Locus 2937

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 10,165,541 – 10,165,701
Length 160
Max. P 0.707905
window4845 window4846

overview

Window 5

Location 10,165,541 – 10,165,661
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.60
Mean single sequence MFE -46.46
Consensus MFE -37.58
Energy contribution -38.80
Covariance contribution 1.22
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -1.35
Structure conservation index 0.81
SVM decision value -0.01
SVM RNA-class probability 0.528963
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10165541 120 - 20766785
GCGUCUCAAGAGCCGGGCUCGCAACGAUAACGUGGCUGUGAGCACGGACUACGUAUACGCCACGUUGUCUAGUUGGCCAACGUUGCAACGUGACCAUGGCCUCUGCGACGGCUGGUUGCG
..........((((((.((((((..(((((((((((.(((...(((.....))).)))))))))))))).....(((((..((..(...)..))..)))))..))))).).))))))... ( -49.80)
>DroSec_CAF1 5279 120 - 1
GCGUCUCAAGAGCCGGGCUCGCAACGAUAACGUGGCUGUGAGCACGGAAUACGUAUACGCCAUGUUGUCUAGUUGGCCAACGUUGCAACGUGACCAUGGCCUCUGCGACGGCUGGUUCCU
.........(((((((.((((((..(((((((((((.(((...(((.....))).)))))))))))))).....(((((..((..(...)..))..)))))..))))).).))))))).. ( -50.80)
>DroSim_CAF1 5211 120 - 1
GCGUCUCAAGAGCCGGGCUCGCAACGAUAACGUGGCUGUGAACACGGAAUACGUAUACGCUACGUUGUCUAGUUGGCCAACGUUGCAACGUGACCAUGGCCUCUGCGACGGCUGGUUCCU
.........(((((((.((((((..(((((((((((.(((...(((.....))).)))))))))))))).....(((((..((..(...)..))..)))))..))))).).))))))).. ( -50.30)
>DroEre_CAF1 5351 111 - 1
GCGUCUCAAGAGCCGGGCU-CCAGCGAUAACGUGGCUGAGAGCACGGACUACGUAUACGCCACGUUGUCUAGUUGGCCAA--------CGUGACCAUGGCCUCUGCGACUGCUGGUUGCG
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>DroYak_CAF1 5146 112 - 1
GCGUCUCAAGAGCCGGGCCCCCAACGAUAACGUGGCUGAGAGCACGGACUACGUAUACGCCACGUUGUCUAGUUGGCCAA--------CGUGACCGUGGCCUCUGCGACUGCUGGUUGCG
........((((((.((((......(((((((((((....(..(((.....))).)..))))))))))).....)))).(--------((....))))).))))(((((.....))))). ( -40.40)
>consensus
GCGUCUCAAGAGCCGGGCUCGCAACGAUAACGUGGCUGUGAGCACGGACUACGUAUACGCCACGUUGUCUAGUUGGCCAACGUUGCAACGUGACCAUGGCCUCUGCGACGGCUGGUUGCG
(((((.((.((((((((((.((...(((((((((((.(((...(((.....))).))))))))))))))..)).)))).((((....)))).....))).))))).))).))........ (-37.58 = -38.80 +   1.22)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 10,165,581 – 10,165,701
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.83
Mean single sequence MFE -37.38
Consensus MFE -34.24
Energy contribution -34.56
Covariance contribution 0.32
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.22
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 0.37
SVM RNA-class probability 0.707905
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10165581 120 - 20766785
AUUAUAUUUCAAAUUCAAAUGCUAUGCAGUCGAGCGGAAGGCGUCUCAAGAGCCGGGCUCGCAACGAUAACGUGGCUGUGAGCACGGACUACGUAUACGCCACGUUGUCUAGUUGGCCAA
....................((((.((.(.(((((....(((.((....)))))..))))))...(((((((((((.(((...(((.....))).))))))))))))))..))))))... ( -39.20)
>DroSec_CAF1 5319 120 - 1
AUUAUAUUUCAAAUUCAAAUGCUAUGCAGUCGAGCGGAAGGCGUCUCAAGAGCCGGGCUCGCAACGAUAACGUGGCUGUGAGCACGGAAUACGUAUACGCCAUGUUGUCUAGUUGGCCAA
....................((((.((.(.(((((....(((.((....)))))..))))))...(((((((((((.(((...(((.....))).))))))))))))))..))))))... ( -37.40)
>DroSim_CAF1 5251 120 - 1
AUUAUAUUUGAAAUUCAAAUGCUAUGCAGUCGAGCGGAAGGCGUCUCAAGAGCCGGGCUCGCAACGAUAACGUGGCUGUGAACACGGAAUACGUAUACGCUACGUUGUCUAGUUGGCCAA
.....(((((.....)))))((((.((.(.(((((....(((.((....)))))..))))))...(((((((((((.(((...(((.....))).))))))))))))))..))))))... ( -38.80)
>DroEre_CAF1 5383 119 - 1
AUUAUAUUUCAGAUUCAAAUGCUAUGCAGUCGAGCGGAAGGCGUCUCAAGAGCCGGGCU-CCAGCGAUAACGUGGCUGAGAGCACGGACUACGUAUACGCCACGUUGUCUAGUUGGCCAA
....................((((.((((.(.((((...(((((......(((((.(((-(((((.((...)).)))).)))).))).))......))))).))))).)).))))))... ( -36.40)
>DroYak_CAF1 5178 120 - 1
AUUAUAUUUCAAAUUCAAAUGCUAUGCAGUCGAGCGGAAGGCGUCUCAAGAGCCGGGCCCCCAACGAUAACGUGGCUGAGAGCACGGACUACGUAUACGCCACGUUGUCUAGUUGGCCAA
.......(((...(((...(((...)))...)))..)))(((.((....))))).((((......(((((((((((....(..(((.....))).)..))))))))))).....)))).. ( -35.10)
>consensus
AUUAUAUUUCAAAUUCAAAUGCUAUGCAGUCGAGCGGAAGGCGUCUCAAGAGCCGGGCUCGCAACGAUAACGUGGCUGUGAGCACGGACUACGUAUACGCCACGUUGUCUAGUUGGCCAA
....................(((.((.((.((..(....).)).))))..)))..((((.((...(((((((((((.(((...(((.....))).))))))))))))))..)).)))).. (-34.24 = -34.56 +   0.32)

alignment

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