Locus 2724

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	9,548,862 – 9,548,955
Length	93
Max. P	0.933374

overview

Window 6

Location	9,548,862 – 9,548,955
Length	93
Sequences	5
Columns	107
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	71.47
Mean single sequence MFE	-22.66
Consensus MFE	-7.78
Energy contribution	-7.06
Covariance contribution	-0.72
Combinations/Pair	1.50
Mean z-score	-2.05
Structure conservation index	0.34
SVM decision value	1.23
SVM RNA-class probability	0.933374
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9548862 93 + 20766785
UUGGAAUUGUGCAUAUAUU------UGUAUCUGCACUU--ACAGUAUUCAUAAAAA--UGUGCGCAUACACUAAUGGCCAUCUGUGCUUCAGU----UUGUGUGCCC
((((...(((((((((.((------(((..(((.....--.))).....))))).)--))))))))....)))).(((((((((.....))).----..))).))). ( -22.00)
>DroSec_CAF1 25530 82 + 1
UUGGGAUUGUGCAUAUAUU------UGUAUCUGCACUU--ACA-UAUUCAUAAAGA--UGUGUGCAUAC----------AUCUGUGCUUCAGU----UUGUGUGCCC
..(((...(((((.(((..------..))).))))).(--(((-((((......))--))))))(((((----------(.(((.....))).----.))))))))) ( -22.20)
>DroEre_CAF1 27587 96 + 1
UUGGAAUUGUGCAUAUAUUUGUAUCUGUAUCUGCACUU--ACG-UAUUCAUAAAGA--UGUGC--AUACACUAAUGGCCAUCUGUGCCUCAGC----UUGUGUGCCC
((((....(((((.((((........)))).)))))..--..(-(((.((((....--)))).--)))).)))).((((((..((......))----..))).))). ( -21.60)
>DroYak_CAF1 26786 96 + 1
UUGGAACUGUGCAUAUAUGUAUAUUCGUAUCUGCACUU--ACG-UAUUCAUAAAGA--UGUGC--ACACACUAAUGGCCAUCUGUGCCUCAGU----UUGUGUGCCC
.((((((.(((((.(((((......))))).)))))..--..)-).))))......--.(..(--(((.(((...((((....).)))..)))----.))))..).. ( -26.10)
>DroAna_CAF1 21524 93 + 1
UUGGAAUUGUGUCUAUG-----------AGAUGCACUUGCACA-UAUUUAUAAAUAAAAGUGC--ACAGACCCAUACAUAUAUGUACCAUACUGUAUCUAUAUGUAC
.(((...((((((....-----------.))))))(((((((.-((((....))))...))))--).))..)))((((((((.((((......)))).)))))))). ( -21.40)
>consensus
UUGGAAUUGUGCAUAUAUU______UGUAUCUGCACUU__ACA_UAUUCAUAAAGA__UGUGC__AUACACUAAUGGCCAUCUGUGCCUCAGU____UUGUGUGCCC
..........(((((((...............((((.......................))))..................(((.....)))......))))))).. ( -7.78 =  -7.06 +  -0.72)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	9,548,862 – 9,548,955
Length	93
Sequences	5
Columns	107
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	71.47
Mean single sequence MFE	-20.60
Consensus MFE	-6.11
Energy contribution	-7.35
Covariance contribution	1.24
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-1.73
Structure conservation index	0.30
SVM decision value	0.17
SVM RNA-class probability	0.616734
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9548862 93 - 20766785
GGGCACACAA----ACUGAAGCACAGAUGGCCAUUAGUGUAUGCGCACA--UUUUUAUGAAUACUGU--AAGUGCAGAUACA------AAUAUAUGCACAAUUCCAA
((((.((...----(((((.((.(....)))..)))))...)).))...--................--..(((((.(((..------..))).)))))....)).. ( -16.80)
>DroSec_CAF1 25530 82 - 1
GGGCACACAA----ACUGAAGCACAGAU----------GUAUGCACACA--UCUUUAUGAAUA-UGU--AAGUGCAGAUACA------AAUAUAUGCACAAUCCCAA
(((.......----((.....((.((((----------((......)))--)))...))....-.))--..(((((.(((..------..))).)))))...))).. ( -15.90)
>DroEre_CAF1 27587 96 - 1
GGGCACACAA----GCUGAGGCACAGAUGGCCAUUAGUGUAU--GCACA--UCUUUAUGAAUA-CGU--AAGUGCAGAUACAGAUACAAAUAUAUGCACAAUUCCAA
(((((.((..----((((((((.(....)))).))))))).)--))...--...(((((....-)))--))(((((.(((..........))).)))))....)).. ( -20.40)
>DroYak_CAF1 26786 96 - 1
GGGCACACAA----ACUGAGGCACAGAUGGCCAUUAGUGUGU--GCACA--UCUUUAUGAAUA-CGU--AAGUGCAGAUACGAAUAUACAUAUAUGCACAGUUCCAA
((((((((..----((((((((.(....)))).)))))))))--))...--...(((((....-)))--))(((((.(((.(......).))).)))))....)).. ( -27.10)
>DroAna_CAF1 21524 93 - 1
GUACAUAUAGAUACAGUAUGGUACAUAUAUGUAUGGGUCUGU--GCACUUUUAUUUAUAAAUA-UGUGCAAGUGCAUCU-----------CAUAGACACAAUUCCAA
(((((((((..(((......)))..)))))))))..((((((--((((((.(((.........-.))).))))))))..-----------...)))).......... ( -22.80)
>consensus
GGGCACACAA____ACUGAGGCACAGAUGGCCAUUAGUGUAU__GCACA__UCUUUAUGAAUA_UGU__AAGUGCAGAUACA______AAUAUAUGCACAAUUCCAA
(((.................((((.(((....))).))))...............................(((((..................)))))...))).. ( -6.11 =  -7.35 +   1.24)

alignment

secondary structure

dotplot

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