUCGA---------GUGAAUGUCGGCAUCAAUAUCGGCGGACCACCGCGUCCGCCGCCCAUAGGCGUGGGCAUCGGCUUUGCUCCGCCACCC---GUGGUGGUUGCACCACCGC
...((---------(..((.(((((..........(((((((......)))))))((((((....)))))).)))))))..)))........---(((((((.....))))))) ( -48.40)
>DroSec_CAF1 17742 102 - 1
CUCGA---------GUGAAUGUCGGCAUCAAUAUCGGCGGACCACCGCGUCCGCCGCCCAUCGGCGUGGGCAUCGGCUUUGCUCCGCCACCC---GUGGUGGUUGCACCACCGC
...((---------(..((.(((((..........(((((((......)))))))((((((....)))))).)))))))..)))........---(((((((.....))))))) ( -48.20)
>DroSim_CAF1 17977 102 - 1
CUCGA---------GUGAAUGUCGGCAUCAAUAUCGGCGGACCACCGCGUCCGCCGCCCAUCGGCGUGGGCAUCGGCUUUGCUCCGCCACCC---GUGGUGGUUGCACCACCGC
...((---------(..((.(((((..........(((((((......)))))))((((((....)))))).)))))))..)))........---(((((((.....))))))) ( -48.20)
>DroWil_CAF1 21862 105 - 1
CUCGG---CCUGGCGUCAAUAUAGGUGUCAAUAUUGGCGGCCCUCCGC---CGCCGCCCAUUGGCGUUGGCAUUGGAUUUGCUCCUCCACCA---GUUGUGAUUGGAGCACCAC
....(---((.(((((((((...(((.........((((((.....))---))))))).))))))))))))..(((...((((((..(((..---...)))...))))))))). ( -40.80)
>DroYak_CAF1 18403 102 - 1
CUCGA---------GUAAAUGUCGGCAUCAAUAUCGGUGGACCACCGCGUCCUCCGCCCAUCGGCGUGGGCAUCGGCUUUGCUCCGCCACCC---GUGGUGGUUGCACCACCGC
...((---------(((((.(((((..........((.((((......)))).))((((((....)))))).))))))))))))........---(((((((.....))))))) ( -43.20)
>DroAna_CAF1 17707 114 - 1
CUCGUGGGCCCGCCGUGAAUGUGGGCAUUAACAUUGGCGGACCACCGCGACCUCCGCCGAUGGCAGUGGGCGUCGGCUUUGCCCCACCGCCUAUUGUAGUGGCUGCCCCACCAC
...((((((((((.......)))))).........(((((.((((.(((.....))).....((((((((((..(((...)))....)))))))))).)))))))))))))... ( -51.00)
>consensus
CUCGA_________GUGAAUGUCGGCAUCAAUAUCGGCGGACCACCGCGUCCGCCGCCCAUCGGCGUGGGCAUCGGCUUUGCUCCGCCACCC___GUGGUGGUUGCACCACCGC
.......................((.........((((((((......))))))))......((((.(((((.......))))))))).))....(((((((.....))))))) (-30.44 = -31.88 +   1.45)

alignment

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