Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,633,775 – 9,633,886 |
Length | 111 |
Max. P | 0.575732 |
Location | 9,633,775 – 9,633,886 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 5 |
Columns | 111 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 87.55 |
Mean single sequence MFE | -29.54 |
Consensus MFE | -20.26 |
Energy contribution | -20.42 |
Covariance contribution | 0.16 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -1.90 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.08 |
SVM RNA-class probability | 0.575732 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 9633775 111 + 20766785 UGAGCUGCCAGCUAAUGAUGAUUUCCGUCCAUUAUCUUGACGGAAUAACUGCACACACAUUACUGUGAUUAUUAGGUGGUGUGGUUGUAUUGGGAUAAAACUCAAUUUACC ...((.((((.((((((((...(((((((.........)))))))........((((......)))))))))))).))))))(((...((((((......))))))..))) ( -32.00) >DroSec_CAF1 32678 111 + 1 UGAGCUGCCCGCUAAUGAUGAUUUCCGUCCAUUAUCUUGGCGGAAUAACUGCACACACAUUACUGCGAAUAUUAGAUGGUGUGGUUGUGUUGGGAUAAACCUCAAUUUACC ((((....(((((((.((((((........))))))))))))).((..(.(((((((((((((((.......))).)))))))..))))).)..))....))))....... ( -29.30) >DroSim_CAF1 53851 111 + 1 UGAGCUGCCCGCUAAUGAUGAUUUCCGUCCAUUAUCUUGGCGGAAUAACUGCACACACAUUACUGCGAAUAUUAGAUGGUGUGGUUGUAUUGGAAUAAACCUCAAUUUACC ((((....(((((((.((((((........)))))))))))))......((((..((((((((((.......))).)))))))..))))...........))))....... ( -27.30) >DroEre_CAF1 32786 104 + 1 UGAGCUC--CGCUAAUGAUGAUUUCAGUCCAUUAUCUUGGCGGAAUAACUGCACACACAUUACUAUUAUUUAGCAGUGGUGUGGA-----UAGGAUAAACCUCAAUUUACC ((((.((--((((((.((((((........))))))))))))))....(((..((((((((.(((.....))).))).)))))..-----))).......))))....... ( -30.30) >DroYak_CAF1 42258 109 + 1 UGAGCGG--CGCUAAUGAUGAUUUCCGUCCAUUAUCUUGGCGGAAUAACUGCACACACAUUACUAUUAUUUGUUAGUGGUGUGGAAGUAUUAGGAUAAACCUCAAUUUACC ((((.((--((..(((....)))..))))..((((((((((((.....))))...((((((((((........)))))))))).......))))))))..))))....... ( -28.80) >consensus UGAGCUGCCCGCUAAUGAUGAUUUCCGUCCAUUAUCUUGGCGGAAUAACUGCACACACAUUACUGUGAUUAUUAGGUGGUGUGGUUGUAUUGGGAUAAACCUCAAUUUACC ((((.......((((((.....(((((.(((......))))))))......(((((.((((.............)))))))))....)))))).......))))....... (-20.26 = -20.42 + 0.16)
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