Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,954,570 – 9,954,662 |
Length | 92 |
Max. P | 0.870861 |
Location | 9,954,570 – 9,954,662 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 116 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 75.43 |
Mean single sequence MFE | -35.78 |
Consensus MFE | -22.02 |
Energy contribution | -22.77 |
Covariance contribution | 0.75 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -1.66 |
Structure conservation index | 0.62 |
SVM decision value | 0.87 |
SVM RNA-class probability | 0.870861 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 9954570 92 + 20766785 AAU------GC---CUCCCCAGCUGCUCAGUGGUGCCCUCUACACACGCUUAGUAGCCGUUUGGGAGCU-GGAAAAGUGGCAAGCGUUGGGGUA---UU--------UGGCGG--- ..(------((---(.(((((((((((.(((((((.......))).)))).))))))((((((...(((-.....)))..)))))).)))))..---..--------.)))).--- ( -37.30) >DroPse_CAF1 25601 92 + 1 CAUUCUGCCAC---CUCCCUUGCUGCUCAGCGGUGCCCUCUACACACGCUUAGUAGCCGUUUGGGAGCU-GGAAAAGUGGCAAGCAUUGGGGCA---CA----------------- .....((((((---(((((..((((((.(((((((.......))).)))).)))))).....)))))..-......)))))).((......)).---..----------------- ( -34.50) >DroGri_CAF1 36052 88 + 1 -----------CCUUUUGCUCGCUGCU-AGCCUUGCUCUCUACACACGCUUAGUAGCCAUUUGGGAGCUUGGAAAAGUGGCAAGCGGCGGGUUUUGUUC---------G------- -----------......((((((((((-.(((..((((((.......(((....))).....))))))((....))..))).)))))))))).......---------.------- ( -31.90) >DroYak_CAF1 13087 92 + 1 AAU------GC---CUCCCCAGCUGCUCAGUGGUGCCCUCUACACACGCUUAGUAGCCGUUUGGGAGCU-GGAAAAGUGGCAAGCGUCGGGGUA---UU--------UGGCGG--- ..(------((---(.((((.((((((.(((((((.......))).)))).))))))((((((...(((-.....)))..))))))..))))..---..--------.)))).--- ( -36.70) >DroAna_CAF1 10309 105 + 1 AUU-UC---GC---CUCCCAAGCUGCUCACUGGUGCCCUCUACACACGCUUAGUAGCCGUUUGGGAGCU-GGAAAAGUGGCAAGCGUUGGGGUA---UUGGGGCAUGUGGCGGGCG ...-.(---((---((.(((...(((.(.(..(((((((..((....(((....))).(((((...(((-.....)))..))))))).))))))---)..)))))..))).))))) ( -39.80) >DroPer_CAF1 25414 92 + 1 CAUUCUGCCAC---CUCCCUUGCUGCUCAGCGGUGCCCUCUACACACGCUUAGUAGCCGUUUGGGAGCU-GGAAAAGUGGCAAGCAUUGGGGCA---CA----------------- .....((((((---(((((..((((((.(((((((.......))).)))).)))))).....)))))..-......)))))).((......)).---..----------------- ( -34.50) >consensus AAU______GC___CUCCCUAGCUGCUCAGCGGUGCCCUCUACACACGCUUAGUAGCCGUUUGGGAGCU_GGAAAAGUGGCAAGCGUUGGGGUA___UU_________G_______ ................((((.((((((.(((((((.......))).)))).)))))).(((((...(((......)))..)))))...))))........................ (-22.02 = -22.77 + 0.75)
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