Locus 2834

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	9,831,648 – 9,831,808
Length	160
Max. P	0.841127

overview

Window 3

Location	9,831,648 – 9,831,768
Length	120
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.69
Mean single sequence MFE	-36.63
Consensus MFE	-28.42
Energy contribution	-30.43
Covariance contribution	2.00
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-1.84
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	0.64
SVM RNA-class probability	0.808227
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9831648 120 + 20766785
GGCCGCUGUGUAAUCCCAACAUUGGAAGCCAUCCGAUGCUCCACUGCUCCACUGUGUGUCAGUGAAUGCCACACGUUGGAAAAUGGAUUGGGUUGCUUCUAAAAUGCAAAAUAAUUUACC
....(((((.........)))((((((((.((((((...((((.(..((((.((((((.((.....)).)))))).)))).).)))))))))).))))))))...))............. ( -35.80)
>DroSec_CAF1 69143 101 + 1
GGCCGCUGUGUAAUCCCACCGUUGGAAGCCAUCCGAUGCUC--------CACUGUGUGUCAGUGAAUGCCACACGUU-----------UGGUUUGCUUCUAAAAUGCAAAAUAAUUUACC
.((((.(((((........(((((((.....)))))))...--------(((((.....)))))......)))))..-----------))))((((.........))))........... ( -22.20)
>DroEre_CAF1 74115 120 + 1
GGCCGCUGUGUAAUCCCGCCAUCGGCCGCCAUUCGAUGCUCCACUGCUCCACUGUGUGGCAGUAAAUGCCACACGUUGGAAAAUGGAUUGGGUUGCGUCUGAAAUGCAAAAUAAUUUACC
(((((.((.((......)))).)))))((..((((((((((((.(..((((.(((((((((.....))))))))).)))).).)))).......))))).)))..))............. ( -44.51)
>DroYak_CAF1 71486 120 + 1
GGCCGCUGUGUAAUCCCCCCAUUGGCCGCCAAUCGAUGCUCCACUGCUCCACUGUGUGGCAGUGAAUGCCACACGUUGGAAAAUGGAUUGGGUUGCGUCUAAAAUGCAAAAUAAUUUACC
(((((.((.(........))).))))).((((((.((((......))((((.(((((((((.....))))))))).))))..)).)))))).((((((.....))))))........... ( -44.00)
>consensus
GGCCGCUGUGUAAUCCCACCAUUGGAAGCCAUCCGAUGCUCCACUGCUCCACUGUGUGGCAGUGAAUGCCACACGUUGGAAAAUGGAUUGGGUUGCGUCUAAAAUGCAAAAUAAUUUACC
....((.(((......)))..((((((((.((((((...((((....((((.(((((((((.....))))))))).))))...)))))))))).))))))))...))............. (-28.42 = -30.43 +   2.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	9,831,688 – 9,831,808
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.74
Mean single sequence MFE	-30.54
Consensus MFE	-21.04
Energy contribution	-24.94
Covariance contribution	3.90
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.41
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.75
SVM RNA-class probability	0.841127
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9831688 120 + 20766785
CCACUGCUCCACUGUGUGUCAGUGAAUGCCACACGUUGGAAAAUGGAUUGGGUUGCUUCUAAAAUGCAAAAUAAUUUACCAAAUUAACUGUACCAUUAUCAACAGCGACGAUCCGAUCAA
.......((((.((((((.((.....)).)))))).)))).....(((((((((((...............(((((.....))))).((((..........)))).).)))))))))).. ( -27.80)
>DroSec_CAF1 69183 101 + 1
C--------CACUGUGUGUCAGUGAAUGCCACACGUU-----------UGGUUUGCUUCUAAAAUGCAAAAUAAUUUACCAAAUUAACGGUACCAUUAUCAACAGCGACGAUCCGAUCAA
.--------(.((((.((..((((..((((....(((-----------((((((((.........))))........)))))))....)))).))))..)))))).)............. ( -18.20)
>DroEre_CAF1 74155 120 + 1
CCACUGCUCCACUGUGUGGCAGUAAAUGCCACACGUUGGAAAAUGGAUUGGGUUGCGUCUGAAAUGCAAAAUAAUUUACCAAAUUAACGGUACCAUUAUCAACAGCGACGAUCCGAUCAA
.......((((.(((((((((.....))))))))).)))).....((((((((((((.(((((((........))))(((........)))...........))))).)))))))))).. ( -41.50)
>DroYak_CAF1 71526 120 + 1
CCACUGCUCCACUGUGUGGCAGUGAAUGCCACACGUUGGAAAAUGGAUUGGGUUGCGUCUAAAAUGCAAAAUAAUUUACCAAAUUAACGGUACCAUUAUCAACAGCGACGAUCCGAUCAA
.......((((.(((((((((.....))))))))).)))).....(((((((((((((......((....(((((.((((........))))..)))))...))))).)))))))))).. ( -38.80)
>DroAna_CAF1 68871 109 + 1
-----------GGGCAUGGCCGUGAAUGCCACACAUUGGAAAAUGGAUUGGUUUGCGUCUAAAAUGCAAAAUAAUUUACCAAAUUAACGGUACCAUUAUCAACAGCGACGAUCCGAUCAA
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>consensus
CCACUGCUCCACUGUGUGGCAGUGAAUGCCACACGUUGGAAAAUGGAUUGGGUUGCGUCUAAAAUGCAAAAUAAUUUACCAAAUUAACGGUACCAUUAUCAACAGCGACGAUCCGAUCAA
.......((((.(((((((((.....))))))))).)))).....(((((((((((((......((....(((((.((((........))))..)))))...))))).)))))))))).. (-21.04 = -24.94 +   3.90)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	9,831,688 – 9,831,808
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.74
Mean single sequence MFE	-31.26
Consensus MFE	-22.42
Energy contribution	-24.40
Covariance contribution	1.98
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.61
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	-0.01
SVM RNA-class probability	0.528108
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9831688 120 - 20766785
UUGAUCGGAUCGUCGCUGUUGAUAAUGGUACAGUUAAUUUGGUAAAUUAUUUUGCAUUUUAGAAGCAACCCAAUCCAUUUUCCAACGUGUGGCAUUCACUGACACACAGUGGAGCAGUGG
...........((((((((((..(((((....(((..(((.(((((....)))))......)))..))).....)))))...))))).)))))...(((((.(((...)))...))))). ( -27.10)
>DroSec_CAF1 69183 101 - 1
UUGAUCGGAUCGUCGCUGUUGAUAAUGGUACCGUUAAUUUGGUAAAUUAUUUUGCAUUUUAGAAGCAAACCA-----------AACGUGUGGCAUUCACUGACACACAGUG--------G
...........(((((((((((((((..(((((......))))).))))))((((.........))))....-----------)))).)))))...(((((.....)))))--------. ( -23.50)
>DroEre_CAF1 74155 120 - 1
UUGAUCGGAUCGUCGCUGUUGAUAAUGGUACCGUUAAUUUGGUAAAUUAUUUUGCAUUUCAGACGCAACCCAAUCCAUUUUCCAACGUGUGGCAUUUACUGCCACACAGUGGAGCAGUGG
......((..((((..(((.((((((..(((((......))))).))))))..))).....))))....))...((((((((((..((((((((.....))))))))..))))).))))) ( -40.00)
>DroYak_CAF1 71526 120 - 1
UUGAUCGGAUCGUCGCUGUUGAUAAUGGUACCGUUAAUUUGGUAAAUUAUUUUGCAUUUUAGACGCAACCCAAUCCAUUUUCCAACGUGUGGCAUUCACUGCCACACAGUGGAGCAGUGG
......((..((((..(((.((((((..(((((......))))).))))))..))).....))))....))...((((((((((..((((((((.....))))))))..))))).))))) ( -40.00)
>DroAna_CAF1 68871 109 - 1
UUGAUCGGAUCGUCGCUGUUGAUAAUGGUACCGUUAAUUUGGUAAAUUAUUUUGCAUUUUAGACGCAAACCAAUCCAUUUUCCAAUGUGUGGCAUUCACGGCCAUGCCC-----------
......((((((((..(((.((((((..(((((......))))).))))))..))).....)))).......))))..........(((((((.......)))))))..----------- ( -25.71)
>consensus
UUGAUCGGAUCGUCGCUGUUGAUAAUGGUACCGUUAAUUUGGUAAAUUAUUUUGCAUUUUAGACGCAACCCAAUCCAUUUUCCAACGUGUGGCAUUCACUGCCACACAGUGGAGCAGUGG
......((..((((..(((.((((((..(((((......))))).))))))..))).....))))....)).........((((..((((((((.....))))))))..))))....... (-22.42 = -24.40 +   1.98)

alignment

secondary structure

dotplot

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