Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,120,808 – 10,120,968 |
Length | 160 |
Max. P | 0.963724 |
Location | 10,120,808 – 10,120,928 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.33 |
Mean single sequence MFE | -32.23 |
Consensus MFE | -14.24 |
Energy contribution | -14.58 |
Covariance contribution | 0.34 |
Combinations/Pair | 1.48 |
Mean z-score | -2.79 |
Structure conservation index | 0.44 |
SVM decision value | 1.56 |
SVM RNA-class probability | 0.963724 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 10120808 120 - 20766785 UGACGAACCAAAUGUCGCUGCCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUUAGAAAGGUUAAAGGUUCUGGAAAGGAUUCGAAAGAAAUAUGGCAAUAGGAAUGUCAGAGAAAU (((((((((((((((.((..((.......))..))))))))....(((((((........)))))))..))))).........(((....)))................))))....... ( -31.10) >DroSec_CAF1 4614 120 - 1 UGACGAGCCAAAUGUCGCCACCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUUAAAGGUUCUGGAAAGGAUUUGCAAGAAAUAUGGCAAUAGGAAUGUCAGAGAAAU (((((((((((((((.((((((.......))))))))))))....(((((((........)))))))..)))))..........((((.(....)...)))).......))))....... ( -32.70) >DroSim_CAF1 4414 120 - 1 UGACGAGCCAAAUGUAGCCACCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUCAAAGGUUCUGGAAAGGAUUCGCCAGAAAUAUGGCAAUAGGAAUGUCAGAGAAAU ((((((((((((((((.(((((.......))))))))))))....(((((((........)))))))..)))))............((((......)))).........))))....... ( -39.40) >DroEre_CAF1 4802 120 - 1 UAACGAGUCACCUGUCGCCACCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUUAAGGGUUAUGGAAAGGACUCGUAAGAAAUAUGGCAAAAAGCAUGUCAGAGAAAU ..(((((((...(((.((((((.......)))))))))....((((((((((.((((.....)))).))))))))))....)))))))........(((((.......)))))....... ( -36.20) >DroWil_CAF1 5663 120 - 1 UAAAGAUGUCCUAAAACCUGAGCGUAAGCUUUGGUGCAUUUAUCAUUGUCGUCAGCCAGAUAUAGAUAGAACCAUUGACGCGUUGCUGGAAAAAUAUGGCAAAAAAAAUAUGUAUGAAAU ....(.((((.....(((.((((....)))).)))...((((((..((((........))))..))))))......))))).((((((........)))))).................. ( -23.90) >DroYak_CAF1 4731 120 - 1 UAGCGAGUCACAUGUCGCCACCCAAAAACGAUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUUAAAGGUUAUGGAAAGGAUUCGCAAGAAAUAUGGCAAAAAACAUGUCUGGGAAAU ..(((((((..((((.((((.(.......).))))))))...((((((((((.((((.....)))).))))))))))....))))))).....(((((........)))))......... ( -30.10) >consensus UAACGAGCCAAAUGUCGCCACCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUUAAAGGUUAUGGAAAGGAUUCGCAAGAAAUAUGGCAAAAAGAAUGUCAGAGAAAU ...((((((.......((((((.......)))))).......(((..(((((.((((.....)))).)))))..)))...)).)))).........(((((.......)))))....... (-14.24 = -14.58 + 0.34)
Location | 10,120,848 – 10,120,968 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.06 |
Mean single sequence MFE | -32.45 |
Consensus MFE | -16.49 |
Energy contribution | -16.70 |
Covariance contribution | 0.21 |
Combinations/Pair | 1.53 |
Mean z-score | -1.98 |
Structure conservation index | 0.51 |
SVM decision value | 0.48 |
SVM RNA-class probability | 0.752668 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 10120848 120 - 20766785 UGGAUGCUGAUACGAUAGAAUAUUUCGGAAUAUUCAGUAUUGACGAACCAAAUGUCGCUGCCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUUAGAAAGGUUAAAGGUUCUGGAAA ..((((((((..(((.........)))......))))))))...(((((((((((.((..((.......))..))))))))....(((((((........)))))))..)))))...... ( -32.90) >DroSec_CAF1 4654 120 - 1 UGGAUUCUGAUACGAUAGAAUAUUUCGGAAUAUUCAGUAUUGACGAGCCAAAUGUCGCCACCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUUAAAGGUUCUGGAAA ....(((((((((....(((((((....))))))).)))))...(((((((((((.((((((.......))))))))))))....(((((((........)))))))..))))).)))). ( -35.20) >DroSim_CAF1 4454 120 - 1 UGGAUCCUGAUACGAUAGAAUAUUUCGGAAUAUUUAGUAUUGACGAGCCAAAUGUAGCCACCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUCAAAGGUUCUGGAAA ....(((.(((((....(((((((....))))))).)))))...((((((((((((.(((((.......))))))))))))....(((((((........)))))))..))))).))).. ( -36.60) >DroEre_CAF1 4842 120 - 1 UGGAUCCUGAAGCGAUUGAAUACUUCGGAGUAUUUAGUAUUAACGAGUCACCUGUCGCCACCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUUAAGGGUUAUGGAAA ....((((((..((((((((((((....)))))))))).....))..)))..(((.((((((.......)))))))))......((((((((.((((.....)))).))))))))))).. ( -32.30) >DroYak_CAF1 4771 120 - 1 UGGAUUCUGAUACGAUAGAAUACUUCGGGAUAUUUAGUAUUAGCGAGUCACAUGUCGCCACCCAAAAACGAUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUUAAAGGUUAUGGAAA ..(((((((((((.........(....)........))))))..)))))..((((.((((.(.......).))))))))...((((((((((.((((.....)))).))))))))))... ( -26.13) >DroAna_CAF1 4257 120 - 1 UGGAGCUCUCAGAAUUGGAGUAUUUUGGGGCUUUCAGGAUUAUAAAUCCGCUCGAUCCAAAGCGGAAACAUUGGCUCAUCUAUAGCUGUCUUCACUCUGAGAUUGCCGAAAAUGUGGAGA ..(((((((((((((......)))))))))......((((.....))))))))..((((....(....).(((((..((((..((.((....))))...)))).))))).....)))).. ( -31.60) >consensus UGGAUCCUGAUACGAUAGAAUAUUUCGGAAUAUUCAGUAUUAACGAGCCAAAUGUCGCCACCCAAAAACGGUGGUACAUUUAUUAUGGCCUUAGAUCAGAAAGGUUAAAGGUUCUGGAAA (((....((((((....(((((((....))))))).)))))).....)))..(((.((((((.......)))))))))....(((.((((((.((((.....)))).)))))).)))... (-16.49 = -16.70 + 0.21)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:42:31 2006