Locus 2886

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	9,980,258 – 9,980,386
Length	128
Max. P	0.898652

overview

Window 4

Location	9,980,258 – 9,980,364
Length	106
Sequences	5
Columns	106
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.57
Mean single sequence MFE	-22.20
Consensus MFE	-18.62
Energy contribution	-19.38
Covariance contribution	0.76
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.68
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	1.00
SVM RNA-class probability	0.898652
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9980258 106 - 20766785
UAUGCAAAGUUGAGUUUAUCGUGUAUGUAUUUAUACGUAUGUAUAUGAUUAAUACUAAACUGUUUUAAUUGCUUUACGUUACAACGUUAUAAGUGGCAAGACCUAU
..(((..((((.(((..(((((((((((((......)))))))))))))....))).)))).........((((.((((....))))...)))).)))........ ( -23.10)
>DroSec_CAF1 37352 96 - 1
----------UGAGUUUAUCGUGUAUGUAUUUAUACGUAUGUAUAUGAUUAAUUCUAAACUGUUUUAAUUGCUUUACGUUACAACGUUAUAAGUGACAAGACCUAU
----------.(((((.(((((((((((((......))))))))))))).)))))......(((((..(..(((.((((....))))...)))..).))))).... ( -22.30)
>DroSim_CAF1 38728 106 - 1
UAUGCAAAGUUGAGUUUAUCGUGUAUGUAUUUAUACGUAUGUAUAUGAUUAAUACUAAACUGUUUUAAUUGCUUUACGUUACAACGUUAUAAGUGGCAAGACCUAU
..(((..((((.(((..(((((((((((((......)))))))))))))....))).)))).........((((.((((....))))...)))).)))........ ( -23.10)
>DroEre_CAF1 37619 105 - 1
UAUGCAAAGUUGGGUUUAUCGUGUAUGUAA-UUAUCGUAUGUAUAUGAUUAAUGCUAAACUGUUUUAAUUGCUUUACGUUACAACGCUAUAAGUGGCAAGACCUAU
..........(((((((((((((((((((.-......))))))))))))...(((((...((((.((((........)))).)))).......)))))))))))). ( -20.00)
>DroYak_CAF1 39637 106 - 1
UAUGCAAAGUUGGGUUUAUCGUGUACGUAAAUAAUCGUAUGUAUGUGAUUAAUACUAAACUGUUUUAAUUGCUUUACGUUACAACGCUAUAAGUGGCAAGACCUAU
..........(((((((...(((.(((((((.............(..(((((.((......)).)))))..)))))))))))...((((....)))).))))))). ( -22.51)
>consensus
UAUGCAAAGUUGAGUUUAUCGUGUAUGUAUUUAUACGUAUGUAUAUGAUUAAUACUAAACUGUUUUAAUUGCUUUACGUUACAACGUUAUAAGUGGCAAGACCUAU
.......((((.(((..(((((((((((((......)))))))))))))....))).))))(((((..(..(((.((((....))))...)))..).))))).... (-18.62 = -19.38 +   0.76)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	9,980,290 – 9,980,386
Length	96
Sequences	4
Columns	96
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.71
Mean single sequence MFE	-20.70
Consensus MFE	-18.17
Energy contribution	-17.36
Covariance contribution	-0.81
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-1.72
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	0.65
SVM RNA-class probability	0.812873
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9980290 96 - 20766785
GACGGUUACUUAACUUAUGGAGUAUGCAAAGUUGAGUUUAUCGUGUAUGUAUUUAUACGUAUGUAUAUGAUUAAUACUAAACUGUUUUAAUUGCUU
((((((((((((((((.((.......)))))))))))..(((((((((((((......)))))))))))))........))))))).......... ( -22.50)
>DroSim_CAF1 38760 96 - 1
GUCGGUUACUUAACUUAUGGAGUAUGCAAAGUUGAGUUUAUCGUGUAUGUAUUUAUACGUAUGUAUAUGAUUAAUACUAAACUGUUUUAAUUGCUU
..((((((((((((((.((.......)))))))))))..(((((((((((((......)))))))))))))........)))))............ ( -20.10)
>DroEre_CAF1 37651 95 - 1
GACGGUUACUUAACUUAUGGAGUAUGCAAAGUUGGGUUUAUCGUGUAUGUAA-UUAUCGUAUGUAUAUGAUUAAUGCUAAACUGUUUUAAUUGCUU
((((((((((((((((.((.......)))))))))))..((((((((((((.-......))))))))))))........))))))).......... ( -20.00)
>DroYak_CAF1 39669 96 - 1
GACGAUUACUUAACCUAUGGAGUAUGCAAAGUUGGGUUUAUCGUGUACGUAAAUAAUCGUAUGUAUGUGAUUAAUACUAAACUGUUUUAAUUGCUU
.(((((.(((((((...((.......))..)))))))..)))))(((((((........)))))))(..(((((.((......)).)))))..).. ( -20.20)
>consensus
GACGGUUACUUAACUUAUGGAGUAUGCAAAGUUGAGUUUAUCGUGUAUGUAAUUAAACGUAUGUAUAUGAUUAAUACUAAACUGUUUUAAUUGCUU
......(((((........))))).((((((((.(((..((((((((((((........))))))))))))....))).)))).......)))).. (-18.17 = -17.36 +  -0.81)

alignment

secondary structure

dotplot

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