Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,924,058 – 9,924,166 |
Length | 108 |
Max. P | 0.586272 |
Location | 9,924,058 – 9,924,166 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 94.20 |
Mean single sequence MFE | -30.07 |
Consensus MFE | -25.20 |
Energy contribution | -25.62 |
Covariance contribution | 0.42 |
Combinations/Pair | 1.18 |
Mean z-score | -1.72 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | 0.11 |
SVM RNA-class probability | 0.586272 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 9924058 108 - 20766785 GCAUGCGGCUGCUUAAAUGGUCACUGCUUGGGGCCUCGGACUAAUAGGUUCACAUUUAUUAAGCUGCCCAAUGUCAUUUGUUAUAAAUUUAUUAUGGUAAAUGUCCUG (((((.(((.((((((..((((.((....))))))..(((((....))))).......)))))).)))).))))((((((..((((.....))))..))))))..... ( -29.10) >DroSec_CAF1 55032 108 - 1 GCAUGCGGCUGCUUAAAUGGUCACUGCUUGGGGCCUAGGACUAAUAGGUUCACAUUUAUUAAGCUGCCCAAUGUCAUUUGUUAUAAAUUUAUUAUGGUAAAUGUCCUG (((((.(((.((((((..((((.((....))))))..(((((....))))).......)))))).)))).))))((((((..((((.....))))..))))))..... ( -29.00) >DroSim_CAF1 42685 108 - 1 GCAUGCGGCUGCUUAAAUGGUCACUGCUUGGGGCCUCGGACUAAUAGGUUCACAUUUAUUAAGCUGCCCAAUGUCAUUUGUUAUAAAUUUAUUAUGGUAAAUGUCCUG (((((.(((.((((((..((((.((....))))))..(((((....))))).......)))))).)))).))))((((((..((((.....))))..))))))..... ( -29.10) >DroEre_CAF1 47604 108 - 1 GCAUGCGGCUGCUUAAAUGGUCACUGCUUGGGGCCUCGGACUAAUAGGUUCACAUUUAUUAAGCUGCCCAAUGUCAUUUGUUAUAAAUUUAUUAUGGUAAGUGCCCUG (((((.(((.((((((..((((.((....))))))..(((((....))))).......)))))).)))).))))((((((..((((.....))))..))))))..... ( -28.90) >DroYak_CAF1 42786 108 - 1 GCAUGCGGCUGCUUAAAUGGUCACUGCUUGGGGCCUCGGACUAAUAGGUCCACAUUUAUUAAGCUGCCCAAUGUCAUUUGUUAUAAAUUUAUUGUGGUAGCUGCCCUG (((.(.((((........)))).))))..(((((...(((((....)))))..........((((((((((((..(((((...))))).))))).)))))))))))). ( -36.20) >DroAna_CAF1 42303 108 - 1 GCAUUCAGUUGCUUAAAUGGUCAGUGCCAGGGGCCUCGGUCUAAUAGCUACACAUUUAUUAGGCUGCCCAAUGUCAUUUGUUAUAAAUUUAUUAUGGUAACUGCCUUG (((......)))......((.((((((((.((((...((((((((((........)))))))))))))).(((........)))..........)))).))))))... ( -28.10) >consensus GCAUGCGGCUGCUUAAAUGGUCACUGCUUGGGGCCUCGGACUAAUAGGUUCACAUUUAUUAAGCUGCCCAAUGUCAUUUGUUAUAAAUUUAUUAUGGUAAAUGCCCUG ((((..(((.((((((..((((.((....))))))..(((((....))))).......)))))).)))..))))((((((..((((.....))))..))))))..... (-25.20 = -25.62 + 0.42)
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