Locus 2740

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 9,585,188 – 9,585,336
Length 148
Max. P 0.995257
window4542 window4543 window4544

overview

Window 2

Location 9,585,188 – 9,585,308
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.33
Mean single sequence MFE -47.53
Consensus MFE -42.69
Energy contribution -42.38
Covariance contribution -0.30
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -2.50
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 2.56
SVM RNA-class probability 0.995257
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9585188 120 - 20766785
AUGGCCUGGUCCAGCACCUGGAACACCUGCUGUUCUACGGUGCUGAUAUGGACGGCCGCAAUGCGUCCGGCAAUAGUCCGCUGCAUGUGUGCGCUGUUAACAACCAAGAGGCUUGUGCUA
..((((((((.((((((((((((((.....))))))).))))))).....(((((((((((((((..((((....).))).))))).)))).))))))....)))...)))))....... ( -48.10)
>DroVir_CAF1 336 120 - 1
AUGGCCUGGUGCAGCACUUGGAACACUUGUUGUUCUACGGUGCUGACAUGGAUGGACGCAAUGCGUCCGGUAACAGCCCGUUGCAUGUUUGCGCUGUUAACAACCAAGAGGCUUGUGCUA
..(((((.(((((((((((((((((.....))))))).))))))).)))((..((((((...))))))(.(((((((.....(((....)))))))))).)..))...)))))....... ( -48.10)
>DroPse_CAF1 315 120 - 1
ACGGCCUGGUUCAGCACUUGGAACACCUCCUGUUCUACGGUGCUGACAUGGAUGGCCGCAAUGCGUCCGGCAAUAGUCCGCUGCAUGUGUGCGCCGUCAACAACCAAGAGGCUUGUGCCC
(((((((((((((((((((((((((.....))))))).))))))))....(((((((((((((((..((((....).))).))))).)))).))))))....)))...)))).))).... ( -49.40)
>DroGri_CAF1 358 120 - 1
ACGGCCUGGUGCAGCACUUGGAACACUUGUUGUUCUACGGUGCUGACAUGGAUGGACGCAAUGCGUCCGGUAACAGCCCGUUGCAUGUUUGUGCUGUUAACAACCAAGAGGCUUGUGCUA
(((((((.(((((((((((((((((.....))))))).))))))).)))((..((((((...))))))(.(((((((.((.........)).))))))).)..))...)))).))).... ( -46.90)
>DroWil_CAF1 303 120 - 1
AUGGCCUGGUUCAGCAUCUGGAACACUUGUUGUUCUACGGUGCUGAUAUGGAUGGACGCAAUGCGUCCGGUAAUACCCCGUUGCAUGUUUGCGCUGUUAACAACCAAGAGGCUUGUGCUA
..(((((.((((........)))).(((((((((..(((((((.((((((...((((((...))))))((.....))......)))))).))))))).))))).)))))))))....... ( -44.20)
>DroMoj_CAF1 352 120 - 1
ACGGCCUAGUGCAGCACUUGGAGCACUUGUUGUUCUACGGUGCUGACAUGGAUGGACGCAAUGCGUCCGGUAACAGCCCGUUGCAUGUUUGCGCUGUUAACAACCAAGAGGCUUGUGCUA
...((.....))(((((...((((.(((((((((..(((((((.((((((...((((((...))))))(((....))).....)))))).))))))).))))).))))..))))))))). ( -48.50)
>consensus
ACGGCCUGGUGCAGCACUUGGAACACUUGUUGUUCUACGGUGCUGACAUGGAUGGACGCAAUGCGUCCGGUAACAGCCCGUUGCAUGUUUGCGCUGUUAACAACCAAGAGGCUUGUGCUA
..(((((.((.((((((((((((((.....))))))).))))))))).(((.(((((((...))))))).(((((((.....(((....))))))))))....)))..)))))....... (-42.69 = -42.38 +  -0.30)

alignment

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secondary structure

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Window 3

Location 9,585,228 – 9,585,336
Length 108
Sequences 6
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.20
Mean single sequence MFE -37.87
Consensus MFE -29.31
Energy contribution -30.08
Covariance contribution 0.78
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -1.79
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 0.88
SVM RNA-class probability 0.872780
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9585228 108 + 20766785
CGGACUAUUGCCGGACGCAUUGCGGCCGUCCAUAUCAGCACCGUAGAACAGCAGGUGUUCCAGGUGCUGGACCAGGCCAUGCCGACAGGCCUA--------CGUGUCGAUCGGGUG
.........(((.(((((((...(((((((....((((((((...(((((.....)))))..))))))))....(((...)))))).))))..--------.))).)).)).))). ( -42.10)
>DroVir_CAF1 376 99 + 1
CGGGCUGUUACCGGACGCAUUGCGUCCAUCCAUGUCAGCACCGUAGAACAACAAGUGUUCCAAGUGCUGCACCAGGCCAUGCCGACAGGCCUG--------AGCACA---------
(((((((.....((((((...))))))........)))).)))..(((((.....)))))...(((((....((((((.((....))))))))--------))))).--------- ( -38.82)
>DroPse_CAF1 355 113 + 1
CGGACUAUUGCCGGACGCAUUGCGGCCAUCCAUGUCAGCACCGUAGAACAGGAGGUGUUCCAAGUGCUGAACCAGGCCGUGCCGACAGGCCUGUCUCAUUGCGGAUUG--CGGAU-
(((.(....))))..((((..((((((.......(((((((....(((((.....)))))...)))))))....))))))(((....)))((((......))))..))--))...- ( -39.50)
>DroGri_CAF1 398 104 + 1
CGGGCUGUUACCGGACGCAUUGCGUCCAUCCAUGUCAGCACCGUAGAACAACAAGUGUUCCAAGUGCUGCACCAGGCCGUGACGACACGCCUG--------CUCAUA-AUCAU---
.((((.......((((((...)))))).....((.((((((....(((((.....)))))...))))))))..((((.(((....))))))))--------)))...-.....--- ( -36.40)
>DroWil_CAF1 343 93 + 1
CGGGGUAUUACCGGACGCAUUGCGUCCAUCCAUAUCAGCACCGUAGAACAACAAGUGUUCCAGAUGCUGAACCAGGCCAUGACGACAGGCCUG-----------------------
.((((.....))((((((...))))))..))...((((((.(...(((((.....)))))..).))))))..((((((.((....))))))))----------------------- ( -36.50)
>DroMoj_CAF1 392 99 + 1
CGGGCUGUUACCGGACGCAUUGCGUCCAUCCAUGUCAGCACCGUAGAACAACAAGUGCUCCAAGUGCUGCACUAGGCCGUGCCGACAGGCCUA--------AUCACA---------
.(((((......((((((...)))))).....((((.((((.((......)).(((((..(....)..))))).....)))).))))))))).--------......--------- ( -33.90)
>consensus
CGGGCUAUUACCGGACGCAUUGCGUCCAUCCAUGUCAGCACCGUAGAACAACAAGUGUUCCAAGUGCUGCACCAGGCCAUGCCGACAGGCCUG________CGCAUA_________
.((.......))((((((...))))))........((((((....(((((.....)))))...))))))...((((((.((....))))))))....................... (-29.31 = -30.08 +   0.78)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 4

Location 9,585,228 – 9,585,336
Length 108
Sequences 6
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.20
Mean single sequence MFE -43.42
Consensus MFE -39.32
Energy contribution -38.52
Covariance contribution -0.80
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -2.53
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 1.65
SVM RNA-class probability 0.970132
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9585228 108 - 20766785
CACCCGAUCGACACG--------UAGGCCUGUCGGCAUGGCCUGGUCCAGCACCUGGAACACCUGCUGUUCUACGGUGCUGAUAUGGACGGCCGCAAUGCGUCCGGCAAUAGUCCG
.........(((...--------((((((((....)).)))))))))((((((((((((((.....))))))).)))))))....((((.((((.........))))....)))). ( -44.20)
>DroVir_CAF1 376 99 - 1
---------UGUGCU--------CAGGCCUGUCGGCAUGGCCUGGUGCAGCACUUGGAACACUUGUUGUUCUACGGUGCUGACAUGGAUGGACGCAAUGCGUCCGGUAACAGCCCG
---------.(.(((--------((((((((....)).))))))(((((((((((((((((.....))))))).))))))).)))...(((((((...))))))).....))).). ( -44.00)
>DroPse_CAF1 355 113 - 1
-AUCCG--CAAUCCGCAAUGAGACAGGCCUGUCGGCACGGCCUGGUUCAGCACUUGGAACACCUCCUGUUCUACGGUGCUGACAUGGAUGGCCGCAAUGCGUCCGGCAAUAGUCCG
-....(--(.....)).(((...((((((((....)).))))))..(((((((((((((((.....))))))).)))))))))))((((.((((.........))))....)))). ( -44.10)
>DroGri_CAF1 398 104 - 1
---AUGAU-UAUGAG--------CAGGCGUGUCGUCACGGCCUGGUGCAGCACUUGGAACACUUGUUGUUCUACGGUGCUGACAUGGAUGGACGCAAUGCGUCCGGUAACAGCCCG
---.....-......--------((((((((....))).)))))(((((((((((((((((.....))))))).))))))).)))....((((((...))))))(((....))).. ( -42.50)
>DroWil_CAF1 343 93 - 1
-----------------------CAGGCCUGUCGUCAUGGCCUGGUUCAGCAUCUGGAACACUUGUUGUUCUACGGUGCUGAUAUGGAUGGACGCAAUGCGUCCGGUAAUACCCCG
-----------------------((((((((....)).))))))..(((((((((((((((.....))))))).))))))))...((..((((((...))))))((.....)))). ( -42.90)
>DroMoj_CAF1 392 99 - 1
---------UGUGAU--------UAGGCCUGUCGGCACGGCCUAGUGCAGCACUUGGAGCACUUGUUGUUCUACGGUGCUGACAUGGAUGGACGCAAUGCGUCCGGUAACAGCCCG
---------.(((((--------((((((((....)).)))))))).((((((((((((((.....))))))).))))))).)))....((((((...))))))(((....))).. ( -42.80)
>consensus
_________UAUGCG________CAGGCCUGUCGGCACGGCCUGGUGCAGCACUUGGAACACUUGUUGUUCUACGGUGCUGACAUGGAUGGACGCAAUGCGUCCGGUAACAGCCCG
.......................((((((((....)).))))))((.((((((((((((((.....))))))).)))))))))......((((((...))))))(((....))).. (-39.32 = -38.52 +  -0.80)

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