| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 10,185,064 – 10,185,180 |
| Length | 116 |
| Max. P | 0.557397 |
| Location | 10,185,064 – 10,185,180 |
|---|---|
| Length | 116 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 119 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 81.82 |
| Mean single sequence MFE | -38.77 |
| Consensus MFE | -26.65 |
| Energy contribution | -28.01 |
| Covariance contribution | 1.36 |
| Combinations/Pair | 1.22 |
| Mean z-score | -1.44 |
| Structure conservation index | 0.69 |
| SVM decision value | 0.05 |
| SVM RNA-class probability | 0.557397 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 10185064 116 + 20766785 UCGCCUAUGUGGAGGUGGCUCCCACCCAGGUGGGCAUGUACCAUUUACCCGGUUCUUCG---GAUACCAGUUCGGAUGAGUAUUACGGCAACUUCUACGUGCAUGACUAUUUACGUCAA ..((..((((((((((.((((((((....)))))...(((((((((((..(((((....---)).))).))..))))).))))...))).)))))))))))).((((.......)))). ( -38.80) >DroVir_CAF1 16363 115 + 1 UCGCCUAUUUGGAGGUUGCACCAUCGCCCGUGGGCGUGGUCCAUCAAGCCGAUCCCUUGACCAGCAGCAGCUCGAAUGAGUAUUAUGGCAAUUUCUAUGUGCACAAUUUUCUCGG---- ..(((....((((((((((((((.((((....))))))))...(((((.......)))))....((...((((....))))....)))))))))))).).)).............---- ( -31.40) >DroSec_CAF1 13130 116 + 1 UCGCCUACGUGGAGGUGGCUCCCACCCAGGUGGGCUUGUACCAUUUGCCCGGUUCUUCG---GAAACCAGUUCGGAUGAGUACUACGGGAACUUCUACGUGCAUGACUAUUUACGUCAA ..((..((((((((((...((((.(((....)))...((((((((((..((((((....---).)))).)..)))))).))))...)))))))))))))))).((((.......)))). ( -43.60) >DroSim_CAF1 13275 116 + 1 UCGCCUACGUGGAGGUUGCUCCCACCCAGGUGGGCUUGUACCAUUUGCCCGGUUCUUCG---GAAACCAGUUCGGAUGAGUAUUACGGCAACUUCUACGUGCAUGACUAUUUACGUCAA ..((..(((((((((((((((((((....)))))...((((((((((..((((((....---).)))).)..)))))).))))...)))))))))))))))).((((.......)))). ( -48.00) >DroEre_CAF1 17921 116 + 1 UCGCCUACGUGGAGGUGGCUCCCACGCAGGUUGGCUUGUACCACUUCCCCGAUAACUUG---GAGUCCAGUUCGGAUGAGUAUUACGGCAACUUCUACGUGCAUGACUACUUACGUCUA ..((..((((((((((.(((.....(((((....)))))...((((..((((..(((.(---(...)))))))))..)))).....))).))))))))))))..(((.......))).. ( -33.80) >DroYak_CAF1 13596 116 + 1 UCGCCUACGUGGAGGUGGCACCCACGCAGGUGGGCUUGUACCAUUUCCCCGAUAACUUG---GAGAGCAGUUCGGAUGAGUAUUACGGCAACUUCUACGUGCAAGACUAUCUACGUCUA ..((..((((((((((.((.(((((....)))))..((((..((((..((((..(((..---......)))))))..))))..)))))).)))))))))))).((((.......)))). ( -37.00) >consensus UCGCCUACGUGGAGGUGGCUCCCACCCAGGUGGGCUUGUACCAUUUACCCGAUUCCUCG___GAAACCAGUUCGGAUGAGUAUUACGGCAACUUCUACGUGCAUGACUAUUUACGUCAA ..((..((((((((((.((.(((((....)))))..((((..(((((.((((...................)))).)))))..)))))).)))))))))))).((((.......)))). (-26.65 = -28.01 + 1.36)
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