Locus 2747

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>2R_DroMel_CAF1 9598692 96 + 20766785
CUAGGGCCGGGACACGCCCACUAAAUUGCCAGCAUAUUUGCUG---CCAAAAGGAGAUGGAGCCCA--GGUCGUACCUAAGCCCC-CAUCCAUGCUCCUCCA
...((((.(.....)))))......(((.(((((....)))))---.))).((((((((((((..(--((.....)))..))...-..))))).)))))... ( -31.70)
>DroVir_CAF1 14263 97 + 1
CUAGGGCCCUGCCACGCCCACUAAAUUGCUAGCAUAUUUGCAACGCUUACAAUAACAAGCAGAGCACAAGGGGCUUCAAUUCGCAACACCCAAAG-----GG
...(((...(((...((((.((....((((.(((....)))...((((........))))..))))..))))))........)))...)))....-----.. ( -23.00)
>DroSec_CAF1 13754 97 + 1
CUAGGGCCGGGACACGCCCACUAAAUUGCCAGCAUAUUUGCUG---CCAAAAGGAGAUGGAGCCCA--GGUCGUACCUAGCCCCCUCAUCCUGGCUCCUCCA
..(((((((((.....)))......(((.(((((....)))))---.))).((((((.((.((..(--((.....))).)).)).)).))))))).)))... ( -34.30)
>DroSim_CAF1 22547 97 + 1
CUAGGGCCGGGACACGCCCACUAAAUUGCCAGCAUAUUUGCUG---CCAAAAGGAGAUGGAGCACA--GGUCGUACCUAGCCCCCUCAUCCAAGCUCCUCCA
...((((.(.....)))))......(((.(((((....)))))---.))).(((((.((((....(--((..((.....))..)))..))))..)))))... ( -30.10)
>DroEre_CAF1 13968 88 + 1
CUAGGGCCGAGAAACGCCCACUAAAUUGCCAGCAUAUUUGCUG---CCAAAAGGAGAUGGAGAGCA--GGUCGUACCAAAG----UC--CCCU---GCUCCC
...((((........)))).((...(((.(((((....)))))---.)))....))..((.(((((--((.(........)----..--.)))---)))))) ( -28.50)
>DroYak_CAF1 23229 86 + 1
CUAGGGCCCAGACACGCCCACUAAAUUGCCAGCAUAUUUGCUG---CCAAAAGGAGAUGGAGAGCA--UAGCCUCC---------UC--CCAUUUACCUCCA
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>consensus
CUAGGGCCGGGACACGCCCACUAAAUUGCCAGCAUAUUUGCUG___CCAAAAGGAGAUGGAGAGCA__GGUCGUACCUAACCCCCUCAUCCAUGCUCCUCCA
...((((........))))..........(((((....))))).........((((..(.....)...(((...)))....................)))). (-13.15 = -13.18 +   0.03) 

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Window 2

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>2R_DroMel_CAF1 9598692 96 - 20766785
UGGAGGAGCAUGGAUG-GGGGCUUAGGUACGACC--UGGGCUCCAUCUCCUUUUGG---CAGCAAAUAUGCUGGCAAUUUAGUGGGCGUGUCCCGGCCCUAG
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>DroVir_CAF1 14263 97 - 1
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>DroSec_CAF1 13754 97 - 1
UGGAGGAGCCAGGAUGAGGGGGCUAGGUACGACC--UGGGCUCCAUCUCCUUUUGG---CAGCAAAUAUGCUGGCAAUUUAGUGGGCGUGUCCCGGCCCUAG
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>DroSim_CAF1 22547 97 - 1
UGGAGGAGCUUGGAUGAGGGGGCUAGGUACGACC--UGUGCUCCAUCUCCUUUUGG---CAGCAAAUAUGCUGGCAAUUUAGUGGGCGUGUCCCGGCCCUAG
...(((.(((.((((...(((((((((.....))--)).)))))..(((((.(((.---(((((....))))).)))...)).)))...)))).)))))).. ( -38.30)
>DroEre_CAF1 13968 88 - 1
GGGAGC---AGGG--GA----CUUUGGUACGACC--UGCUCUCCAUCUCCUUUUGG---CAGCAAAUAUGCUGGCAAUUUAGUGGGCGUUUCUCGGCCCUAG
((((((---(((.--.(----(....))....))--))))).))........(((.---(((((....))))).)))......((((........))))... ( -33.80)
>DroYak_CAF1 23229 86 - 1
UGGAGGUAAAUGG--GA---------GGAGGCUA--UGCUCUCCAUCUCCUUUUGG---CAGCAAAUAUGCUGGCAAUUUAGUGGGCGUGUCUGGGCCCUAG
.((((((....((--((---------(.(.....--).))))).))))))..(((.---(((((....))))).)))......((((.(....).))))... ( -29.60)
>consensus
UGGAGGAGCAUGGAUGAGGGGCCUAGGUACGACC__UGCGCUCCAUCUCCUUUUGG___CAGCAAAUAUGCUGGCAAUUUAGUGGGCGUGUCCCGGCCCUAG
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