Locus 2736

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 9,582,264 – 9,582,424
Length 160
Max. P 0.740502
window4536 window4537

overview

Window 6

Location 9,582,264 – 9,582,384
Length 120
Sequences 3
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.22
Mean single sequence MFE -49.73
Consensus MFE -49.89
Energy contribution -49.23
Covariance contribution -0.66
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -1.38
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 0.10
SVM RNA-class probability 0.581556
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9582264 120 - 20766785
CACAGUGGUGUGCAUGGAGCCAUAUGCUGGCAAUACCGUGGGUCACAUUCGCCUCCAGCCAGGUGAUGUGAUCGAAGUGGUGGGCAGCACCGACUGCGGAUUGCUCGAGGGCUAUGUGCG
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>DroSim_CAF1 5847 120 - 1
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(((....))).(((((.((((.....(.((((((.((((.((((((((.(((((......)))))))))))))..(((((((.....)))).))))))))))))).)..)))).))))). ( -49.30)
>DroYak_CAF1 6795 120 - 1
CACAGUGGUGUGCAUGGAGCCAUACGCUGGCAAUACCGUGGGUCACAUUCGCCUCCAGCCGGGCGAUGUGAUUGAAGUGGUGGGCAGCACCGACUGCGGAUUGCUCGAGGGCUAUGUGCG
(((....))).(((((.((((...((..((((((.(((..((((((((.(((((......)))))))))))).....(((((.....))))).)..)))))))))))..)))).))))). ( -50.60)
>consensus
CACAGUGGUGUGCAUGGAGCCAUAUGCUGGCAAUACCGUGGGUCACAUUCGCCUCCAGCCGGGUGAUGUGAUCGAAGUGGUGGGCAGCACCGACUGCGGAUUGCUCGAGGGCUAUGUGCG
(((....))).(((((.((((.....(.((((((.((((.((((((((.(((((......)))))))))))))..(((((((.....)))).))))))))))))).)..)))).))))). (-49.89 = -49.23 +  -0.66)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 9,582,304 – 9,582,424
Length 120
Sequences 3
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.00
Mean single sequence MFE -48.20
Consensus MFE -46.88
Energy contribution -46.67
Covariance contribution -0.21
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.97
SVM decision value 0.45
SVM RNA-class probability 0.740502
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9582304 120 - 20766785
ACUCGGAUUCGGCAGCAUGUUCCAUCGGGCAUCCCAGCACCACAGUGGUGUGCAUGGAGCCAUAUGCUGGCAAUACCGUGGGUCACAUUCGCCUCCAGCCAGGUGAUGUGAUCGAAGUGG
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>DroSim_CAF1 5887 120 - 1
ACUCGGAUUCGGCAGCAUGUUCCAUCGGCCAUCCCAGCACCACAGUGGUGUGCAUGGAGCCAUAUGCUGGCAAUACCGUGGGUCACAUUCGCCUUCAGCCGGGUGAUGUGAUCGAAGUGG
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>DroYak_CAF1 6835 120 - 1
ACUCGGACUCGGCAGCCUGUUCCAUCGGGCAUCCUAGCACCACAGUGGUGUGCAUGGAGCCAUACGCUGGCAAUACCGUGGGUCACAUUCGCCUCCAGCCGGGCGAUGUGAUUGAAGUGG
..........(((.(((((......))))).(((..(((((.....)))))....))))))...((((((.....)).(.((((((((.(((((......))))))))))))).))))). ( -46.30)
>consensus
ACUCGGAUUCGGCAGCAUGUUCCAUCGGGCAUCCCAGCACCACAGUGGUGUGCAUGGAGCCAUAUGCUGGCAAUACCGUGGGUCACAUUCGCCUCCAGCCGGGUGAUGUGAUCGAAGUGG
.(.((((((.(.((((((((((((((((.....)).(((((.....)))))).)))))))...)))))).)))).))).)((((((((.(((((......)))))))))))))....... (-46.88 = -46.67 +  -0.21)

alignment

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