Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,999,700 – 9,999,792 |
Length | 92 |
Max. P | 0.949937 |
Location | 9,999,700 – 9,999,792 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 5 |
Columns | 106 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 76.48 |
Mean single sequence MFE | -21.96 |
Consensus MFE | -11.18 |
Energy contribution | -12.66 |
Covariance contribution | 1.48 |
Combinations/Pair | 1.18 |
Mean z-score | -2.22 |
Structure conservation index | 0.51 |
SVM decision value | 1.40 |
SVM RNA-class probability | 0.949937 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 9999700 92 + 20766785 --CCCUCACAGCAU----AUGU--------AUAUGCCACAAGUAUGAGUCUGUAUGUAUAAAUCAGUAUGCAGGCUCGUGUGUUUAUAUGUAUACACUUCUAUGUA --........((((----(...--------.))))).(((.....(((((((((((..........)))))))))))((((((........)))))).....))). ( -23.90) >DroSec_CAF1 3016 88 + 1 --ACAUCACAGCAU----A------------UAUGCCACAAGUAUGGGUCUGUAUGUAUACAUCAGUAUGCAGGCUCGUGUGUUUAUAUGUAUACGCUUCUAUGUA --((((...(((((----(------------((((..(((..((((((((((((((..........)))))))))))))))))...)))))))..)))...)))). ( -23.20) >DroSim_CAF1 3169 88 + 1 --ACAUCACAGCAU----A------------UAUGCCACAAGUAUGAGUCUGUAUGUAUAAAUCAGUAUGCAGGCUCGUGUGUUUAUAUGUAUACACUUCUAUGUA --........((((----(------------((...((((....((((((((((((..........))))))))))))))))..))))))).((((......)))) ( -23.10) >DroYak_CAF1 3242 104 + 1 --ACAUCACAGCAUACAUAUAUAUAUAUAUGUACGCCACAAGUAUAAGUCUGUAUGUAUAAAUCAGUAUGCAGGCUCGUGUGUUUAUAUGUAUACACUUCUAUGUA --((((...((.(((((((((.((((((.(((((.......)))))((((((((((..........)))))))))).)))))).)))))))))...))...)))). ( -25.50) >DroAna_CAF1 2188 85 + 1 UCACAUCACAUCAU----G-------GCACAUAUCCCGCAAGUAUAAAUAUGUAUAUAUG---------GGAGGCUUGUGUUUUCGUAUAUAUUCUCU-CUAUAUA ..............----.-------..((((((..(....).....)))))).((((((---------(((((..(((((......))))).)))).-))))))) ( -14.10) >consensus __ACAUCACAGCAU____A____________UAUGCCACAAGUAUGAGUCUGUAUGUAUAAAUCAGUAUGCAGGCUCGUGUGUUUAUAUGUAUACACUUCUAUGUA .............................................(((((((((((..........)))))))))))((((((........))))))......... (-11.18 = -12.66 + 1.48)
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