Locus 2749

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	9,607,970 – 9,608,157
Length	187
Max. P	0.952877

overview

Window 4

Location	9,607,970 – 9,608,090
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.39
Mean single sequence MFE	-53.67
Consensus MFE	-48.12
Energy contribution	-47.77
Covariance contribution	-0.36
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-1.66
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	0.95
SVM RNA-class probability	0.888512
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9607970 120 - 20766785
AGAACCCGGCCAAUACGGACGCCAUGUCCGGGUCGGGUGCGUUUGACGAUGAGCCGCCGCCGGAGCCGCGGGACGGAUGGCUACUGGUGCGCAUCCAUGUGCCGGAGCUGAAUGUCUACA
.(.((((((((....(((((.....))))))))))))).)((..((((.(.(((.((((((((((((((......).))))).)))))).)).(((.......)))))).).)))).)). ( -51.50)
>DroVir_CAF1 26744 120 - 1
AGAACCCGGCCAAUAUGGACAGCACAUCCGGGCCGGGUGCGUUUGACGAUGAGCCGCCGCCAGAACCCCGGGAUGGCUGGCUACUGGUGCGCAUCCAUGUGCCGGAGCUGAAUGUCUACA
.(.((((((((...(((.......)))...)))))))).)((..((((.(.(((.(((((((...(....)..)))).)))..((((..((......))..)))).))).).)))).)). ( -50.40)
>DroGri_CAF1 28640 120 - 1
AGAACCCGGCCAACAUGGACAACACGUCCGGGCCGGGUGCAUUUGACGAUGAGCCGCCGCCAGAGCCCCGAGAUGGUUGGCUUCUGGUGCGCAUUCAUGUGCCCGAGCUGAAUGUCUACA
.(.((((((((....(((((.....))))))))))))).)....((((.(.(((((..(((((((((((.....))..))).))))))(((((....))))).)).))).).)))).... ( -51.30)
>DroWil_CAF1 23742 120 - 1
AGAACCCGGCCAAUAUGGACGCCACGUCCGGGCCGGGGGCGUUUGACGAUGAGCCACCGCCAGAGCCGAGAGAUGGUUGGCUACUGGUGCGCAUCCAUGUGCCAGAGCUGAAUGUCUACA
.(..(((((((....((((((...)))))))))))))..)((..((((.(.((((...(((((((((((.......)))))).)))))(((((....)))))..).))).).)))).)). ( -53.70)
>DroMoj_CAF1 28368 120 - 1
AGAACCCGGCCAACAUGGACAGCACGUCCGGGCCGGGUGCGUUUGACGAUGAGCCGCCGCCGGAGCCACGGGAUGGCUGGCUACUGGUGCGCAUCCAUGUGCCGGAGCUGAAUGUCUACA
.(.((((((((....(((((.....))))))))))))).)((..((((...(((((.(.(((......)))).)))))((((.((((..((......))..))))))))...)))).)). ( -53.60)
>DroAna_CAF1 22204 120 - 1
AGAACCCGGCCAAUACGGACGCCAUGUCCGGGCCGGGGGCGUUUGACGAUGAGCCGCCACCGGAGCCCCGGGACGGAUGGCUGCUGGUGCGGAUCCACGUGCCGGAGCUGAACGUCUACA
....(((((((....(((((.....))))))))))))(((((((......))).)))).((((....))))((((..(((((.((((..((......))..)))))))))..)))).... ( -61.50)
>consensus
AGAACCCGGCCAAUAUGGACACCACGUCCGGGCCGGGUGCGUUUGACGAUGAGCCGCCGCCAGAGCCCCGGGAUGGAUGGCUACUGGUGCGCAUCCAUGUGCCGGAGCUGAAUGUCUACA
.(.((((((((....(((((.....))))))))))))).)((..((((.(.(((.(((((((...(.....).))).))))..((((..((......))..)))).))).).)))).)). (-48.12 = -47.77 +  -0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	9,608,010 – 9,608,130
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	91.50
Mean single sequence MFE	-54.52
Consensus MFE	-47.40
Energy contribution	-46.90
Covariance contribution	-0.50
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-2.17
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	1.43
SVM RNA-class probability	0.952877
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9608010 120 + 20766785
CCAUCCGUCCCGCGGCUCCGGCGGCGGCUCAUCGUCAAACGCACCCGACCCGGACAUGGCGUCCGUAUUGGCCGGGUUCUGUUUGACUUUGGGCGUGGGUGGGUGGUAUGUCGUAAUUUU
((((((..(((((.((....)).)))(((((..((((((((.(((((.(((((((.....)))))....)).)))))..))))))))..)))))..))..)))))).............. ( -57.70)
>DroVir_CAF1 26784 120 + 1
CCAGCCAUCCCGGGGUUCUGGCGGCGGCUCAUCGUCAAACGCACCCGGCCCGGAUGUGCUGUCCAUAUUGGCCGGGUUCUGUUUGACUUUGGGCGUGGGUGGGUGAUACGUCGUAAUUUU
(((.(((((((((....)))).)...(((((..((((((((.((((((((..((((((.....))))))))))))))..))))))))..))))))))).))).................. ( -51.50)
>DroGri_CAF1 28680 120 + 1
CCAACCAUCUCGGGGCUCUGGCGGCGGCUCAUCGUCAAAUGCACCCGGCCCGGACGUGUUGUCCAUGUUGGCCGGGUUCUGUUUGACUUUGGGCGUGGGUGGGUGAUACGUCGUAAUUUU
.((.((((((((..((....))..))(((((..((((((((.((((((((..((((((.....)))))))))))))).).)))))))..)))))..)))))).))............... ( -48.50)
>DroWil_CAF1 23782 120 + 1
CCAACCAUCUCUCGGCUCUGGCGGUGGCUCAUCGUCAAACGCCCCCGGCCCGGACGUGGCGUCCAUAUUGGCCGGGUUCUGUUUGACUUUGGGCGUGGGUGGGUGAUACGUCGUAAUUUU
.((.(((((((.(.((....)).).)(((((..((((((((..(((((((.(((((...))))).....)))))))..).)))))))..)))))..)))))).))............... ( -49.40)
>DroMoj_CAF1 28408 120 + 1
CCAGCCAUCCCGUGGCUCCGGCGGCGGCUCAUCGUCAAACGCACCCGGCCCGGACGUGCUGUCCAUGUUGGCCGGGUUCUGUUUGACUUUGGGCGUGGGUGGGUGAUACGUCGUAAUUUU
.((.(((((((((.((....)).)))(((((..((((((((.((((((((..((((((.....))))))))))))))..))))))))..)))))..)))))).))............... ( -59.30)
>DroAna_CAF1 22244 120 + 1
CCAUCCGUCCCGGGGCUCCGGUGGCGGCUCAUCGUCAAACGCCCCCGGCCCGGACAUGGCGUCCGUAUUGGCCGGGUUCUGUUUGACCUUGGGCGUGGGUGGGUGGUACGUCGUAAUUUU
(((((((((((((....)))).))).(((((..((((((((..((((((((((((.....)))))....)))))))..).)))))))..)))))..)))))).................. ( -60.70)
>consensus
CCAACCAUCCCGGGGCUCCGGCGGCGGCUCAUCGUCAAACGCACCCGGCCCGGACGUGGCGUCCAUAUUGGCCGGGUUCUGUUUGACUUUGGGCGUGGGUGGGUGAUACGUCGUAAUUUU
.((.(((((((...(((.....))).(((((..((((((((.((((((((.((((.....)))).....)))))))).).)))))))..)))))).)))))).))............... (-47.40 = -46.90 +  -0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	9,608,010 – 9,608,130
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	91.50
Mean single sequence MFE	-45.50
Consensus MFE	-39.25
Energy contribution	-38.95
Covariance contribution	-0.30
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-1.96
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	0.95
SVM RNA-class probability	0.888243
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9608010 120 - 20766785
AAAAUUACGACAUACCACCCACCCACGCCCAAAGUCAAACAGAACCCGGCCAAUACGGACGCCAUGUCCGGGUCGGGUGCGUUUGACGAUGAGCCGCCGCCGGAGCCGCGGGACGGAUGG
..............(((.((.(((..((.((..(((((((...((((((((....(((((.....)))))))))))))..)))))))..)).)).((.((....)).)))))..)).))) ( -48.50)
>DroVir_CAF1 26784 120 - 1
AAAAUUACGACGUAUCACCCACCCACGCCCAAAGUCAAACAGAACCCGGCCAAUAUGGACAGCACAUCCGGGCCGGGUGCGUUUGACGAUGAGCCGCCGCCAGAACCCCGGGAUGGCUGG
..................(((.(((..(((...(((((((...((((((((...(((.......)))...))))))))..)))))))..((.((....)))).......))).))).))) ( -42.50)
>DroGri_CAF1 28680 120 - 1
AAAAUUACGACGUAUCACCCACCCACGCCCAAAGUCAAACAGAACCCGGCCAACAUGGACAACACGUCCGGGCCGGGUGCAUUUGACGAUGAGCCGCCGCCAGAGCCCCGAGAUGGUUGG
.......((((.((((..........((.((..((((((....((((((((....(((((.....)))))))))))))...))))))..)).))((..((....))..)).)))))))). ( -41.20)
>DroWil_CAF1 23782 120 - 1
AAAAUUACGACGUAUCACCCACCCACGCCCAAAGUCAAACAGAACCCGGCCAAUAUGGACGCCACGUCCGGGCCGGGGGCGUUUGACGAUGAGCCACCGCCAGAGCCGAGAGAUGGUUGG
.......((((.((((..........((.((..(((((((.(..(((((((....((((((...)))))))))))))..))))))))..)).))..(.((....)).)...)))))))). ( -44.20)
>DroMoj_CAF1 28408 120 - 1
AAAAUUACGACGUAUCACCCACCCACGCCCAAAGUCAAACAGAACCCGGCCAACAUGGACAGCACGUCCGGGCCGGGUGCGUUUGACGAUGAGCCGCCGCCGGAGCCACGGGAUGGCUGG
..................(((.(((..(((...(((((((...((((((((....(((((.....)))))))))))))..)))))))...(..(((....)))..)...))).))).))) ( -47.50)
>DroAna_CAF1 22244 120 - 1
AAAAUUACGACGUACCACCCACCCACGCCCAAGGUCAAACAGAACCCGGCCAAUACGGACGCCAUGUCCGGGCCGGGGGCGUUUGACGAUGAGCCGCCACCGGAGCCCCGGGACGGAUGG
..............(((.((......((.((..(((((((.(..(((((((....(((((.....))))))))))))..))))))))..)).)).....((((....))))...)).))) ( -49.10)
>consensus
AAAAUUACGACGUAUCACCCACCCACGCCCAAAGUCAAACAGAACCCGGCCAAUAUGGACACCACGUCCGGGCCGGGUGCGUUUGACGAUGAGCCGCCGCCAGAGCCCCGGGAUGGAUGG
..........................((.((..(((((((...((((((((....(((((.....)))))))))))))..)))))))..)).))..((((((...(.....).))).))) (-39.25 = -38.95 +  -0.30)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	9,608,050 – 9,608,157
Length	107
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.40
Mean single sequence MFE	-41.73
Consensus MFE	-31.97
Energy contribution	-31.92
Covariance contribution	-0.05
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.21
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	0.03
SVM RNA-class probability	0.547820
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9608050 107 + 20766785
GCACCCGACCCGGACAUGGCGUCCGUAUUGGCCGGGUUCUGUUUGACUUUGGGCGUGGGUGGGUGGUAUGUCGUAAUUUUGACGGCUUUCUAU-C--GC---------ACGGUCCACGA
(.(((((.(((((((.....)))))....)).))))).)..........((((((((((((((.(((.(((((......)))))))).)))))-)--.)---------)).)))))... ( -39.00)
>DroVir_CAF1 26824 114 + 1
GCACCCGGCCCGGAUGUGCUGUCCAUAUUGGCCGGGUUCUGUUUGACUUUGGGCGUGGGUGGGUGAUACGUCGUAAUUUUGAAGGCUUUUCG--C--GCA-CAGCGUCACAGUUUACAA
(.((((((((..((((((.....)))))))))))))).)(((..((((...(((((..(((.((((...(((...........)))...)))--)--.))-).)))))..)))).))). ( -43.30)
>DroGri_CAF1 28720 112 + 1
GCACCCGGCCCGGACGUGUUGUCCAUGUUGGCCGGGUUCUGUUUGACUUUGGGCGUGGGUGGGUGAUACGUCGUAAUUUUGACGGCUUUUUC--C--GCGUCAGCGUCACAGUG---AA
..((((((((..((((((.....)))))))))))))).((((..(((....((((((((.((((....(((((......)))))))))..))--)--)))))...)))))))..---.. ( -45.90)
>DroWil_CAF1 23822 109 + 1
GCCCCCGGCCCGGACGUGGCGUCCAUAUUGGCCGGGUUCUGUUUGACUUUGGGCGUGGGUGGGUGAUACGUCGUAAUUUUGACGGCUUUAAUU-UAAAC---------CGGGUACACAA
((((((.(((((((((...))))).....(.(((((.((.....)).))))).)..)))).)).....(((((......))))).........-.....---------.))))...... ( -36.30)
>DroMoj_CAF1 28448 111 + 1
GCACCCGGCCCGGACGUGCUGUCCAUGUUGGCCGGGUUCUGUUUGACUUUGGGCGUGGGUGGGUGAUACGUCGUAAUUUUGACGGCUUUUCG--C--GUA-CAGCGUCACAGUG---AA
(.((((((((..((((((.....)))))))))))))).)...((.(((...(((((..(((.((((..(((((......))))).....)))--)--.))-).)))))..))).---)) ( -44.60)
>DroAna_CAF1 22284 106 + 1
GCCCCCGGCCCGGACAUGGCGUCCGUAUUGGCCGGGUUCUGUUUGACCUUGGGCGUGGGUGGGUGGUACGUCGUAAUUUUGACGGCUUUUUAUAC--GC---------AC--UUUAUGG
((((.((((((((((.....)))))....)))))((((......))))..))))(((.(((...(((.(((((......)))))))).....)))--.)---------))--....... ( -41.30)
>consensus
GCACCCGGCCCGGACGUGGCGUCCAUAUUGGCCGGGUUCUGUUUGACUUUGGGCGUGGGUGGGUGAUACGUCGUAAUUUUGACGGCUUUUUA__C__GC_________ACAGUG_ACAA
.(((((.((((((((.....)))).....(.(((((.((.....)).))))).)..)))))))))...(((((......)))))................................... (-31.97 = -31.92 +  -0.05)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	9,608,050 – 9,608,157
Length	107
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.40
Mean single sequence MFE	-33.88
Consensus MFE	-23.08
Energy contribution	-23.22
Covariance contribution	0.14
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.97
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	0.57
SVM RNA-class probability	0.786224
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9608050 107 - 20766785
UCGUGGACCGU---------GC--G-AUAGAAAGCCGUCAAAAUUACGACAUACCACCCACCCACGCCCAAAGUCAAACAGAACCCGGCCAAUACGGACGCCAUGUCCGGGUCGGGUGC
.(((((...(.---------((--.-.......)))(((........)))...........)))))................((((((((....(((((.....))))))))))))).. ( -32.50)
>DroVir_CAF1 26824 114 - 1
UUGUAAACUGUGACGCUG-UGC--G--CGAAAAGCCUUCAAAAUUACGACGUAUCACCCACCCACGCCCAAAGUCAAACAGAACCCGGCCAAUAUGGACAGCACAUCCGGGCCGGGUGC
.......(((((((..((-.((--(--.(((.....)))........((....)).........))).))..)))..)))).((((((((...(((.......)))...)))))))).. ( -31.00)
>DroGri_CAF1 28720 112 - 1
UU---CACUGUGACGCUGACGC--G--GAAAAAGCCGUCAAAAUUACGACGUAUCACCCACCCACGCCCAAAGUCAAACAGAACCCGGCCAACAUGGACAACACGUCCGGGCCGGGUGC
..---..(((((((..((.((.--(--(.......((((........))))..........)).))..))..)))..)))).((((((((....(((((.....))))))))))))).. ( -36.03)
>DroWil_CAF1 23822 109 - 1
UUGUGUACCCG---------GUUUA-AAUUAAAGCCGUCAAAAUUACGACGUAUCACCCACCCACGCCCAAAGUCAAACAGAACCCGGCCAAUAUGGACGCCACGUCCGGGCCGGGGGC
..((((((..(---------((((.-.....)))))(((........)))))).)))........((((....((.....))..((((((....((((((...)))))))))))))))) ( -35.80)
>DroMoj_CAF1 28448 111 - 1
UU---CACUGUGACGCUG-UAC--G--CGAAAAGCCGUCAAAAUUACGACGUAUCACCCACCCACGCCCAAAGUCAAACAGAACCCGGCCAACAUGGACAGCACGUCCGGGCCGGGUGC
..---..(((((((..((-..(--(--(.....))((((........))))..............)..))..)))..)))).((((((((....(((((.....))))))))))))).. ( -35.60)
>DroAna_CAF1 22284 106 - 1
CCAUAAA--GU---------GC--GUAUAAAAAGCCGUCAAAAUUACGACGUACCACCCACCCACGCCCAAGGUCAAACAGAACCCGGCCAAUACGGACGCCAUGUCCGGGCCGGGGGC
.......--((---------(.--((.........((((........))))........)).)))((((..(......).....((((((....(((((.....))))))))))))))) ( -32.33)
>consensus
UUGU_AACUGU_________GC__G__CAAAAAGCCGUCAAAAUUACGACGUAUCACCCACCCACGCCCAAAGUCAAACAGAACCCGGCCAAUAUGGACACCACGUCCGGGCCGGGUGC
...................................((((........))))................................(((((((....(((((.....))))))))))))... (-23.08 = -23.22 +   0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

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