Locus 2934

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 10,163,462 – 10,163,582
Length 120
Max. P 0.999894
window4842

overview

Window 2

Location 10,163,462 – 10,163,582
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 98.50
Mean single sequence MFE -42.10
Consensus MFE -40.86
Energy contribution -41.46
Covariance contribution 0.60
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -3.43
Structure conservation index 0.97
SVM decision value 4.42
SVM RNA-class probability 0.999894
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10163462 120 + 20766785
GCAGAUUAACAGAUUAUGAUCUGACAGGAGUUGAAAUGUUGUUAGAAACUUCAUUAGCAACAUGUGUGUCCUGGAUGUGAGAGGGAUGUGCGUCGAUUCUUGUUGCGCUUCGGUGCGCAA
((((((((........))))))((((((((((((.((((((((((........))))))))))(..((((((..........))))))..).))))))))))))((((....)))))).. ( -44.00)
>DroSec_CAF1 3249 120 + 1
GCAGAUUAACAGAUUAUGAUCUGACAGGAGUUGAAAUGUUGUUAGAAACUUCAUUAGCAACAUGUGUGUCCUGGAUGUGAGAGGGAUGUGCGUCGAUUCUUGUUGCGCUUCGGUGCGCAA
((((((((........))))))((((((((((((.((((((((((........))))))))))(..((((((..........))))))..).))))))))))))((((....)))))).. ( -44.00)
>DroSim_CAF1 3188 120 + 1
GCAGAUUAACAGAUUAUGAUCUGACAGGAGUUGAAAUGUUGUUAGAAACUUCAUUAGCAACAUGUGUGUCCUGGAUGUGAGAGGGAUGUGCGUCGAUUCUUGUUGCGCUUCGGUGCGCAA
((((((((........))))))((((((((((((.((((((((((........))))))))))(..((((((..........))))))..).))))))))))))((((....)))))).. ( -44.00)
>DroEre_CAF1 3252 120 + 1
GCAGAUUAACAGAUUAUGAUCUGACAUGAGUUGAAAUGUUGUUAGAAACUUCAUUAGCAACAUGUGUGUCCUGGAUGUGGGAGGGCUGUGCGUCGAUUCUUGUUGCGCUUCGGUGCGCAA
((((((((........))))))((((.(((((((.((((((((((........))))))))))(..((((((.........))))).)..).))))))).))))((((....)))))).. ( -38.30)
>DroYak_CAF1 3086 120 + 1
GCAGAUUAACAGAUUAUGAUCUGACAUGAGUUGAAAUGUUGUUAGAAACUUCAUUAGCAACAUGUGUGUCCUGGAUGCGAGAGGGAUGUGCGUCGAUUCUUGUUGCGCUUCGGUGCGCAA
((((((((........))))))((((.(((((((.((((((((((........))))))))))(..((((((..........))))))..).))))))).))))((((....)))))).. ( -40.20)
>consensus
GCAGAUUAACAGAUUAUGAUCUGACAGGAGUUGAAAUGUUGUUAGAAACUUCAUUAGCAACAUGUGUGUCCUGGAUGUGAGAGGGAUGUGCGUCGAUUCUUGUUGCGCUUCGGUGCGCAA
.(((((((........)))))))(((((((((((.((((((((((........))))))))))(..((((((..........))))))..).)))))))))))(((((......))))). (-40.86 = -41.46 +   0.60)

alignment

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secondary structure

Postscript

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