Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,690,731 – 9,690,846 |
Length | 115 |
Max. P | 0.999915 |
Location | 9,690,731 – 9,690,846 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 5 |
Columns | 115 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 96.17 |
Mean single sequence MFE | -34.40 |
Consensus MFE | -32.36 |
Energy contribution | -32.20 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -2.74 |
Structure conservation index | 0.94 |
SVM decision value | 4.53 |
SVM RNA-class probability | 0.999915 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 9690731 115 + 20766785 GAACUGUGUAUGUAUACGGCCCGAAUGGCAUUCACGUAUACGGUAUACGUGGAAAACGAGCGACAGCAACUGCGAUAUACAUACUUACGUACAUGUACAACGUAUAUAUGCAUAC ....((((((((((((((......((.(((((((((((((...))))))))))......((....))...))).)).(((((((....)))..))))...)))))))))))))). ( -33.90) >DroSec_CAF1 7127 115 + 1 GAACUGUGUAUGUAUACGGCCCGAAUGGCAUUCACGUAUACGGUAUACGUGGAAAACGAGCGACAGCAACUGCGACAUAAAUACUUACGUACAUGUACAACGUAUAUAUGCAUAC ....((((((((((((((......((((((((((((((((...))))))))))......((....))...)))........(((....))))))......)))))))))))))). ( -33.20) >DroSim_CAF1 5275 115 + 1 GAACUGUGUAUGUAUACGGCCCGAAUGGCAUUCACGUAUACGGUAUACGUGGAAAACGAGCGACAGCAACUGCGACAUACAUACUUACGUACAUGUACAACGUAUAUAUGCAUAC ....((((((((((((((......((((((((((((((((...))))))))))......((....))...)))....(((........))))))......)))))))))))))). ( -33.30) >DroEre_CAF1 5188 115 + 1 GAACUGUGUAUGUAUACGGCCCGAAUGGCAUUCACGUAUACGGUAUACGUGGAAAACGAGCGACUGCUAUUGUGACAUACAGACUUACGUACAUGUACAACGUAUAUAUGCAUAC ....(((((((((((((((((.....))).((((((((((...)))))))))).....(((....))).(((((.(((....((....))..)))))))))))))))))))))). ( -34.40) >DroYak_CAF1 5218 115 + 1 GAACUGUGUAUGUAUACGGCCCGAAUGGCAUUCACGUAUACGGUAUACGUGGAAAACGAGUGACUGCGAGUGUGACAUACAGACUUACGUACAUGUACAACGUAUAUAUGCAUAC ....(((((((((((((((((.....))).((((((((((...))))))))))..(((.(((...(..(((.((.....)).)))..).))).)))....)))))))))))))). ( -37.20) >consensus GAACUGUGUAUGUAUACGGCCCGAAUGGCAUUCACGUAUACGGUAUACGUGGAAAACGAGCGACAGCAACUGCGACAUACAUACUUACGUACAUGUACAACGUAUAUAUGCAUAC ....(((((((((((((((((.....))).((((((((((...))))))))))......((....)).....................(((....)))..)))))))))))))). (-32.36 = -32.20 + -0.16)
Location | 9,690,731 – 9,690,846 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 5 |
Columns | 115 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.17 |
Mean single sequence MFE | -29.42 |
Consensus MFE | -26.20 |
Energy contribution | -27.00 |
Covariance contribution | 0.80 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.30 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 0.33 |
SVM RNA-class probability | 0.691120 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 9690731 115 - 20766785 GUAUGCAUAUAUACGUUGUACAUGUACGUAAGUAUGUAUAUCGCAGUUGCUGUCGCUCGUUUUCCACGUAUACCGUAUACGUGAAUGCCAUUCGGGCCGUAUACAUACACAGUUC ((((((((((.(((((.........))))).)))))))))).......(((((.(((((.....((((((((...)))))))).........))))).(((....)))))))).. ( -30.54) >DroSec_CAF1 7127 115 - 1 GUAUGCAUAUAUACGUUGUACAUGUACGUAAGUAUUUAUGUCGCAGUUGCUGUCGCUCGUUUUCCACGUAUACCGUAUACGUGAAUGCCAUUCGGGCCGUAUACAUACACAGUUC (((((....((((((((((((((((((....))))..)))).))))........(((((.....((((((((...)))))))).........))))))))))))))))....... ( -29.44) >DroSim_CAF1 5275 115 - 1 GUAUGCAUAUAUACGUUGUACAUGUACGUAAGUAUGUAUGUCGCAGUUGCUGUCGCUCGUUUUCCACGUAUACCGUAUACGUGAAUGCCAUUCGGGCCGUAUACAUACACAGUUC ((..((((((((((..((((....))))...)))))))))).))....(((((.(((((.....((((((((...)))))))).........))))).(((....)))))))).. ( -31.04) >DroEre_CAF1 5188 115 - 1 GUAUGCAUAUAUACGUUGUACAUGUACGUAAGUCUGUAUGUCACAAUAGCAGUCGCUCGUUUUCCACGUAUACCGUAUACGUGAAUGCCAUUCGGGCCGUAUACAUACACAGUUC (((((((..((((((.(((((.((.(((...(.((((((......)).)))).)...)))....)).))))).))))))..))...(((.....)))......)))))....... ( -28.20) >DroYak_CAF1 5218 115 - 1 GUAUGCAUAUAUACGUUGUACAUGUACGUAAGUCUGUAUGUCACACUCGCAGUCACUCGUUUUCCACGUAUACCGUAUACGUGAAUGCCAUUCGGGCCGUAUACAUACACAGUUC (((((((..((((((.(((((.((.(((...(.((((..(.....)..)))).)...)))....)).))))).))))))..))...(((.....)))......)))))....... ( -27.90) >consensus GUAUGCAUAUAUACGUUGUACAUGUACGUAAGUAUGUAUGUCGCAGUUGCUGUCGCUCGUUUUCCACGUAUACCGUAUACGUGAAUGCCAUUCGGGCCGUAUACAUACACAGUUC ((((((((((((((..((((....))))...))))))))...............(((((.....((((((((...)))))))).........))))).))))))........... (-26.20 = -27.00 + 0.80)
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