| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 10,021,863 – 10,021,963 |
| Length | 100 |
| Max. P | 0.821044 |
| Location | 10,021,863 – 10,021,963 |
|---|---|
| Length | 100 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 109 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 78.90 |
| Mean single sequence MFE | -40.58 |
| Consensus MFE | -24.89 |
| Energy contribution | -25.23 |
| Covariance contribution | 0.34 |
| Combinations/Pair | 1.30 |
| Mean z-score | -1.86 |
| Structure conservation index | 0.61 |
| SVM decision value | 0.68 |
| SVM RNA-class probability | 0.821044 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 10021863 100 - 20766785 CCACAUCCGGAUUUGGUGCUAACGCUUCCGGCUUUGGU--------GUAU-GUGGGGUAACGGCAGCAAUUGCUGGCAUGGCAGCCGCCGAUGCAAUGGAGUCCACAUC ..(((.(((((.((((.((....))..)))).))))))--------))((-(((((.(.....((((....))))(((((((....))).)))).....).))))))). ( -36.20) >DroSec_CAF1 460 100 - 1 CCACCUCCGGAUUUGUUGCUAACGCUUCCGGCUUUGGU--------GUGU-GUGGGGUAACAGCAGCAAUUGCUGGCGUGGUAGCCGCUGAUGCCAGGGACUCCACAUC .((((.(((((......((....)).)))))....)))--------).((-(((((((..((((((...)))))).(.(((((........))))).).))))))))). ( -40.00) >DroSim_CAF1 460 100 - 1 CCACCUCCGGAUUUGUUGCUAACGCUUCCGGCUUUGGU--------GUGU-GUGGGGUAACAGCAGCAAUUGCUGGCGUGGUAGCCGCUGAUGCCACGGACUCCACAUC .((((.(((((......((....)).)))))....)))--------).((-(((((((..((((((...)))))).(((((((........))))))).))))))))). ( -43.60) >DroEre_CAF1 460 100 - 1 CCACCUCCGGAUUUGUUGCAAACGCUUCCGGCUUCGGU--------GUGU-GUGGGGUAACAGCAGCAAUUGCUGGCGUGAUAGACGCAGAUGCAACGGGCUCCACAUC .((((.(((((..(((.....)))..)))))....)))--------).((-(((((((..((((((...))))))((((.....))))...........))))))))). ( -37.20) >DroYak_CAF1 460 100 - 1 CCACCUCCGGAUUUGUUGCUGACGCUUCCGGCUUUGGC--------GUGU-GUGGGGUAACAGCUGCAAUUGCUGGCGUAGUAGCCGCAGAUGCAACGGGCCCCACGUU (((...(((((..((((...))))..)))))...))).--------....-(((((((....(.((((.((((.(((......))))))).)))).)..)))))))... ( -41.70) >DroAna_CAF1 460 103 - 1 CCACCUCCGGAUUGGUUGGCAGCGACUCCGGCAGUGCUACUGCUGCCUUUGCUGGGGUAACCGCGGCAAUCGCAGCCAUC------GCUGGCUGCACCAACUCCACCAC ........((((((((..((.(((((((((((((.((.......))..))))))))))...))).))....(((((((..------..)))))))))))).)))..... ( -44.80) >consensus CCACCUCCGGAUUUGUUGCUAACGCUUCCGGCUUUGGU________GUGU_GUGGGGUAACAGCAGCAAUUGCUGGCGUGGUAGCCGCUGAUGCAACGGACUCCACAUC (((...(((((..(((.....)))..)))))...)))..............(((((((..(((((.....)))))((((...........)))).....)))))))... (-24.89 = -25.23 + 0.34)
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