| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 9,938,055 – 9,938,157 |
| Length | 102 |
| Max. P | 0.500000 |
| Location | 9,938,055 – 9,938,157 |
|---|---|
| Length | 102 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 79.26 |
| Mean single sequence MFE | -42.63 |
| Consensus MFE | -30.73 |
| Energy contribution | -29.77 |
| Covariance contribution | -0.97 |
| Combinations/Pair | 1.37 |
| Mean z-score | -1.00 |
| Structure conservation index | 0.72 |
| SVM decision value | -0.06 |
| SVM RNA-class probability | 0.500000 |
| Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 9938055 102 + 20766785 GAGCGGGAGCCCAU---------------CCAAAC---CGAUCAGCUGGUGGGUGGAGGAGGCGGUGGCUACCAGGUGUGGCCACGUCGUUACUCCAACAACUUCCAGCAGCUGAGCAGC ..((.(((.....)---------------))....---...(((((((.(((((((((..((((.(((((((.....)))))))))))....)))))......)))).)))))))))... ( -46.00) >DroEre_CAF1 61431 102 + 1 GAGCGGGAGCCCAU---------------CCAAGC---CGAUCAGCUGGUGGGCGGAGGAGGCGGUGGCUACCAGGUGUGGCCACGUCGCUACUCCAACAACUUCCAGCAGCUGAGCAGC ..((.((((((((.---------------(((.((---......))))))))))((((..((((((((((((.....))))))))..)))).)))).......))).)).(((....))) ( -47.50) >DroWil_CAF1 121881 105 + 1 GAACGCGAACGUAG---------------UGAUUCCGGCGAUCAAUUGGUGGGCGGCGGUGGUGGUGGCUAUCAGGUAUGGCCACGUCGUUAUUCCAAUAAUUUCCAACAAUUGACCAGU ((((((.......)---------------)).))).((...(((((((.(((((((((.((((.(((.(.....).))).))))))))))(((....)))....))).)))))))))... ( -30.00) >DroYak_CAF1 56828 102 + 1 GAGCGUGAGUCCAU---------------UCAAAC---CGAUCAGCUGGUGGGUGGAGGAGGCGGUGGCUACCAGGUGUGGCCACGUCGUUAUUCCAACAACUUCCAGCAGCUGAGCAGC (..(....)..)..---------------......---.(.(((((((.(((((((((..((((.(((((((.....)))))))))))....)))))......)))).))))))).)... ( -41.90) >DroMoj_CAF1 79709 117 + 1 GAGCGCGAGCGCGAGCGCGAGCGCGAGCGCGAGCC---GGAUCAGCUGGUGGGCGGCGGUGGGGGCGGCUAUCAGGUGUGGCCGCGUCGCUACUCCAACAACUUCCAGCAGCUGAACAGC ..((((..((((..(((....)))..))))..)).---...(((((((.((((.(....(((((((((((((.....)))))))).......)))))....).)))).)))))))...)) ( -55.21) >DroAna_CAF1 54961 102 + 1 GAGAGGGAGCCAAU---------------CCAGAC---CGAUCAGAUGGUUGGCGGUGGAGGUGGUGGCUACCAGGUGUGGCCCCGUCGCUACUCCAACAACUUCCAGCAGCUGAGCAGC ..(..((((((((.---------------(((...---........))))))))(((((.(..((.((((((.....))))))))..).))))).........)))..).(((....))) ( -35.20) >consensus GAGCGGGAGCCCAU_______________CCAAAC___CGAUCAGCUGGUGGGCGGAGGAGGCGGUGGCUACCAGGUGUGGCCACGUCGCUACUCCAACAACUUCCAGCAGCUGAGCAGC ....((....))...........................(.(((((((.((((.(..(((((((((((((((.....))))))))..)))..)))).....).)))).))))))).)... (-30.73 = -29.77 + -0.97)
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