Locus 2897

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 10,006,933 – 10,007,048
Length 115
Max. P 0.724679
window4781

overview

Window 1

Location 10,006,933 – 10,007,048
Length 115
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.63
Mean single sequence MFE -25.50
Consensus MFE -9.26
Energy contribution -9.42
Covariance contribution 0.16
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.09
Structure conservation index 0.36
SVM decision value 0.41
SVM RNA-class probability 0.724679
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 10006933 115 + 20766785
AUACAUAACUCUCAAGUUAUAGUCGACUUUACGGCCAUAUUAUGCAGUUUAUUUA--AUUAUAUACAA---ACAUAUAAUGAUAUAAACGAAGGUAAAAUUCUGUUUCAGUUGCUUUCGU
....((((((....)))))).((((......))))...........((((((...--(((((((....---..)))))))...))))))((((((((....(((...))))))))))).. ( -21.00)
>DroSec_CAF1 10096 115 + 1
GCACAUAACUCUCAAGUUAUAGUCGACUUUAUGGCCAUAUUAUGCAGUUUAUAUC--AUUAUAUACAU---GGAUAUAAUGAUAUUAACGAAGGUAAAGUUAUGUGUCAGUUGCUUUCGU
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>DroSim_CAF1 10522 118 + 1
GCACAUAACUCUCAAGUUAUAGUCGACUUUAUGGCCAUAUUAUGCAGUUUAUAUC--AUUAUAUACUAUUACAAUAUAAUGAUAUAAACGAAGGUAAAGUUCUGUUUCAGUUGCUUUCGC
(((.((((((....)))))).((((......)))).......))).(((((((((--(((((((.........))))))))))))))))((((((((....(((...))))))))))).. ( -29.30)
>DroEre_CAF1 10299 106 + 1
GAACAUAACUCUCAAGUUAUAGUCGACUUUACGGCCACAUUAUGUAAU-UAUAUA--AGUACAUACAUCU-GUGCU-----AGCACGGAGAAGGUAAAG-----UUUCAGUUGCUUUCGU
(((.((((((....))))))((.(((((..((.(((....((((((.(-(....)--).))))))..(((-(((..-----..))))))...)))...)-----)...)))))))))).. ( -22.80)
>DroYak_CAF1 10456 111 + 1
GAACAUAACUCUCAAGUUAUAGUCGACUUUACGGCCACAUUAUGUGCU-UAUGUAUCAUUAUAUACAU---GCAUU-----AGCUGAAAAAAGGUAAAGUUCAGUUUCAGUGGCUUUCGC
((..((((((....))))))..))........((((((.....((((.-.((((((......))))))---)))).-----(((((((...........)))))))...))))))..... ( -25.00)
>consensus
GAACAUAACUCUCAAGUUAUAGUCGACUUUACGGCCAUAUUAUGCAGUUUAUAUA__AUUAUAUACAU___GCAUAUAAUGAUAUAAACGAAGGUAAAGUUCUGUUUCAGUUGCUUUCGU
....((((((....)))))).((((......))))......................................................((((((((.............)))))))).. ( -9.26 =  -9.42 +   0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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